基于联合稀疏典型相关的泛癌CNVs与mRNA联合分析

发布时间：2021-12-18 10:06

　　目的利用联合稀疏典型相关方法进行泛癌拷贝数变异（CNVs）与mRNA数据融合分析,探讨拷贝数对基因表达的影响,识别分子机制的同质性和特异性,为癌症的分子机制研究提供依据。方法通过联合稀疏典型相关方法进行泛癌CNVs和mRNA数据融合分析,提取泛癌中共存CNVs及其相关的mRNA建立相关模块;在此基础上利用联合稀疏精确矩阵估计算法筛选具有直接关系的CNVs-mRNA对,并分析CNVs与不同肿瘤分期的相关性。结果提取的相关模块中CNVs和mRNA变量数分别为195和177个,其中13个mRNA存在于全部癌症,38个mRNA特异性存在于单一癌症中;共筛选出16对具有直接相关关系的CNVs-mRNA对,包括11个CNVs位点,对应基因EYA2、NNAT已在多种癌症中被发现;相关性检验显示全部11个基因拷贝数与结肠癌的T、N期,肾透明细胞癌的T、M期,浸润性乳腺癌的T期相关。结论 CNVs-mRNA相关关系在泛癌间存在同质性和特异性,同质性关系可用于识别泛癌药物作用靶点,特异性关系可以为研究癌症遗传变异对基因表达的特异性影响提供线索;CNVs-mRNA直接相关对中部分基因拷贝数与肿瘤分期相关,相... 

【文章来源】：中国卫生统计. 2020,37(05)北大核心CSCD

【文章页数】：4 页

【部分图文】：

JSCCA原理图

对预处理后的CNVs和mRNA数据进行JSCCA分析,获得具有相关关系的模块,其中CNVs和mRNA变量数分别为195和177个。在提取的相关模块中,对177个mRNA进一步观察其在不同癌症中的分布情况,其中13个mRNA在8种癌症中均被提取,38个mRNA为癌症特异性基因,其余126个mRNA在各癌症中存在不一。通过JSCCA提取的CNVs和mRNA相关关系热图,见图2,横轴排列依次为共存mRNA和特异性mRNA。图中显示在全部癌症中,共存mRNA与CNVs区域的相关性较特异性mRNA高。3.直接相关关系的确定

【参考文献】：
期刊论文
[1]肿瘤基因组图谱泛癌分析计划[J]. 张坤,王红.  中国肺癌杂志. 2015(04)



本文编号：3542169