雌激素受体阳性绝经后乳腺癌肥胖相关基因的GEO数据分析及验证

发布时间：2020-05-26 18:38

【摘要】：第一部分雌激素受体阳性绝经后乳腺癌肥胖相关基因的GEO数据分析及验证背景与目的:乳腺癌是如今世界各地女性中最常见的恶性肿瘤之一。而肥胖会使绝经后乳腺癌的发病风险增高,BMI指数每增加1个单位,绝经后的女性患乳腺癌的风险会增加2%。另外肥胖对绝经前和绝经后患者的预后都有负面影响,但影响最显著的是雌激素受体阳性的绝经后患者,这一发现由德国BRENDA队列的回顾性分析证实。本研究利用GEO公共数据库下载的乳腺癌基因芯片数据,以期探索肥胖与雌激素受体阳性绝经后乳腺癌的相关基因。方法:1基因表达谱数据分析在基于R语言的Bioconductor平台上数据的预处理之后,进行筛选差异表达基因、GO(gene ontology)分析、聚类分析和KEGG Pathway分析等步骤。2实时荧光定量PCR方法采用SYBR法实时荧光定量PCR检测96对组织标本中COL1A2、MMP14、SLC26A3基因mRNA表达水平。3 Western blotting 方法随机选取6对肥胖组乳腺癌和6对非肥组乳腺癌组织标本,提取总蛋白,进行 Western blotting 检测。结果:1.基因芯片数据分析最终共筛选出差异表达基因566个,肥胖雌激素受体阳性绝经后乳腺癌有342个基因表达上调,224个基因表达下调。2.目的基因mRNA表达水平检测COL1A2基因的mRNA表达水平在61.4%的乳腺癌组织中上调(59/96,P=0.046),在肥胖组中mRNA相对表达量明显高于非肥胖组(P=0.013)。MMP14基因的mRNA表达水平在55.2%的癌组织中上调(53/96,P0.0002),在肥胖组中mRNA相对表达量明显高于非肥胖组(P=0.003)。SLC26A3基因的mRNA表达水平在78.1%的癌组织中下调(75/96,P=0.0085),在肥胖组中mRNA相对表达量明显低于非肥胖组(P=0.008)。3.Western blotting检测COL1A2蛋白表达水平相对于癌旁组织,乳腺癌组织中的COL1A2蛋白表达量更高;相对于非肥胖组乳腺癌组织,肥胖组的COL1A2蛋白相对表达量更高。结论:1、基因芯片数据分析结果显示,肥胖雌激素受体阳性绝经后乳腺癌的差异表达基因主要与金属肽酶活性、胶原代谢过程等23种细胞功能有关;KEGG Pathway分析显示差异表达基因主要参与的信号通路有:PDGF信号通路,血小板的激活触发等。2、COL1A2基因可能是肥胖雌激素受体阳性绝经后乳腺癌的相关基因及潜在的治疗靶点。第二部分循环肿瘤DNA检测及其在乳腺癌中的临床应用随着检测技术的精进,循环肿瘤DNA在肿瘤的早期诊断、预后评估、疗效及肿瘤负荷监测等方面有着非常广阔的应用前景。同时,乳腺癌的化疗、靶向治疗和内分泌治疗将更加个体化及针对性。
【图文】：

差异表达基因,聚类分析

图３－１差异表达基因监督层次聚类分析图逡逑Ｓｕｐｅｒｖｉｓｅｄ邋Ｃｌｕｓｔｅｒ邋Ａｎａｌｙｓｉｓ邋ｏｆ邋Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ邋Ｅｘｐｒｅｓ邋ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ邋ｏｆ邋５６６邋ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ邋ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ邋ｇｅｎｅｓ邋ｖｅａｌｅｄ邋ｃｌｅａｒ邋ｐａｔｔｅｒｎ邋ｏｆ邋ｇｅｎｅｓ邋ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ邋ｉｎ邋ｏｂｅｓｉｔｙｅｓ邋ｗｅｒｅ邋ｄｅｎｏｔｅｄ邋ｉｎ邋ｃｏｌｕｍｎｓ邋ａｎｄ邋ｇｅｎｅｓ邋ｗｅｒｅ邋ｄｈ邋ｇｅｎｅｓ邋ａｃｒｏｓｓ邋ｔｈｅ邋ｓａｍｐｌｅ邋ｉｓ邋ｓｃａｌｅｄ邋ｔｏ邋［－６，，４］邋ｉｎｔｐｉｃｔｅｄ邋ｕｓｉｎｇ邋ａ邋ｃｏｌｏｒ邋ｓｃａｌｅ邋ａｓ邋ｓｈｏｗｎ邋ａｔ邋ｔｈｅ邋ｔｏｐ邋ｏｆ邋ｔｈｅｉｃａｔｅｄ邋ｉｎ邋ｒｅｄ，邋ａｎｄ邋ｌｏｗｌｙ邋ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ邋ｉｎ邋ｇｒｅｅｎ．逡逑
【学位授予单位】：南方医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R737.9

【参考文献】