二酮酸化合物与HIV-1整合酶识别的分子模拟研究

发布时间：2017-08-07 02:18

  本文关键词：二酮酸化合物与HIV-1整合酶识别的分子模拟研究

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【摘要】：目的研究二酮酸类化合物(diketoacids,DKAs)与HIV-1整合酶(integrase,IN)的分子识别机制和二者复合物的构象变化,为预测同类化合物抑制活性提供理论支持。方法使用Auto Dock程序包将10个二酮酸类化合物与整合酶进行了分子对接,得到一系列对接复合物模型。选取其中两个抑制活性有明显差异的复合物进行了15ns的分子动力学模拟,并从能量和氢键的角度分析了二者与HIV-1整合酶识别的关键残基。结果二者特异性识别主要依靠与DDE基序形成的氢键,结合在由I141~M154,W61~L63和V77构成的口袋中,与实验数据吻合。基于分子动力学模拟轨迹做了结合自由能分解,其中范德华能项与lg IC50有较高的线性相关,结果表明该方程可用于此类化合物的活性预测。结论氢键是抑制剂维持活性及复合物稳定的重要作用力。结合自由能中的疏水作用与抑制活性有明确的相关性。对后续HIV-1整合酶抑制剂设计具有一定的指导意义。
【作者单位】： 药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室四川抗菌素工业研究所成都大学;
【关键词】： 二酮酸类 HIV-整合酶 分子对接 分子动力学模拟 自由能分解
【基金】：国家自然科学基金(No.11247018和No.11147175) 四川省教育厅科研重点项目(No.12ZA066) 乐山市科技计划项目(No.14SZD018)
【分类号】：R943
【正文快照】： 获得性免疫缺陷综合征(acquired immuno-defi ciency syndrome,AIDS),俗称艾滋病,由人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)引起。现已成为目前人类最主要的流行病之一[1],严重威胁着人类健康。HIV为逆转录病毒,可分为1型(HIV-1)和2型(HIV-2)两类。其中HIV-1是引

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4 刘斌;刘昕;李杉;何红秋;张小轶;谭建军;陈慰祖;王存新;;HIV-1整合酶链转移反应抑制剂的荧光筛选方法[J];中国生物工程杂志;2013年01期

5 顾寅明;杨臻峥;;HIV整合酶的晶体结构被成功解析[J];药学进展;2010年06期

6 胡建平;刘嵬;唐典勇;张元勤;常珊;;HIV-1整合酶与L708,906抑制剂结合模式及运动性的研究[J];生物化学与生物物理进展;2011年04期

7 胡建平;常珊;陈慰祖;王存新;;HIV-1整合酶与抑制剂LCA的结合模式及抗药性研究[J];中国科学(B辑:化学);2007年03期

8 胡建平;唐典勇;范晶;常珊;;HIV-1整合酶G140A/G149A及T66I/S153Y突变后的构象变化[J];化学学报;2010年15期

9 胡建平;张小轶;唐典勇;常珊;;HIV-1整合酶与芳香二酮酸类抑制剂相互作用的分子模拟研究[J];化学学报;2009年19期

10 王丽东;王存新;;金属离子对HIV-1整合酶与硫氮硫扎平抑制剂作用模式影响的分子模拟研究[J];化学学报;2008年07期

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1 何红秋;程绍辉;刘斌;陈慰祖;王存新;;用荧光方法检测HIV-1整合酶的体外活性[A];第十四届全国光散射学术会议论文摘要集[C];2007年

2 张小轶;李春华;谭建军;何红秋;王存新;;二酮酸类抑制剂引起HIV-1整合酶耐药性的机理研究[A];第十次中国生物物理学术大会论文摘要集[C];2006年

3 徐焕宇;马晴雯;黄淑帧;曾凡一;;构建评价fC31整合酶功能的双荧光报告系统[A];中国遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编（2004-2008）[C];2008年

4 刘坚华;龙亚秋;;HIV-1整合酶天然抑制剂Cyclodidemniserinol Trisulfate的合成研究——汇聚型及直线型合成3,5,7-三取代二氧杂双环核心结构[A];中国化学会第四届有机化学学术会议论文集[C];2005年

5 肖森波;李川勇;;HIV-1整合酶核心域分子动力学模拟(综述)[A];天津市生物医学工程学会2006年学术年会论文摘要集[C];2006年

6 白月霞;张倪涛;曾程初;;以HIV-1整合酶为靶标的三唑类抑制剂的设计与合成[A];中国化学会第28届学术年会第6分会场摘要集[C];2012年

7 陈慰祖;宋伟;王存新;;HIV-1整合酶与抑制剂相互作用的研究[A];第九次全国生物物理大会学术会议论文摘要集[C];2002年

8 马晴雯;盛海清;颜景斌;黄英;任兆瑞;黄淑帧;曾溢滔;;链霉菌噬菌体←C31整合酶介导的基因转移研究[A];中国生物工程学会2006年学术年会暨全国生物反应器学术研讨会论文摘要集[C];2006年

9 王丽东;王存新;;HIV-1整合酶二聚体与硫氮硫扎平抑制剂相互作用[A];2006第六届中国药学会学术年会论文集[C];2006年

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1 陈丹;科学家破解整合酶的三维结构[N];科技日报;2010年

2 黄爱群;艾滋病帮凶整合酶的克星[N];医药经济报;2000年

3 本报记者 刘云涛;抗HIV药研发期待突破[N];中国医药报;2008年

4 群林;抗艾新模式：抑制整合酶[N];医药经济报;2006年

5 王雪飞;高通量筛选抗艾药物方法建立[N];健康报;2008年

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1 胡建平;用分子模拟方法研究蛋白质受体与配体的相互作用[D];北京工业大学;2008年

2 李智慧;φC31整合酶及HIV整合酶的结构、功能初步解析[D];复旦大学;2009年

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4 徐焕宇;构建表达φC31整合酶的工具鼠[D];上海交通大学;2008年

5 罗再刚;以HIV-1整合酶为靶标的1，，3-二酮衍生物的设计与合成研究[D];北京工业大学;2010年

6 张茂祥;链霉菌噬菌体φC31整合酶的性质和功能及其在哺乳动物细胞的应用研究[D];复旦大学;2006年

7 赵喜红;HIV结构蛋白重组表达复性及检测方法的研究[D];华南理工大学;2010年

8 何红秋;HIV-1整合酶活性检测方法建立和应用研究[D];北京工业大学;2010年

9 郭志敏;HIV-1整合酶和蛋白酶ELISA检测方法的建立及与逆转录酶检测方法联合应用研究多靶位HIV抑制剂[D];中国协和医科大学;2002年

10 邹冠玉;FHC、Bim相互作用在细胞凋亡中作用及φC31整合酶结构研究[D];复旦大学;2010年

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2 邹媛;HIV-1整合酶抑制剂的筛选及其活性的测定[D];浙江大学;2007年

3 沈学彬;HIV-1整合酶随机突变库的构建[D];浙江大学;2013年

4 吴可柱;HIV-1整合酶全酶结构模拟及其抑制剂筛选[D];河北医科大学;2009年

5 冯微宏;HIV-1整合酶的生物活性及酶动力学分析[D];浙江大学;2006年

6 郭正原;以整合酶为靶点在天然药物中筛选抗HIV-1有效成分[D];北京工业大学;2014年

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8 张大为;HIV-1整合酶链转移反应抑制剂筛选模型的构建与应用[D];北京协和医学院;2011年

9 白月霞;以HIV-1整合酶为靶标的三唑衍生物的设计与合成[D];北京工业大学;2013年

10 李平;HIV-1整合酶与抑制剂相互作用的分子模拟研究[D];北京工业大学;2010年

本文编号：632446