基于生信学数据挖掘和实验研究的银芍散抗高脂血症的研究
发布时间：2021-01-16 02:42
目的:利用网络药理学技术结合动物实验验证,寻找银芍散治疗高脂血症的作用靶点,探讨可能的作用机制。方法:利用TCMSP中药化学成分数据库,结合文献报道筛选银芍散中核心化学成分。采用2D/3D化合物相似性方法和反向药效团匹配方法在Swiss Target Prediction和PharmMapper数据库中筛选成分潜在作用靶点,同时比对筛选CooLGeN数据库中已批准的降脂药物靶基因,使用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路网络,应用ClueGO进行GO富集分析和KEGG通路注释分析,分析银芍散降血脂可能作用机制。采用高脂血症大鼠模型,银芍散干预6 w后测定血清中总胆固醇（TC）、三酰甘油（TG）、低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）、高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）水平。肝组织HE染色观察病理,荧光定量PCR（q-PCR）检测肝组织TNF-α、NF-κB、PPAR-γ、LDL-R基因表达。结果:本研究建立了银芍散的"成分-疾病-靶点"网络,共发现21个银芍散治疗高血脂症可能的作用靶点,GO富集及KEGG分析表明其中16个靶点涉及25条作用通路。分子对接显示银芍散潜在的16个作用靶点与3...
【文章来源】：中药药理与临床. 2020,36(03)北大核心
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
银芍散对高脂血症大鼠模型肝脏病理的影响
根据Swiss Target Prediction 数据库预测的结果,以Probability值≥0.5为条件进行筛选,排除重复项,结果得到银芍散潜在作用靶点314个。在CooLGeN和OMIM数据库中搜索高血脂症的作用靶点共290个。韦恩图(图1)显示银芍散共有21个治疗高脂血症的潜在靶点,表中频次越高说明该靶点与成分的交互次数越多,成分对该靶点越集中,结果见表3。表3 银芍散治疗高脂血症的潜在作用靶点 Gene Name Uniprot ID Target 频次/次 TNF-α P01375 Tumor necrosis factor(肿瘤坏死因子) 17 NF-κB1 P19838 Nuclear factor kappa B subunit 1(核转录因子κB亚基1) 13 LPL P06858 Lipoprotein lipase(脂蛋白脂肪酶) 6 LDLR P01130 Low-density lipoprotein receptor(低密度脂蛋白受体) 6 PPARG P37231 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma(过氧化物酶体增殖物激活受体γ) 6 BCL2 P10415 Apoptosis regulator Bcl-2(凋亡调节因子Bcl-2) 5 NR1H4 Q96RI1 Bile acid receptor(胆汁酸受体) 5 SEC14L2 O76054 SEC14-like protein 2(SEC14样蛋白2) 4 BAX Q07812 Apoptosis regulator BAX(凋亡调节因子Bax) 4 HMGCR P04035 HMG-CoA reductase(HMG-CoA还原酶) 3 CYP24A1 Q07973 Cytochrome P450 family 24 subfamily A member 1(细胞色素P450家族24亚家族A成员1) 3 HTR2A P28223 hydroxytryptamine receptor 2A(羟色胺受体2A) 2 FDFT1 P37268 Squalene synthase(鲨烯合酶) 2 CALB1 P05937 Calbindin(钙结合蛋白) 1 CYP27A1 Q02318 Cytochrome P450 family 27 subfamily A member 1(细胞色素P450家族27亚家族A成员1) 1 BACE1 P56817 Beta-secretase 1(β-分泌酶1) 1 ALOX5 P09917 Arachidonate 5-lipoxygenase(花生四烯酸5-脂氧合酶) 1 AR P10275 Androgen receptor(雄激素受体) 1 ALB P02768 Serum albumin(血清白蛋白) 1 F7 P08709 Coagulation factor VII(凝血因子Ⅶ) 1 LPA P08519 Apolipoprotein(a)(载脂蛋白a) 1
GO富集分析了银芍散潜在靶点的功能分布,其中biologicalprocess(生物过程)与脂质生物合成的调控、脂质储存调节、胆固醇生物合成、低密度脂蛋白颗粒的应答、酒精生物合成调控、甾体生物合成调控、肿瘤坏死因子介导的信号通路、维生素D代谢和胆汁分泌等方面相关,其中主要以脂质生物合成的正向调控为主;molecular function(分子功能)与RNA聚合酶II转录因子活性和特异性DNA结合相关;cellular component(细胞组分)与血浆脂蛋白颗粒相关,见图2。2.3.2 KEGG通路分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于网络药理学的血必净注射液治疗急性肺损伤作用机制研究[J]. 左莉华,周霖,师莹莹,李卓伦,刘丽伟,姜晓芳,王丹,燕树勋,孙志,张晓坚. 中草药. 2018(15)
[2]银杏双黄酮药理作用的研究进展[J]. 涂清波,孙云,许婷,林颖,吕志阳,盛晟,王俊,吴福安. 山东医药. 2018(19)
[3]SPF级SD大鼠高血脂模型建立的实验报告[J]. 郑立新,杨光,蔡祥焜,乔秋爽,叶晓薇,田世民. 中国卫生检验杂志. 2018(07)
[4]基于网络药理学的款冬花止咳化痰活性成分靶点探究[J]. 李静,高丽,高耀,秦雪梅,李震宇. 中草药. 2018(01)
[5]积雪草酸通过调节TLR4和PPAR-γ活性抑制内毒素诱导的血管平滑肌细胞炎症反应[J]. 孟哲,李海禹,刘宇宙,陶海龙,李凌. 中国药理学通报. 2018(01)
[6]赤芍总苷药理作用的研究进展[J]. 董国菊. 环球中医药. 2017(09)
[7]银杏药理作用研究进展[J]. 李思佳,耿剑亮,张悦,杨娜,周芳,阿基业,王广基. 药物评价研究. 2017(06)
[8]基于网络药理学的吴茱萸汤作用机制分析[J]. 刘鑫馗,吴嘉瑞,蔺梦娟,张晓朦. 中国实验方剂学杂志. 2017(16)
[9]基于网络药理学的百合地黄汤干预心理亚健康作用机制研究[J]. 赵蕾,武嫣斐,高耀,向欢,秦雪梅,田俊生. 药学学报. 2017(01)
[10]银杏内酯研究进展[J]. 田青亚,巩丽丽. 中南药学. 2016(08)
本文编号：2979998
【文章来源】：中药药理与临床. 2020,36(03)北大核心
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
银芍散对高脂血症大鼠模型肝脏病理的影响
根据Swiss Target Prediction 数据库预测的结果,以Probability值≥0.5为条件进行筛选,排除重复项,结果得到银芍散潜在作用靶点314个。在CooLGeN和OMIM数据库中搜索高血脂症的作用靶点共290个。韦恩图(图1)显示银芍散共有21个治疗高脂血症的潜在靶点,表中频次越高说明该靶点与成分的交互次数越多,成分对该靶点越集中,结果见表3。表3 银芍散治疗高脂血症的潜在作用靶点 Gene Name Uniprot ID Target 频次/次 TNF-α P01375 Tumor necrosis factor(肿瘤坏死因子) 17 NF-κB1 P19838 Nuclear factor kappa B subunit 1(核转录因子κB亚基1) 13 LPL P06858 Lipoprotein lipase(脂蛋白脂肪酶) 6 LDLR P01130 Low-density lipoprotein receptor(低密度脂蛋白受体) 6 PPARG P37231 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma(过氧化物酶体增殖物激活受体γ) 6 BCL2 P10415 Apoptosis regulator Bcl-2(凋亡调节因子Bcl-2) 5 NR1H4 Q96RI1 Bile acid receptor(胆汁酸受体) 5 SEC14L2 O76054 SEC14-like protein 2(SEC14样蛋白2) 4 BAX Q07812 Apoptosis regulator BAX(凋亡调节因子Bax) 4 HMGCR P04035 HMG-CoA reductase(HMG-CoA还原酶) 3 CYP24A1 Q07973 Cytochrome P450 family 24 subfamily A member 1(细胞色素P450家族24亚家族A成员1) 3 HTR2A P28223 hydroxytryptamine receptor 2A(羟色胺受体2A) 2 FDFT1 P37268 Squalene synthase(鲨烯合酶) 2 CALB1 P05937 Calbindin(钙结合蛋白) 1 CYP27A1 Q02318 Cytochrome P450 family 27 subfamily A member 1(细胞色素P450家族27亚家族A成员1) 1 BACE1 P56817 Beta-secretase 1(β-分泌酶1) 1 ALOX5 P09917 Arachidonate 5-lipoxygenase(花生四烯酸5-脂氧合酶) 1 AR P10275 Androgen receptor(雄激素受体) 1 ALB P02768 Serum albumin(血清白蛋白) 1 F7 P08709 Coagulation factor VII(凝血因子Ⅶ) 1 LPA P08519 Apolipoprotein(a)(载脂蛋白a) 1
GO富集分析了银芍散潜在靶点的功能分布,其中biologicalprocess(生物过程)与脂质生物合成的调控、脂质储存调节、胆固醇生物合成、低密度脂蛋白颗粒的应答、酒精生物合成调控、甾体生物合成调控、肿瘤坏死因子介导的信号通路、维生素D代谢和胆汁分泌等方面相关,其中主要以脂质生物合成的正向调控为主;molecular function(分子功能)与RNA聚合酶II转录因子活性和特异性DNA结合相关;cellular component(细胞组分)与血浆脂蛋白颗粒相关,见图2。2.3.2 KEGG通路分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于网络药理学的血必净注射液治疗急性肺损伤作用机制研究[J]. 左莉华,周霖,师莹莹,李卓伦,刘丽伟,姜晓芳,王丹,燕树勋,孙志,张晓坚. 中草药. 2018(15)
[2]银杏双黄酮药理作用的研究进展[J]. 涂清波,孙云,许婷,林颖,吕志阳,盛晟,王俊,吴福安. 山东医药. 2018(19)
[3]SPF级SD大鼠高血脂模型建立的实验报告[J]. 郑立新,杨光,蔡祥焜,乔秋爽,叶晓薇,田世民. 中国卫生检验杂志. 2018(07)
[4]基于网络药理学的款冬花止咳化痰活性成分靶点探究[J]. 李静,高丽,高耀,秦雪梅,李震宇. 中草药. 2018(01)
[5]积雪草酸通过调节TLR4和PPAR-γ活性抑制内毒素诱导的血管平滑肌细胞炎症反应[J]. 孟哲,李海禹,刘宇宙,陶海龙,李凌. 中国药理学通报. 2018(01)
[6]赤芍总苷药理作用的研究进展[J]. 董国菊. 环球中医药. 2017(09)
[7]银杏药理作用研究进展[J]. 李思佳,耿剑亮,张悦,杨娜,周芳,阿基业,王广基. 药物评价研究. 2017(06)
[8]基于网络药理学的吴茱萸汤作用机制分析[J]. 刘鑫馗,吴嘉瑞,蔺梦娟,张晓朦. 中国实验方剂学杂志. 2017(16)
[9]基于网络药理学的百合地黄汤干预心理亚健康作用机制研究[J]. 赵蕾,武嫣斐,高耀,向欢,秦雪梅,田俊生. 药学学报. 2017(01)
[10]银杏内酯研究进展[J]. 田青亚,巩丽丽. 中南药学. 2016(08)
本文编号：2979998
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