2010-2011年深圳市诺如病毒的分子流行病学研究

发布时间：2020-06-30 18:54

【摘要】：研究目的：诺如病毒是常见的腹泻病毒，广泛存在于环境中，是引起非细菌性急性肠胃炎的主要病原之一。诺如病毒流行范围广，传播方式多样，遗传信息变化大。本研究将2010-2011年收集的腹泻样品进行检测，并结合前期的资料，从诺如病毒的感染情况及分子流行病学两方面进行判断分析，为诺如病毒的检测及预防提供基础资料。研究方法：将2010-2011年收集的样品经过前处理后，提取核酸。一部分核酸用作Real-time PCR的模板，并结合调查的资料从时间（月份）、年龄和性别等方面对这两年诺如病毒的感染情况进行分析。另一部分采用RT-PCR的方法，分别用NVG1和NVGⅡ特异性引物对其进行扩增，从分子水平分析近两年诺如GⅠ和诺如GⅡ基因组的流行趋势，并着重分析GⅡ.4型的流行状况。研究结果:1、2010年收集的925份标本中，有506份标本来自男性，419份标本来自女性，三岁及三岁以下的有480份，所占比例达52%。经过Real-time PCR检测，共鉴定出阳性标本186份，阳性率为20.10%，其中有96份来自男性，90份标本来自女性，三岁及三岁以下儿童感染诺如病毒的阳性数为104份，所占比例高达56%（104/186）；2011年收集的983份样品中，有573份标本来自男性，410份标本来自女性，其中571名患者的年龄小于3岁，所占比例达58%。经Real-time PCR检测，共鉴定出阳性标本210份，阳性率为21.36%，其中有121份来自男性，89份来自女性，三岁及三岁以下儿童的阳性数为130份，所占比例高达62%（130/210）。 2、经过RT-PCR扩增后，将有阳性条带的样品测序后进行比对分型。2010年共有85份样品成功测序，其中有78份样品属于NVGⅡ型，分属4种不同的基因型别，7份样品属于NVGⅠ型，分属3种不同的基因型别。在GⅡ基因组中比例最高的是GⅡ.4/2006b，共检测55份标本，占所有成功测序标本的64.5%（55/85），其次是GⅡ.4/2006variant，共检测出17份阳性样品，占所有型别比的20%；2011年共有60份样品成功测序，其中有55份属于NVGⅡ型，分属7种不同的基因型，5份属于NVG1型，分属4种不同的基因型。在所测的GⅡ基因组中，比例最高是GⅡ.4/2006b，共检测出28份，占所有基因型别比的46.7%。其次是GⅡ.4/2006b variant,共有10份阳性标本，占所有基因型别比的16.7%。研究结论：1．从这两年的数据来看，诺如病毒引起的腹泻在任何时节均可发生。但检出率较高的月份主要集中在3-7月份。在所有的腹泻人群中，以三岁以下儿童居多。将这两年诺如病毒在性别感染上的差异，通过SPSS软件分析，得到2010年卡方检验的P值=0.3440.05，2011年卡方检验的P值=0.8240.05，这两年的检测结果均无统计学差异。 2．无论2010年还是2011年，NVGⅡ基因组所占比例都非常高，分别达到91.7%(78/85)和91.6%(55/60)。相对于2010年，2011年诺如病毒的基因型别更趋向多元化。2010年，GⅡ.4/2010开始出现，在所有检测出的基因型别中，比值高达20.0%（17/85）。GⅡ.4/2006b variant基因型是2011年新发现的基因亚型。2011年检测出的基因型别中，有10份属于GⅡ.4/2006b variant，比例高达16.7%（10/60）。从这两年的流行趋势看，NVGⅡ.4基因型的遗传信息较易发生变化，一旦出现新的基因亚型，便具有很强的流行能力。
【学位授予单位】：华中科技大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R181.3
【图文】：

电泳图,凝胶电泳,凝胶

2. 称取琼脂糖 0.8g 放入 250ml 的三角烧瓶中，加入 100ml 1×TAE 缓冲匀后，将烧瓶置于电炉上，加热煮沸，直至琼脂糖完全溶解。3. 关闭电炉，取下三角烧瓶，将其置室温下冷却至 70℃左右(手握烧瓶可受)，再加入 Gold View (10mg/ml) 5μl，混匀后，即将凝胶溶液倒入胶板铺4. 室温下凝胶完全凝固，需时约 30 分钟，揭去二端胶布，拔出梳齿，将放入电泳槽中。5. 在电泳槽中加入 1×TAE 缓冲液，以高出凝胶表面 2mm 为宜6. 用加样器吸取样品。依序分别加入点样孔中，注意加样器吸头应恰好凝胶点样孔中，不可刺穿凝胶，也要防止将样品溢出孔外。每次上样量约为右，最后一个点样孔加入 100bp Marker。7、接通电源，调节电压至 110 伏，电泳 25 分钟后，将凝胶板取出，在紫射分析仪上观察有无目的条带。NVG1 的条带大小为 330bp，NVGⅡ的条带为 387bp。其电泳图如下：

【参考文献】