miR-335在肿瘤组织中的表达及其预测靶基因的生物信息学分析
本文关键词:miR-335在肿瘤组织中的表达及其预测靶基因的生物信息学分析 出处:《中国生物工程杂志》2016年03期 论文类型:期刊论文
【摘要】:目的:分析miR-335在多种肿瘤组织与癌旁组织中的表达,预测其靶基因并进行相关生物信息学分析,为进一步研究miR-335在肿瘤中的调控机制提供理论基础。方法:分析miR-335的保守性及在多个肿瘤组织中的表达;预测miR-335靶基因,并使用DAIVID对miR-335靶基因进行生物信息学分析。结果:miR-335序列高度保守,在肝癌、肺癌、乳腺癌、肝内胆管癌、脂肪肉瘤中表达下调(P0.05)。预测miR-335靶基因共34个,靶基因集合功能富集于细胞迁移、凋亡、转录调控,以及蛋白质分子连接、细胞骨架组成等生物学过程和分子功能(P0.05);主要参与了轴突向导和黏着斑信号通路、黑素瘤疾病信号通路及TGF-β信号通路(P0.05)。结论:miR-335在多种肿瘤中表达异常,且涉及多个生物学过程和信号转导通路,与肿瘤的发生发展密切相关。
[Abstract]:Objective: to analyze the expression of miR-335 in various tumor tissues and adjacent tissues, to predict the target genes and to analyze the related bioinformatics. Methods: the conserved nature of miR-335 and its expression in multiple tumor tissues were analyzed. MiR-335 target gene was predicted and bioinformatics analysis of miR-335 target gene was carried out using DAIVID. Results the sequence of miR-335 target gene was highly conserved in liver cancer and lung cancer. In breast cancer, intrahepatic cholangiocarcinoma and liposarcoma, the expression of P0.05 was down-regulated. 34 miR-335 target genes were predicted, and the function of target genes was concentrated in cell migration, apoptosis and transcriptional regulation. The biological processes and molecular functions such as protein molecular connection, cytoskeleton composition, etc. It is mainly involved in axon guide, adhesion plaque signal pathway, melanoma disease signal pathway and TGF- 尾 signal pathway P0.05.Conclusion the expression of 1% miR-335 is abnormal in many kinds of tumors. It involves many biological processes and signal transduction pathways, and is closely related to tumorigenesis and development.
【作者单位】: 南方医科大学基因工程研究所;
【基金】:国家自然科学基金(39880032) 广东省领军人才基金(C1030925)资助项目
【分类号】:Q78;R730.2
【正文快照】: miRNA是含有约22个碱基的单链非编码RNA,可以结合mRNA的3'非编码区(3'UTR)从而调节其转录水平或降解该mRNA[1]。miRNA表达谱芯片分析是高通量评估特定肿瘤样本miRNA表达水平的最常用技术,海量的肿瘤组织及细胞系miRNA表达谱芯片数据表明,miRNA的异常表达对肿瘤细胞功能影响强
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,本文编号:1390373
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