逍遥散治疗糖尿病的网络药理学分析
发布时间：2021-04-08 03:49
目的基于网络药理学方法探讨、筛选经典名方逍遥散治疗糖尿病的可能通路、靶点、成分。方法利用TCMSP、TCMIP、Drugbank、TTD等数据库检索成分、靶点信息,并进行Cytoscape分析;利用String数据库进行蛋白互作分析,利用ClueGO进行GO等数据库信息富集,并以AutodockVina进行分子对接验证。结果检索得到逍遥散394个可能的活性成分和558个成分靶点,糖尿病相关靶点4 963个,靶点取交集后得到359个靶点,在Cytoscape进行分析并按Degree排序后取前10个靶点。按Degree、Average Shortest Path Length、Betweenness Centrality和Closeness Centrality排序后各取排名靠前的一半数据得到325个靶点,在String数据库中进行检索利用Cytoscape分析,取Degree大于100的靶点,与中药-成分-靶点网络分析中的10个靶点去重合并后得到21个靶点,对这21个靶点进行分子对接验证和GO、KEGG、REACTOME数据库检索分析。结论筛选出8个潜在活性结构,利用分子对接在21个潜在...
【文章来源】：现代药物与临床. 2020,35(09)
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
0 与逍遥散成分对接能小于对照药的蛋白个数排序前8的结构3D图
将8味中药、394个成分、359个靶点在Cytoscape中进行分析、做图。由图1可见，8味中药的成分和相关靶点比较多，存在比较复杂的关系。在数据处理过程中发现，部分结构如在TCMIP库中检索到的Dimethyl Camphorate，数据库显示成药性为“好”，但是并没给出相应靶点，为了避免错漏可能有活性的结构，在后续研究中利用Autodock Vina对所有结构和筛选出的关键靶点进行了分子对接。对数据进行分析，中药相关参数按自由度（Degree）排序后如表1所示，甘草Degree最大，预示其可能的活性成分数量最多。同时接近中心性（Closeness Centrality）很大、平均最短路径长度（Average Shortest Path Length）很小，说明其在网络中可能非常重要。当归介数（Betweenness Centrality）很大，说明其可能也在本方剂中起着非常重要的作用。对Cytoscape处理结果中的靶点部分，按Degree由大到小排序后前10个靶点如表2所示。分别对自由度、平均最短路径长度、介数、接近中心性按值大小排序后，各取排名靠前的一半得到4份数据，然后对得到的结果取交集得到4个参数排名都比较靠前的325个靶点用于String数据库分析。
对药物–成分–靶点网络分析中筛出的10个靶点和String蛋白互作网络分析中筛出的13个靶点取交集得到2个靶点ESR1、PTGS2，其在药物–成分–靶点和蛋白相互作用网络中都起重要作用，预示这2个靶点可能起着非常关键的作用。图3 325个靶点的Degree分布
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于粪便代谢组学技术的逍遥散抗抑郁作用机制研究[J]. 吕梦,王雅泽,赵迪,赵思俊,李顺勇,秦雪梅,刘晓节. 中草药. 2020(13)
[2]西药联合中药汤剂治疗糖尿病并发症的临床进展综述[J]. 李贻,张鹏敏,贺君. 糖尿病新世界. 2020(05)
[3]逍遥散对抑郁大鼠的行为学及抗氧化作用的影响[J]. 罗杰,刘小波,吕红君,杨清鑫,骆燕钦,曾南,刘蓉. 中成药. 2019(12)
[4]逍遥散及其化裁方临床应用进展[J]. 曹旭焱,张少强,刘岩. 河南中医. 2019(11)
[5]逍遥散含药血清影响RIN-m5f细胞活性及胰岛素分泌的机制探讨[J]. 陈欢,张铭珈,倪慧,朱艳芳,敖海清. 中药新药与临床药理. 2019(06)
[6]逍遥散治疗糖尿病合并抑郁症的疗效观察[J]. 刘加河,洪冠宇,纪春敏,郑晓军. 糖尿病新世界. 2018(10)
[7]逍遥散在2型糖尿病治疗中的应用及有效性探究[J]. 丁华君. 临床医药文献电子杂志. 2018(12)
本文编号：3124790
【文章来源】：现代药物与临床. 2020,35(09)
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
0 与逍遥散成分对接能小于对照药的蛋白个数排序前8的结构3D图
将8味中药、394个成分、359个靶点在Cytoscape中进行分析、做图。由图1可见，8味中药的成分和相关靶点比较多，存在比较复杂的关系。在数据处理过程中发现，部分结构如在TCMIP库中检索到的Dimethyl Camphorate，数据库显示成药性为“好”，但是并没给出相应靶点，为了避免错漏可能有活性的结构，在后续研究中利用Autodock Vina对所有结构和筛选出的关键靶点进行了分子对接。对数据进行分析，中药相关参数按自由度（Degree）排序后如表1所示，甘草Degree最大，预示其可能的活性成分数量最多。同时接近中心性（Closeness Centrality）很大、平均最短路径长度（Average Shortest Path Length）很小，说明其在网络中可能非常重要。当归介数（Betweenness Centrality）很大，说明其可能也在本方剂中起着非常重要的作用。对Cytoscape处理结果中的靶点部分，按Degree由大到小排序后前10个靶点如表2所示。分别对自由度、平均最短路径长度、介数、接近中心性按值大小排序后，各取排名靠前的一半得到4份数据，然后对得到的结果取交集得到4个参数排名都比较靠前的325个靶点用于String数据库分析。
对药物–成分–靶点网络分析中筛出的10个靶点和String蛋白互作网络分析中筛出的13个靶点取交集得到2个靶点ESR1、PTGS2，其在药物–成分–靶点和蛋白相互作用网络中都起重要作用，预示这2个靶点可能起着非常关键的作用。图3 325个靶点的Degree分布
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于粪便代谢组学技术的逍遥散抗抑郁作用机制研究[J]. 吕梦,王雅泽,赵迪,赵思俊,李顺勇,秦雪梅,刘晓节. 中草药. 2020(13)
[2]西药联合中药汤剂治疗糖尿病并发症的临床进展综述[J]. 李贻,张鹏敏,贺君. 糖尿病新世界. 2020(05)
[3]逍遥散对抑郁大鼠的行为学及抗氧化作用的影响[J]. 罗杰,刘小波,吕红君,杨清鑫,骆燕钦,曾南,刘蓉. 中成药. 2019(12)
[4]逍遥散及其化裁方临床应用进展[J]. 曹旭焱,张少强,刘岩. 河南中医. 2019(11)
[5]逍遥散含药血清影响RIN-m5f细胞活性及胰岛素分泌的机制探讨[J]. 陈欢,张铭珈,倪慧,朱艳芳,敖海清. 中药新药与临床药理. 2019(06)
[6]逍遥散治疗糖尿病合并抑郁症的疗效观察[J]. 刘加河,洪冠宇,纪春敏,郑晓军. 糖尿病新世界. 2018(10)
[7]逍遥散在2型糖尿病治疗中的应用及有效性探究[J]. 丁华君. 临床医药文献电子杂志. 2018(12)
本文编号：3124790
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/zhongyaolw/3124790.html
