基于网络药理学和分子对接探索荆芥-防风药对治疗冠状病毒肺炎的潜在机制
发布时间：2020-12-22 23:10
本文旨在通过网络药理学和分子对接探索荆芥-防风药对治疗冠状病毒肺炎的潜在药效物质和作用靶点。首先,通过检索TCMSP、ETCM、BATMAN-TCM数据库收集荆芥-防风中活性成分及其作用靶点,并在GeneCards、OMIM、NCBI Gene数据库收集冠状病毒肺炎相关靶点。然后,两者取交集运用STRING数据库分析关键靶点间蛋白相互作用,并利用DAVID数据库进行生物功能和通路分析。最后,利用Autodock软件对潜在药效物质和关键靶点进行分子对接。本研究共收集到28个活性成分、56个关键靶点。GO功能富集收集到176个生物过程（biological process）、47个分子功能（cell compound）、36个细胞组分（molecular function）（P<0.05）。KEGG通路富集共收集到99条通路（P<0.05）。分子对接结果显示,潜在药效物质与关键靶点及血管紧张素转化酶II、COVID-19 main protease对接结果能量低于-5 kcal/mol。本文揭示了荆芥-防风药对治疗冠状病毒肺炎可能的潜在药效物质和作用靶点,为荆芥-防风的开发和后...
【文章来源】：天然产物研究与开发. 2020年07期 北大核心
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
GO功能富集和KEGG通路富集
序号No. TCMSP标识TCMSP ID 化合物名称Name 生物利用度OB(%) 类药性DL PubChem标识PubChem ID 草药Herb M18 MOL011730 11-Hydroxy-sec-O-beta-D-glucosylhamaudol_qt 50.24 0.27 - SR M19 MOL011732 Praeruptorin B 59.65 0.66 6859585 SR M20 MOL011735 Deltoin 46.69 0.37 906525 SR M21 MOL011737 Divaricatacid 87.00 0.32 101866715 SR M22 MOL011740 Divaricatol 31.65 0.38 9974111 SR M23 MOL011747 Ledebouriellol 32.05 0.51 5318962 SR M24 MOL011753 5-O-Methylvisamminol 37.99 0.25 441970 SR M25 MOL011849 Schizonepetoside B 47.74 0.27 5248526 SH M26 MOL011856 Schkuhrin I 54.45 0.52 5281471 SH M27 MOL013077 Decursin 39.27 0.38 442126 SR M28 MOL001506 Supraene 33.55 0.42 638072 SH2.2 药物靶点基因筛选及关键基因获取
将56个关键靶点导入STRING数据库,基因类型改为“Homo sapiens”,并将置信度设置为high confidence 0.700,获得PPI网络图TSV格式文件,将其导入Cytoscaope软件进行可视化处理(图3)。图3中共涉及54个节点(node),399条边(edge)。PPI网路图中,节点根据度值从最低点以顺时针排列为圆形,节点的大小代表betweenness centrality大小,节点颜色从淡绿色渐变至橙色表示closeness centrality从小到大变化,edge的粗细从粗到细表示edge betweenness从大到小,利用edge颜色从淡绿色渐变至橙色表示combined score大小。共有23个蛋白度值高于平均值(表2),其中度值前十的蛋白为IL6、TNF、MAPK1、TP53、IL1β、RELA、IL10、CXCL8、CCL2、ICAM1,说明这10种蛋白在网络中与其他蛋白相互作用较多,在网络中发挥了重要作用。表2 Degree值高于平均值的23个靶蛋白Table 2 Twenty-three targets with degree values above average 序号No. 靶点Name of target 度值Degree 序号No. 靶点Name of target 度值Degree 1 IL6 36 13 STAT1 22 2 TNF 34 14 EGFR 22 3 MAPK1 31 15 IL2 22 4 TP53 29 16 PTGS2 22 5 IL1B 29 17 IL4 21 6 RELA 28 18 FOS 21 7 IL10 25 19 IFNG 20 8 CXCL8 25 20 PPARG 17 9 CCL2 25 21 HMOX1 17 10 ICAM1 24 22 NFKB1 16 11 MAPK14 23 23 CASP8 15 12 CASP3 22
【参考文献】：
期刊论文
[1]全国各地区新型冠状病毒肺炎中医防治方案分析[J]. 蒋鹏飞,李书楠,刘培,彭俊,彭清华. 中医学报. 2020(04)
[2]《上海市新型冠状病毒感染的肺炎中医诊疗方案(试行)》解读[J]. 张炜,吴银根,张惠勇,陈伟,石克华,王振伟. 上海中医药杂志. 2020(03)
[3]新型冠状病毒（2019-nCoV）感染的肺炎诊疗快速建议指南（标准版）[J]. 靳英辉,蔡林,程真顺,程虹,邓通,范逸品,方程,黄笛,黄璐琦,黄桥,韩勇,胡波,胡芬,李柄辉,李一荣,梁科,林丽开,罗丽莎,马晶,马琳璐,彭志勇,潘运宝,潘振宇,任学群,孙慧敏,王莹,王云云,翁鸿,韦超洁,吴东方,夏剑,熊勇,徐海波,姚晓梅,叶太生,袁玉峰,张笑春,张莹雯,张银高,张华敏,赵剡,赵明娟,訾豪,曾宪涛,王永炎,王行环,武汉大学中南医院新型冠状病毒感染的肺炎防治课题组. 解放军医学杂志. 2020(01)
[4]防风化学成分及其药理作用研究进展[J]. 刘双利,姜程曦,赵岩,许永华,王壮,张连学. 中草药. 2017(10)
[5]荆芥挥发油化学成分及药理作用研究现状[J]. 王凤,温桃群,桑文涛,徐锋,曾南. 中南药学. 2017(03)
本文编号：2932610
【文章来源】：天然产物研究与开发. 2020年07期 北大核心
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
GO功能富集和KEGG通路富集
序号No. TCMSP标识TCMSP ID 化合物名称Name 生物利用度OB(%) 类药性DL PubChem标识PubChem ID 草药Herb M18 MOL011730 11-Hydroxy-sec-O-beta-D-glucosylhamaudol_qt 50.24 0.27 - SR M19 MOL011732 Praeruptorin B 59.65 0.66 6859585 SR M20 MOL011735 Deltoin 46.69 0.37 906525 SR M21 MOL011737 Divaricatacid 87.00 0.32 101866715 SR M22 MOL011740 Divaricatol 31.65 0.38 9974111 SR M23 MOL011747 Ledebouriellol 32.05 0.51 5318962 SR M24 MOL011753 5-O-Methylvisamminol 37.99 0.25 441970 SR M25 MOL011849 Schizonepetoside B 47.74 0.27 5248526 SH M26 MOL011856 Schkuhrin I 54.45 0.52 5281471 SH M27 MOL013077 Decursin 39.27 0.38 442126 SR M28 MOL001506 Supraene 33.55 0.42 638072 SH2.2 药物靶点基因筛选及关键基因获取
将56个关键靶点导入STRING数据库,基因类型改为“Homo sapiens”,并将置信度设置为high confidence 0.700,获得PPI网络图TSV格式文件,将其导入Cytoscaope软件进行可视化处理(图3)。图3中共涉及54个节点(node),399条边(edge)。PPI网路图中,节点根据度值从最低点以顺时针排列为圆形,节点的大小代表betweenness centrality大小,节点颜色从淡绿色渐变至橙色表示closeness centrality从小到大变化,edge的粗细从粗到细表示edge betweenness从大到小,利用edge颜色从淡绿色渐变至橙色表示combined score大小。共有23个蛋白度值高于平均值(表2),其中度值前十的蛋白为IL6、TNF、MAPK1、TP53、IL1β、RELA、IL10、CXCL8、CCL2、ICAM1,说明这10种蛋白在网络中与其他蛋白相互作用较多,在网络中发挥了重要作用。表2 Degree值高于平均值的23个靶蛋白Table 2 Twenty-three targets with degree values above average 序号No. 靶点Name of target 度值Degree 序号No. 靶点Name of target 度值Degree 1 IL6 36 13 STAT1 22 2 TNF 34 14 EGFR 22 3 MAPK1 31 15 IL2 22 4 TP53 29 16 PTGS2 22 5 IL1B 29 17 IL4 21 6 RELA 28 18 FOS 21 7 IL10 25 19 IFNG 20 8 CXCL8 25 20 PPARG 17 9 CCL2 25 21 HMOX1 17 10 ICAM1 24 22 NFKB1 16 11 MAPK14 23 23 CASP8 15 12 CASP3 22
【参考文献】：
期刊论文
[1]全国各地区新型冠状病毒肺炎中医防治方案分析[J]. 蒋鹏飞,李书楠,刘培,彭俊,彭清华. 中医学报. 2020(04)
[2]《上海市新型冠状病毒感染的肺炎中医诊疗方案(试行)》解读[J]. 张炜,吴银根,张惠勇,陈伟,石克华,王振伟. 上海中医药杂志. 2020(03)
[3]新型冠状病毒（2019-nCoV）感染的肺炎诊疗快速建议指南（标准版）[J]. 靳英辉,蔡林,程真顺,程虹,邓通,范逸品,方程,黄笛,黄璐琦,黄桥,韩勇,胡波,胡芬,李柄辉,李一荣,梁科,林丽开,罗丽莎,马晶,马琳璐,彭志勇,潘运宝,潘振宇,任学群,孙慧敏,王莹,王云云,翁鸿,韦超洁,吴东方,夏剑,熊勇,徐海波,姚晓梅,叶太生,袁玉峰,张笑春,张莹雯,张银高,张华敏,赵剡,赵明娟,訾豪,曾宪涛,王永炎,王行环,武汉大学中南医院新型冠状病毒感染的肺炎防治课题组. 解放军医学杂志. 2020(01)
[4]防风化学成分及其药理作用研究进展[J]. 刘双利,姜程曦,赵岩,许永华,王壮,张连学. 中草药. 2017(10)
[5]荆芥挥发油化学成分及药理作用研究现状[J]. 王凤,温桃群,桑文涛,徐锋,曾南. 中南药学. 2017(03)
本文编号：2932610
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