刺五加转录因子基因的挖掘

发布时间：2018-08-31 09:39

【摘要】：以刺五加嫩叶为试材,采用二代测序方法Illumina HiSeq 4000进行转录组测序和生物信息学方法,找出其转录因子,并随机挑选4个不同家族的转录因子,针对6个生长时期和3个器官的样本,使用实时荧光定量PCR确认转录因子的正确性。结果表明:刺五加转录组共计8.34Gb,拼接得到77 087条Unigenes,有485个转录因子,分类于36个家族。通过qRT-PCR分析,Unigene 49771、Unigene 22314、Unigene 13139和Unigene18837在不同生长发育时期和器官中表达差异极显著(P0.01)。
[Abstract]:The tender leaves of Acanthopanax senticosus were used for transcriptome sequencing and bioinformatics with the second generation sequencing method Illumina HiSeq 4000, and four transcription factors of different families were selected randomly. Real-time quantitative PCR was used to confirm the correctness of transcription factors in 6 growth stage and 3 organ samples. The results showed that the transcriptome of Acanthopanax senticosus was 8.34 Gb, and 77,087 Unigenes, had 485 transcription factors, which were classified into 36 families. QRT-PCR analysis showed that the expression of Unigene 13139 and Unigene18837 in different growth stages and organs were significantly different (P0.01).
【作者单位】： 华北理工大学生命科学学院;
【基金】：国家自然科学基金资助项目(31570683) 河北省教育厅资助科研资助项目(QN2014102) 华北理工大学培育基金资助项目(SP201508)
【分类号】：S567.19

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本文编号：2214601