牙鲆抗淋巴囊肿病转录组重测序及3个抗病基因的克隆与表达

发布时间：2020-04-06 15:14

【摘要】：牙鲆是一种具有经济价值的海洋鱼类,在亚洲许多国家的水产养殖业中都具有重要的地位。然而,日益增加的工业化养殖使牙鲆对多种病原菌(细菌、病毒和寄生虫)敏感,各种传染病的频发造成了严重的经济损失。这其中淋巴囊肿病的暴发,已成为限制牙鲆养殖发展的瓶颈。为了减少淋巴囊肿病的影响,通过研究相关的免疫系统来探索淋巴囊肿病毒的防御机制,对建立抗病品种或开发有效的疫苗和抗微生物药物都具有重要的意义。本文主要实验结果如下:(1)对患淋巴囊肿病(S)和抗淋巴囊肿病(R)的牙鲆头肾进行了转录组重测序,所得到的原始数据经过质控后,我们在抗病组获得了平均序列条数为50712071条,包含5056521585 bp的clean data;患病组获得了平均序列条数为53221069条,包含5307450541 bp的clean data,碱基质量值超过20的在96.91%以上。并且所得到的clean data与牙鲆参考转录组mapping比率超过了82.73%。(2)以p
【图文】：

牙鲆,淋巴囊肿

在日本和韩国先后发现了患淋巴囊肿病的牙鲆和石斑鱼[6]。我国于 1992 年首次发现了此病[7]，并于 1997 年在威海地区的牙鲆养殖场大规模暴发，，涉病鱼报道，淋巴囊肿病毒能引起 9 目、42 科，140 种以上海水鱼、淡水鱼感染此病0 科，呈世界性分布[9, 10]。病鱼最主要的特征是口唇部、鳍条和体表等处形成单头瘤状赘生物（图 1-1）。病鱼因摄食困难或呼吸受阻及体内组织的病变而影间接的死亡，其死亡率约为 30%。虽然该病死亡率不高，但因其能通过多种渠患病率可达 80%以上，并且病鱼因外形异样而失去商业价值，成为养殖中对鱼性疾病之一[11]。目前我国养殖的牙鲆、大菱鲆、真鲷、鲈鱼、紫红笛鲷和军曹此病[7, 12-14]。并且，淋巴囊肿病的暴发与温度有关，当水温处于 10～20℃时，期。并且随着水温的升高出现自愈现象，当水温超过 24℃，囊肿物脱落，病毒此外，该病的发病率还与盐度、养殖密度、水质及鱼体自身免疫等相关[17-19]

示意图,测序,示意图,生物芯片技术

图 1-2 双脱氧链终至法（sanger 法）测序示意图Figure 1-2 Sequencing of the dideoxy chain-finger method (sanger method) 90 年代，生物芯片技术成为了生物信息学研究的主流技术。生物品中所包含的各种生物信息解剖。基因芯片(Microarray)又称 DN聚核苷酸芯片和 cDNA 芯片。该技术基于核酸分子原位杂交原理RNA 反转录得到 cDNA 进行杂交进而测定基因表达量[46, 47]。虽序技术相比，提高了测序通量,降低了测序成本，但是仍然存在着
【学位授予单位】：河北农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S943

【参考文献】