多靶点分子对接研究艾叶抗乙肝病毒的有效成分

发布时间：2020-11-02 03:35

　　 中药治乙肝的历史十分悠久。以乙肝核衣壳蛋白,聚合酶以及HBx蛋白为靶点,用分子对接软件iGEMDOCK和Ledock对艾叶组分进行了研究。结果表明,艾叶组分对HBx蛋白的抑制作用较强,对核衣壳蛋白和聚合酶抑制作用较弱。在艾叶中,多种组分对靶点蛋白有抑制作用,其中quercetin对三个靶点均有较强的抑制作用。
【部分图文】：

乙肝病毒核衣壳蛋白的晶体结构来源于蛋白质数据库(http://www.rcsb.org),PDB ID为5E0I,其结构如图1所示。乙肝病毒聚合酶的晶体结构还没有解析出来,本研究利用同源模建的方法构建其三维结构。首先在美国国立生物技术信息中心(NBCI)数据库中找到乙肝病毒聚合酶的一级序列BAQ95565.1,然后利用BLAST程序在PDB库中找到其同源性最高的蛋白质晶体6IK9作为建模模板,二者序列同源性为29.64%。在SWISS-MODEL网站进行同源模建,得到的蛋白质模型经拉氏图评估后,其有1.4%的氨基酸不在合理区间内,模型较为合理。该模型结构,如图2所示。图2 聚合酶模型结构

图1 核衣壳蛋白结构蛋白HBx目前也没有解析出其晶体结构,而且在NBCI数据库中也没有找到与其同源性较强的蛋白质,但其含有154个氨基酸,氨基酸数目较少,故对其三维结构采用从头预测的方法建模。在NBCI数据库中找到该蛋白质的一级序列BAQ95563.1,上传该序列至从头预测网站QUARK,建立该蛋白质模型。该模型经拉氏图评估后,有5.5%的氨基酸在不合理区间内,模型较为合理。得到的模型结构如图3所示。

蛋白HBx目前也没有解析出其晶体结构,而且在NBCI数据库中也没有找到与其同源性较强的蛋白质,但其含有154个氨基酸,氨基酸数目较少,故对其三维结构采用从头预测的方法建模。在NBCI数据库中找到该蛋白质的一级序列BAQ95563.1,上传该序列至从头预测网站QUARK,建立该蛋白质模型。该模型经拉氏图评估后,有5.5%的氨基酸在不合理区间内,模型较为合理。得到的模型结构如图3所示。3 结果与讨论
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本文编号：2866514