河流型与沼泽型水牛CSN3基因密码子使用特征分析

发布时间：2018-05-29 16:33

  本文选题：河流型水牛 + 沼泽型水牛　； 参考：《云南农业大学学报(自然科学)》2017年02期

【摘要】：本研究以54头河流型水牛和70头沼泽型水牛为研究对象,并以从NCBI数据库中下载的普通牛、野牦牛、野牛、绵羊、小鼠和人的序列作对照,对乳成分中重要的κ-酪蛋白(kappa casein)编码基因CSN3的密码子使用偏好性及水牛与其他物种间CSN3基因密码子使用的差异和进化关系进行了深入分析。结果表明:两种类型水牛CSN3基因密码子使用特征相似,河流型水牛CSN3基因共有26个偏好使用的密码子,而沼泽型水牛共有27个;其中,两类水牛偏好性较强的密码子均为GUU、UCA、AGU、CCA、AGG、GGU和GGA(RSCU≥2),河流型水牛对Asp的两种密码子GAU、GAC没有使用偏好性,而沼泽型水牛偏好使用GAC;河流型水牛编码Asp和Cys的同义密码子RSCU值为1,而沼泽型水牛只有编码Cys的同义密码子RSCU值为1。研究发现,所有物种CSN3基因均偏好使用以A/U结尾的密码子,但不同物种之间偏好使用密码子种类和数目均有差异。在密码子使用频率上,水牛CSN3基因与其他牛科物种的差异小于与小鼠、人的差异。密码子使用偏好聚类分析表明,河流型与沼泽型水牛亲缘关系最近,聚为一类,然后依次与其他牛、绵羊、小鼠和人等物种相聚。
[Abstract]:In this study, 54 river buffalo and 70 swamp buffaloes were studied, and the sequences of common cattle, wild yaks, bison, sheep, mice and human beings downloaded from NCBI database were used as control. The codon usage preference of the important kappa casein (CSN3) encoding gene in milk components and the differences and evolutionary relationships between buffalo and other species in the use of codon of CSN3 gene were analyzed. The results showed that the two types of buffalo CSN3 gene codon use characteristics are similar, fluvial buffalo CSN3 gene has 26 preferred codon, and swamp buffalo codon has 27, in which, The codon of the two kinds of buffalo with strong preference was GUUUUCAANGUGU and GGA(RSCU 鈮，

本文编号：1951614