荞麦根的转录组学分析及黄酮合成基因的鉴定

发布时间：2018-03-06 15:40

  本文选题：荞麦　切入点：转录组　出处：《中国农业科技导报》2017年02期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：荞麦基因资源相对匮乏。以甜荞根和金荞根为材料,利用Illumina Hi SeqTM2000对其进行转录组测序,经过de novo从头组装得到64 618条Unigene,其中37 546条基因得到了有效注释。对甜荞根和金荞根中的差异基因进行筛选,共获得了4 709个差异基因,其中2 460个上调表达,2 249个下调表达。这些差异基因的GO注释集中在10个细胞组分(cellular component)、12个分子功能(molecular function)和22个生物学过程(biological process)中。对差异基因参与的代谢途径进行富集,上调基因中共有40个代谢途径显著富集,下调基因中共有18个代谢途径显著富集,这些显著富集的代谢途径参与甜荞根和金荞根的生物学调控。最后对转录组中注释到黄酮合成途径中的关键基因进行了分析,共有21个基因注释到黄酮合成途径中的关键酶。不仅丰富了荞麦的基因资源,为荞麦分子生物学研究提供数据基础,也为筛选甜荞根和金荞根中相关基因的表达趋势提供参考依据。
[Abstract]:The genetic resources of buckwheat were relatively scarce. Using buckwheat root and buckwheat root as materials, Illumina Hi SeqTM2000 was used to sequence the transcriptome of buckwheat. A total of 64 618 Unigeneic genes were obtained by de novo ab initio assembly, of which 37 546 genes were effectively annotated. A total of 4 709 differentially expressed genes were obtained by screening the differential genes in buckwheat roots and golden buckwheat roots. Among them, 2 460 up-regulated genes were down-regulated. The go annotations of these differentially expressed genes were concentrated in 10 cellular components, 12 molecular functional molecular functionalities and 22 biological processes. The metabolic pathways involved in differential genes were enriched. A total of 40 metabolic pathways were significantly enriched in up-regulated genes, and 18 metabolic pathways in down-regulated genes were significantly enriched. These significantly enriched metabolic pathways are involved in the biological regulation of buckwheat root and buckwheat root. Finally, the key genes in the flavonoid synthesis pathway are analyzed. A total of 21 genes annotated the key enzymes in the flavonoid synthesis pathway, which not only enriched the genetic resources of buckwheat, but also provided the data basis for the study of buckwheat molecular biology. It also provides a reference for screening the expression trend of related genes in buckwheat roots and golden buckwheat roots.
【作者单位】： 贵州师范大学荞麦产业技术研究中心;
【基金】：国家自然科学基金项目(31471562) 国家现代农业产业技术体系专项(CARS-08-A4) 贵州省科学技术基金计划项目(2016GZ73702) 贵州省荞麦工程技术研究中心项目(黔科合农G字[2015]4003号)资助
【分类号】：S517

【参考文献】

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本文编号：1575446