芴酮衍生物与端粒G-四链体DNA的分子对接研究

发布时间：2024-06-06 00:30

　　目的采用计算机分子对接技术,研究芴酮衍生物与端粒G-四链体DNA的相互作用,为建立合理的化合物虚拟筛选模型提供依据。方法使用SYBYL-X 2.0的分子对接模块,以2种结合了平面刚性骨架小分子的G-四链体DNA晶体结构为目标受体,在对接模型可靠性验证的基础上,选取经结构优化改造后的芴酮衍生物小分子为配体,以总评分为评价标准进行分子对接,研究小分子配体与G-四链体DNA的相互作用方式。结果通过对比实验活性数据,分子对接模型的总评分能较好地反映化合物的细胞毒性强弱,并给出了多种分子间的相互作用模式。结论通过分子模拟研究建立了比较可靠的对接模型,可在后续工作中指导化合物结构设计,寻找高活性抗肿瘤化合物。

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【部分图文】：

将原始配体从晶体结构中抽取并重新对接回原位点后可看出其与原配体基本位于同一位置，其中2MS6配体总评分为5.53，相似度评分为0.64,3ES0配体对接总评分为9.552，相似度评分为0.725。基于评分结果我们认为对接模型能比较好地预测结合情况，可用于下一步的分子对接研究。重新....

6j为侧链带有2个正丁胺基乙基官能团的化合物，其IC50值<10μmol/L，对接总评分均>8分。对接结果显示（图5),6j与2MS6的DT9、DT15、DT16形成π-π堆积效应，与DT8、DT9、DT15、DT22形成碳-氢键，与DT15、DT23形成常规氢键；6j和3ES0....

图3化合物4b与2种四链体晶体结构的对接结果图5化合物6j与2种四链体晶体结构的对接结果

图4化合物4d与2种四链体晶体结构的对接结果3讨论

本文编号：3990033