苯系物联合暴露仿刺参管足转录组差异表达基因分析

发布时间：2018-06-22 07:41

  本文选题：苯系物 + 仿刺参　； 参考：《生态毒理学报》2016年06期

【摘要】：为了分析苯系物(BTEXs)联合暴露后仿刺参(Apostichopus japonicus)管足转录组差异表达基因,采用Illumina Hi SeqTM2000测序技术,对1.0 mg·L~(-1)苯系物(B)联合暴露12 h后和对照组(C)的仿刺参管足组织分别进行转录组测序。经Trinity软件进行de novo组装,获得了145 675条unigenes。利用公共数据库进行同源比对,共注释了35 330条unigenes。对比分析苯系物联合暴露组和对照组的转录组测序结果,获得了2 418个差异表达基因(DEGs)(|Log2Fold changes|≥1且FDR≤0.001),其中,上调表达和下调表达基因分别为1 049和1 369个。GOseq分析结果显示,158个DEGs显著富集在149个GO terms中,包括103个生物学过程、17个细胞组分和29个分子功能(P0.05);KEGG代谢通路分析结果显示994个差异基因映射到268条代谢通路,这些差异表达基因参与的生理过程与其他生物的同源基因参与的信号传导、癌症、外源性化合物的生物降解代谢等过程相类似。上述结果为在转录组水平筛选苯系物的生物标志物,解析苯系物对仿刺参毒性作用的分子机制提供了科学参考。
[Abstract]:In order to analyze the differentially expressed genes of (Apostichopus japonicus) tube foot transcripts after combined exposure to benzene series (BTEXs), Illumina Hi SeqTM2000 sequencing technique was used to analyze the transcriptional sequence of 1. 0 mg L ~ (-1) benzene series (B) combined with exposure for 12 h and that of the control group (C). A total of 145,675 unigenes were obtained from de novo assembly by Trinity software. A total of 35,330 unigeneses were annotated by using common database for homologous alignment. A total of 2 418 differentially expressed genes (decs 鈮，

本文编号：2052113