长链非编码RNA在无功能垂体腺瘤中的差异表达研究

发布时间：2017-08-23 12:42

  本文关键词：长链非编码RNA在无功能垂体腺瘤中的差异表达研究

  更多相关文章： lncRNA 基因芯片 无功能垂体腺瘤 石蜡包埋组织

【摘要】：研究目的:长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)在多种肿瘤的发生发展起到重要作用,而它对垂体腺瘤的发病机制仍不清楚。本次研究我们使用福尔马林固定的石蜡包埋(formalin-fixed and paraffin-embedded,FFPE)组织并利用基因芯片技术来研究lncRNA在无功能垂体腺瘤(non-functioning pituitary adenomas,NFPA)和正常人垂体中的表达差异并初步探讨相关的生物学作用。材料方法:分别提取5例无功能垂体腺瘤和5例正常垂体石蜡组织的总RNA,质检合格后合成双链cDNA,用affymetrix公司的HTA2.0芯片进行扫描,并用统计软件对原始数据进行分析得到两者之间的lncRNA及mRNA的表达谱。利用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)扩大样本来验证差异较为明显的10个lncRNAs的表达。利用Pathways、Gene Ontology(GO)分析差异表达的mRNA的功能,以及建立共表达网络图对lncRNA进行相关功能分析。结果:(1)在两组石蜡组织中共同检测到30020种lncRNAs和25994种mRNAs。其中,显著差异表达上调的有87种lncRNAs和54种mRNAs,显著差异表达下调的有26种lncRNAs和26中mRNAs(fold-change≥2.0,p0.05)。(2)我们从差异表达的113个lncRNAs中选取了10个lncRNAs(n337303、n340496、n334406、n332607、n333074、n332409、n334366、n335657、n409198和MEG3)来验证芯片的可信度。经过qRT-PCR验证,lncRNA n337303、n340496、n334406、n332607、n333074和n332409表达上调,lncRNA n334366、n335657、n409198和MEG3表达下调,其结果与芯片结果基本一致。(3)GO分析显示在差异表达上调的mRNAs中,“respiratory electron transport chain”、“vesicle”及“cytochrome-c oxidase activity”分别在分子生物学进程、细胞组件和分子功能三方面富集最显著;在差异表达下调的mRNAs中,“peptide hormone processing”、“extracellular region”及“hormone activity”分别在分子生物学进程、细胞组件和分子功能三方面富集最显著。Pathway分析显示分别有99条pathway与差异表达上调的mRNAs有关,同时有24条pathway与差异表达下调的mRNAs有关。(4)关联性分析中(相关系数≥0.9),得到与所选的10个差异表达的lncRNAs共表达的mRNAs有57种,并建立了lncRNA-mRNA共表达网络。结论:(1)用lncRNA表达谱芯片来筛选石蜡包埋的无功能垂体腺瘤组织的差异表达基因是一种有效的检测方法。(2)成功利用lncRNA表达谱芯片揭示了在无功能垂体腺瘤中存在差异表达的lncRNA基因,并用qRT-PCR验证了部分lncRNA基因,从而说明了lncRNA表达谱芯片结果的可靠性。(3)这些lncRNA基因可能成为无功能垂体腺瘤的早期诊断标记物及潜在基因治疗靶点。
【关键词】：lncRNA 基因芯片 无功能垂体腺瘤 石蜡包埋组织
【学位授予单位】：苏州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R736.4
【目录】：

• 中文摘要4-6
• Abstract6-9
• 前言9-15
• 参考文献11-15
• 1 实验材料15-18
• 2 实验方法18-30
• 3 实验结果30-55
• 4 讨论55-59
• 5 全文小结59-60
• 参考文献60-63
• 综述63-72
• 参考文献67-72
• 英文缩写一览表72-73
• 攻读学位期间公开发表的论文73-74
• 致谢74-76

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本文编号：725142