非生物胁迫下毛竹qRT-PCR分析中内参基因的选择

发布时间：2020-04-20 01:32

【摘要】：毛竹(Phyllostachys edulis)隶属禾本科刚竹属,因其生长快速、材质优良以及用途广泛等特点,成为我国经济价值最大的竹种。然而,随着环境的日益恶化,冷害、干旱、土壤盐碱化等非生物胁迫严重影响了毛竹笋材产量及品质。因此,非生物胁迫研究对毛竹生产实践具有重要意义。实时荧光定量PCR是目前研究发育过程中基因时空表达规律的常用手段,而选择合适的内参基因是准确分析目标基因相对表达量的前提条件。但目前非生物胁迫下毛竹内参基因选择的研究尚未见研究报道。本研究以低温、干旱和盐胁迫条件下毛竹的根、茎、叶为实验材料,通过q RT-PCR技术对10种候选内参基因:TIP41、NTB、KDSA、PP2A、SAND、e IF-4α、18S r RNA、HSP、GAPDH和ACT在其不同器官和组织中的表达情况进行了详细分析。经Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper 3个分析软件对比分析发现:1、在低温处理下,比较不同叶片或不同组织之间的基因表达差异时,可选取e IF-4α和TIP41作为校正内参基因。2、在盐胁迫下,比较不同叶片之间的基因表达差异时,可选取e IF-4α作为校正内参基因;比较不同组织之间的基因表达差异时,可选取e IF-4α或TIP41作为校正内参基因。3、在干旱条件下,比较不同叶片之间的基因表达差异时,可选取NTB和KDSA作为校正内参基因;比较不同组织之间的基因表达差异时,可选取NTB和TIP41作为校正内参基因。上述发现与多数文献把ACT作为毛竹唯一内参基因的研究不一致。本研究为在非生物胁迫下毛竹q RT-PCR分析中选择合适的内参基因提供了理论依据。另外,为探索毛竹中的内参基因是否适用于其他竹种,本研究还以紫竹(Phyllostachys nigra)、孝顺竹(Bambusa multiplex)和黄条金刚竹(Sasaella kongosanensis‘Aureostriatus’)为研究对象,分析了毛竹10种候选内参基因在其不同器官和组织中的表达情况。结果发现毛竹的内参基因可以用于其他竹种的相对定量PCR分析。该研究为毛竹内参基因的通用性应用研究提供了理论依据。
【图文】：

内参,PCR扩增

非生物胁迫下毛竹 qRT-PCR 分析中内参基因的选择第三章结果与分析因的 PCR 扩增内参基因的 PCR 扩增种候选内参基因经普通 PCR 扩增，通过 1%琼脂糖凝胶电的结果，从图中可以看出存在清晰且较亮的条带于 100聚体和非特异性条带，这与设计引物的预期片段大小相度的专一性，可用于 qRT-PCR 分析。

扩增曲线,内参,PCR扩增,紫竹

图 3.2 10 种候选内参基因的 PCR 扩增Fig. 3.2 PCR amplication of ten candidate reference genes注 a：A: 紫竹；B: 孝顺竹；C: 黄条金刚竹rker; 1: GAPDH; 2: ACT; 3: TIP41; 4: NTB; 5: PP2A; 6: SAND; 7: eIF-4α; 8: 1KDSA因的 Ct 值分析胁迫下 Ct 分析同材料来源的 cDNA 为模板，进行 qRT-PCR 分析。结果基因目的片段的扩增曲线稳定，重复性好，，可用于后续解曲线均只有单一特征峰，说明所有引物都能特异性扩段，且没有引物二聚体存在，进一步说明实验 qRT-PCRA
【学位授予单位】：浙江农林大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S795.7

【参考文献】