马鹿群体Y染色体相关基因遗传多样性分析

发布时间：2018-05-02 05:25

本文选题：马鹿 + Y染色体　；参考：《吉林农业大学》2016年硕士论文

【摘要】：马鹿是我国重要的茸鹿资源,野生数量急剧下降,在我国新疆、东北和内蒙古等地均有饲养。本研究利用Y染色体基因片段对8个马鹿群体共345个个体的约8900bp基因片段进行了研究,分析了马鹿Y染色体的单倍型多样性、马鹿的群体遗传多样性,探讨马鹿群体的父系起源。结果如下:8个马鹿群体Y染色体AMELY、DBY、SRY、ZFY基因扩增片段总长约为8900bp,8个马鹿群体具有相似的碱基组成,A+T碱基含量为64.8%~64.9%,G+C碱基含量为35.1%~35.2%。赤鹿和清原马鹿核酸歧异度最大(Dxy=0.00386);清原马鹿和天山马鹿核酸歧异度最小(Dxy=0.00047)。赤鹿具有最高的核苷酸多样性(π=0.00177),其次为塔河马鹿(π=0.00176)。赤鹿与其他马鹿群体间遗传距离均最大(D=0.004)发现了85个变异位点,其中,在2334、3284、3680、5110等位置处出现了A-C互换,在160、340、671、4694、6086、7267等位置处出现了A-G互换,在563、625、726、965、2216、2957、5090、5469、8605等位置处出现了C-T互换,在3197、6844等位置处出现了G-T互换,在428、1195等位置处出现了A-T颠换,在984等位置处出现缺失。39个单倍型被定义。东北马鹿存在7个单倍型,塔河马鹿存在9个单倍型,阿尔泰马鹿存在9个单倍型,天山马鹿存在6个单倍型,甘肃马鹿存在4个单倍型,青海马鹿存在3个单倍型,清原马鹿存在17个单倍型,赤鹿具有6个单倍型。单倍型1、3、8、15、34为优势单倍型。单倍型1、3、8、15为几个群体间的共有单倍型,单倍型8、12、13为塔河马鹿与清原马鹿共有,单倍型14、15、16为甘肃马鹿与青海马鹿共有,单倍型34为赤鹿独有。利用Mega 6.0软件对所得到的AMELY、DBY、SRY、ZFY基因片段序列进行分析发现,AMELY基因片段存在的变异位点最多47个,单倍型多样性最丰富,而DBY、SRY、ZFY基因片段存在变异位点相对较少。将所得到Y染色体基因片段进行分析,发现了85个变异位点,定义了39个单倍型。其中,塔河马鹿、清原马鹿,赤鹿均具有自己独特的单倍型;塔河和清原两种马鹿之间存在共有单倍型,甘肃和青海两个马鹿之间存在共享单倍型。构建NJ和ML分子系统发育树发现这八个马鹿群体共存在5个分支,青海马鹿、清原马鹿、阿尔泰马鹿、甘肃马鹿、塔河马鹿、东北马鹿、天山马鹿聚为一类;构成支系Ⅰ和支系Ⅱ。甘肃马鹿和青海马鹿聚为支系Ⅲ,塔河马鹿与清原马鹿聚为支系Ⅳ,赤鹿聚为支系Ⅴ。赤鹿自成一系与其他马鹿群体间不存在基因交流;塔河马鹿、甘肃马鹿与其他马鹿之间可能存在基因交流。利用Y染色体的不同基因片段分别分析马鹿群体的遗传多样性,关于马鹿群体间的遗传距离AMELY、SRY、ZFY 3个基因片段的结果相一致,赤鹿与其他种群间差异明显。而DBY基因的结果略有差异,塔河马鹿与其余马鹿间的遗传距离较大,其他马鹿间的遗传距离均较近,差异不明显,塔河马鹿与其他种群间差异明显。为更准确的描述8个马鹿群体间的遗传关系,将4个Y染色体基因片段序列整合在一起,结果显示赤鹿与其他马鹿群体间遗传距离相对较远,而其他马鹿群体间的遗传距离较近,赤鹿具有最高的核苷酸多样性,其次为塔河马鹿,该结果同时也是对单基因分析结果的综合,由此认为多基因片段综合分析的结果更为准确。利用Y染色体基因探讨了塔河马鹿单倍型特性并研究其与产茸性状之间的关系,对Y染色体AMELY、DBY、SRY、ZFY基因片段进行了分析,AMELY基因定义了5个单倍型;DBY基因共定义了5个单倍型,SRY基因定义了2个单倍型,ZFY基因定义了4个单倍型。利用SAS9.3软件分析单倍型与产茸量之间的关系:发现ZFY基因对产茸性状有一定的影响(P0.2),其中单倍型2和单倍型3的影响显著。
[Abstract]:The results were as follows : A - C exchange was found at positions of 3,193,625 , 726 , 965 , 2216 , 2957 , 5090 , 5469 and 8605 . The genetic diversity of the deer population was analyzed by using different gene fragments of Y chromosome . The genetic distance between the two deer populations was quite different . The results showed that the genetic distance between the red deer and the other deer populations was relatively large . The results showed that the genetic distance between the two deer populations was relatively large .

【学位授予单位】：吉林农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S825

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