太子参蚕豆萎蔫病毒2号CP基因的遗传多样性及分子进化分析

发布时间：2019-01-02 19:30

【摘要】：为了解太子参蚕豆萎蔫病毒2(Broad bean wilt virus 2,BBWV2)的遗传多样性及分子进化关系,本研究对5个不同地理来源的6份太子参病叶样品进行了BBWV2外壳蛋白(coat protein,CP)基因的RT-PCR扩增和克隆。序列分析结果表明,所得13条太子参BBWV2 CP基因序列均为1 345 bp,其核苷酸序列同一性在81.0%~99.0%之间,氨基酸序列同一性在93.5%~99.3%之间;核苷酸多样性为0.084 00;存在280个核苷酸多态性位点,其中232个为地域特异性位点;总变异数为278个,其中同义突变29个,异义突变249个。不同地理来源的太子参BBWV2分离物之间遗传分化程度较高,基因交流不频繁,遗传漂变可能导致分离物间明显的遗传分化。在系统进化树中,太子参分离物的聚类呈现出明显的地域特异性,江苏、贵州、湖南、福建分离物均聚类在I-a亚组,而山东分离物聚类在II-c亚组,遗传距离较远。研究表明,太子参BBW V2存在很高的遗传变异,基因突变是其产生遗传多样性的主要驱动力,而地理因素与其具有较高的核苷酸多样性密切相关。
[Abstract]:In order to understand the genetic diversity and molecular evolution relationship of Pseudostellaria heterophylla Vicia faba wilt virus 2 (Broad bean wilt virus 2 BBWV2, six samples of Pseudostellaria heterophylla from 5 different geographical sources were studied for BBWV2 coat protein (coat protein,. CP) gene was amplified and cloned by RT-PCR. The results of sequence analysis showed that the nucleotide sequence identity and amino acid sequence identity of 13 BBWV2 CP genes of Pseudostellaria heterophylla were between 81.0% and 99.3%, respectively. The nucleotide diversity was 0.084, and there were 280 nucleotide polymorphisms, of which 232 were loci specific, and the total number of variances was 278, of which 29 were synonymous mutations and 249 were heteronymy mutations. The genetic differentiation of BBWV2 isolates from different geographical sources was higher and the gene exchange was not frequent. Genetic drift might lead to obvious genetic differentiation among isolates. In phylogenetic tree, the cluster of Pseudostellaria heterophylla isolates showed obvious geographical specificity. The isolates of Jiangsu, Guizhou, Hunan and Fujian were clustered in I-a subgroup, while Shandong isolates were clustered in II-c subgroup, with a long genetic distance. The results showed that BBW V2 had high genetic variation, gene mutation was the main driving force for its genetic diversity, and geographical factors were closely related to its high nucleotide diversity.
【作者单位】：宁德师范学院生物系;福建省特色药用植物工程技术研究中心;三明市农业科学研究院药用植物研究所;
【基金】：福建省教育厅科技项目(JA15563) 宁德师范学院引进人才项目(2014Y004) 福建省种业创新与产业化工程项目(2014S1477-12)
【分类号】：S435.675

【参考文献】

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2 沈建国;高芳銮;蔡伟;金晶;廖富荣;吴祖建;;进境大豆种子上菜豆荚斑驳病毒和大豆花叶病毒的多重RT-PCR检测[J];中国农业科学;2016年04期

3 朱晨熹;王国平;郑亚洲;杨作坤;王利平;徐文兴;洪霓;;来源于猕猴桃的柑橘叶斑驳病毒的RT-PCR检测及外壳蛋白基因序列分析[J];植物病理学报;2016年01期

4 李梅蓉;李晓静;包改丽;朱静;杨馨;谭冠林;兰平秀;李凡;;三七Y病毒部分ci基因和cp基因的克隆及序列分析[J];云南农业大学学报(自然科学);2016年01期

5 金晶;付翔;沈建国;蔡伟;梅晨;高芳銮;吴祖建;;利用多重RT-PCR检测水仙黄条病毒、水仙退化病毒和水仙花叶病毒[J];福建农林大学学报(自然科学版);2015年05期

6 牛颜冰;时晓丽;张西梅;赵慧琪;赵保佳;;侵染白术的蚕豆萎蔫病毒2号的分子检测与序列分析[J];病毒学报;2015年01期

7 朱静;谭冠林;包改丽;刘芳;李晓静;吴祖建;李凡;;云南番木瓜环斑病毒的发生及遗传多样性[J];微生物学通报;2014年06期

8 刘炜炜;许文博;刘升学;黄家风;;蚕豆萎蔫病毒2的分子鉴定及RNA1组分5′末端核苷酸序列分析[J];石河子大学学报(自然科学版);2012年06期

9 王晓华;张振臣;乔奇;秦艳红;张德胜;田雨婷;;甘薯羽状斑驳病毒外壳蛋白基因的分子变异[J];植物保护;2012年02期

10 周雪平,余永杰,戚益军,陈正贤,李德葆;蚕豆萎蔫病毒ELISA检测系统建立及其应用[J];植物病理学报;1996年04期

【共引文献】

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1 赵恒燕;关桂静;周常勇;于云奇;王洪苏;李中安;刘金香;;柑橘黄化脉明病毒和衰退病毒的二重RT-PCR检测体系的建立与应用[J];园艺学报;2017年07期

2 寇丽莎;赵慧琪;王德富;郭尚;牛颜冰;;药用植物柴胡病毒病病原物的分子鉴定[J];病毒学报;2017年04期

3 庞小静;赵慧琪;王德富;刘勇;牛颜冰;;烟草花叶病毒山西番茄分离物的全基因组序列测定及分析[J];中国蔬菜;2017年06期

4 匡云波;陈满足;陆伊荣;陈晶;叶祖云;;太子参芜菁花叶病毒和蚕豆萎蔫病毒的双重RT-PCR检测[J];园艺学报;2017年04期

5 王然;周丹;罗静;方金豹;;猕猴桃病毒病研究进展[J];果树学报;2017年08期

6 项周;程桥;谢宗周;王国平;洪霓;;中国柑橘叶斑驳病毒和碎叶病毒发生状况及其分子特性研究[J];园艺学报;2017年01期

7 姜珊珊;谢礼;吴斌;辛相启;陈剑平;赵玖华;;山东甘薯主要病毒的鉴定及多样性分析[J];植物保护学报;2017年01期

8 王德富;张西梅;杨锋;牛颜冰;;油菜花叶病毒山西地黄分离物的全基因组序列测定与分析[J];植物病理学报;2016年05期

9 匡云波;叶炜;李金辉;于静静;叶祖云;;太子参蚕豆萎蔫病毒2号CP基因的遗传多样性及分子进化分析[J];植物病理学报;2017年04期

10 张琳;庞丰平;霍乃蕊;;纳豆芽孢杆菌和嗜酸乳杆菌融合子的多重PCR鉴定[J];食品科学;2017年04期

【二级参考文献】

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1 HU Xin-xi;LEI Yan;WANG Pei;TANG Lin-fei;HE Chang-zheng;SONG Yong;XIONG Xing-yao;NIE Xian-zhou;;Development of a multiplex reverse transcription-PCR assay for simultaneous detection of garlic viruses[J];Journal of Integrative Agriculture;2015年05期

2 李晓静;刘芳;李梅蓉;李月月;张水英;李凡;;4种提取试剂对三七Y病毒RNA提取效果的比较[J];云南农业大学学报;2014年06期

3 宗晓娟;王文文;魏海蓉;王甲威;陈新;徐丽;刘庆忠;;3种甜樱桃病毒PNRSV、PDV及LChV-2的多重RT-PCR检测方法的建立与应用[J];中国农业科学;2014年06期

4 张成玲;赵永强;杨冬静;孙厚俊;徐振;谢逸萍;;不同寄主植物上芜菁花叶病毒外壳蛋白基因克隆及分析[J];江苏农业学报;2014年01期

5 郭灵芳;刘小娟;吴祖建;章松柏;;双链RNA快速小量提取法在水稻dsRNA病毒病诊断中的应用[J];贵州农业科学;2014年01期

6 沈建国;高芳銮;蔡伟;于文涛;虞峗;李敏;闫诚;;水仙花叶病毒RT-PCR检测方法的建立及应用[J];中国农学通报;2012年31期

7 牛颜冰;姚敏;王德富;王贵军;弓强;;臭椿病毒病病原鉴定[J];植物病理学报;2011年04期

8 牛颜冰;王德富;姚敏;王贵军;弓强;;侵染苘麻的烟草花叶病毒鉴定[J];植物保护学报;2011年02期

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4 宋丽敏,卢彩鸽,梁文星,黄金光,李怀方;侵染节瓜的小西葫芦黄花叶病毒CP基因的克隆、表达及其抗血清的制备[J];微生物学报;2005年01期

5 陈招荣;马云霞;范在丰;李怀方;;李属坏死环斑病毒CP基因在大肠杆菌中的表达及其抗血清制备[J];植物检疫;2006年02期

6 徐秉良,商鸿生,王旭;双抗转CP基因线辣椒对非克隆病毒的抗病性[J];兰州大学学报;2002年04期

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9 李志勇,夏惠娟,李兴红,董金皋;北京、宁夏甜椒上分离的黄瓜花叶病毒CP基因序列分析及亚组鉴定[J];河北农业大学学报;2005年04期

10 王利平;洪霓;宋艳苏;王俊珍;马小方;胡国君;王国平;;来源于砂梨和桃的苹果褪绿叶斑病毒分离物部分CP基因和3'端非翻译区的序列分析[J];植物病理学报;2013年01期