红蓝光对草莓转录组特异表达基因密码子使用偏好性的影响

发布时间：2018-01-24 06:47

本文关键词： 红蓝光转录组草莓密码子偏好性　出处：《浙江农业学报》2017年04期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：草莓转录组中特异表达基因密码子的使用偏好性分析能够为基因异源表达提供参考。为了探究红蓝光处理对草莓转录组特异表达基因密码子使用偏好性的影响,以四川农业大学果树分子生物学实验室前期红蓝光处理后的草莓转录组数据为原始实验数据,以白光处理的草莓转录组数据为原始对照数据,利用perl语言及测序结果中的FPKM值(fragments per kb per million fragments)对转录组数据进行筛选,通过Mobyle在线程序对筛选得到的特异表达基因进行密码子偏好性分析。结果表明:蓝光处理后的特异表达基因有114条,大约是红光处理的2倍;从GC含量结合GC3s含量来看,红光和蓝光处理中的特异表达基因各自均有91%偏好使用以A/T结尾的密码子;最优密码子中,红光特异基因偏好以A/T结尾的最优密码子所占的比例比蓝光特异基因多2.84%;密码子使用频率比较结果发现,酵母表达系统更适合用于2种处理特异表达基因的异源表达实验,拟南芥更适合作为2种处理特异表达基因的转基因受体。
[Abstract]:The use preference analysis of specific expression gene codon in strawberry transcription group can provide reference for gene heterologous expression. In order to explore the effect of red and blue light treatment on the use preference of specific expression gene codon in strawberry transcription group. The transcriptome data of strawberry treated with red and blue light in the laboratory of fruit tree molecular biology of Sichuan Agricultural University were taken as the original experimental data and the strawberry transcriptome data treated with white light as the original control data. Using fragments per kb per million fragments in perl language and sequencing results. The transcriptional data were screened. The codon preference of the specific expressed genes was analyzed by Mobyle online program. The results showed that there were 114 specific expression genes after blue light treatment, which was about twice as high as that of red light treatment. According to GC content and GC3s content, the specific expression genes in red light and blue light treatment each had 91% codon ending with A / T; In the optimal codon, the proportion of the optimal codon with the end of A / T in red light specific gene was 2.84% more than that in blue light specific gene. The results of codon frequency comparison showed that yeast expression system was more suitable for heterologous expression of two specific expression genes and Arabidopsis thaliana was more suitable as a transgenic receptor for two specific expression genes.
【作者单位】：四川农业大学园艺学院;
【分类号】：S668.4
【正文快照】： 承载物种遗传信息的DNA所编码的蛋白质都是由氨基酸组成的,自然界中共有64个密码子编码这些氨基酸,同一种氨基酸(起始密码子、终止密码子,色氨酸除外)可能由不同种同义密码子编码[1]。物种在不断进化的过程中,会出现对密码子不平衡选择的现象,即密码子使用偏好性(codon usage

【参考文献】

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【共引文献】

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【二级参考文献】

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