基于重组MS2病毒样颗粒的急性早幼粒白血病PML-RARα融合基因检测质控品及其应用研究
发布时间：2020-06-02 13:49
【摘要】：PML-RARβ融合基因检测在急性早幼粒细胞白血病的临床管理中发挥重要作用。使用逆转录定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)的PML-RARα融合基因分子检测可以证实基于形态学、免疫表型和/或凝血障碍筛查对APL的假定诊断。同时,使用RT-qPCR连续检测PML-RARα融合基因转录水平可以监测最小残留病(MRD),用于记录白血病负担并最终确认分子缓解。基于PML-RARβ融合基因转录物的RT-qPCR检测已广泛开展于临床常规实验室,尤其是血液病分子实验室。依据PML-RAR融合基因检测目的,临床真实骨髓标本有核白细胞提取的总RNA可分为3个部分,即PML-RARα融合基因mRNA,内参基因mRNA和其他无关RNA,其中无关RNA占总RNA 比例最大。我们选择生物安全性高、稳定性好、对RNA保护作用强的噬菌体MS2病毒样颗粒(Bacteriophage MS2 virus-like particles,MS2VLPs)来制作PML-RARα融合基因、内参基因和无关RNA的盔甲RNA。其中PML-RAR融合基因包括L、S和V三种亚型,选择外源性23s rRNA作为无关RNA。混合PML-RARα融合基因不同亚型,内参基因和23s rRNA的盔甲RNA,就可模拟有核白细胞总RNA组成特征和RNA产量,进而制备不同PML-RRα转录水平的模拟白细胞样本。针对不同亚型的PML-RARα融合基因,我们设计不同的APL临床模拟病例,同时提供从入院诊断到随访的各个MRD监测点的临床检测信息。依据APL病程不同MRD监测点临床信息制备不同的模拟白细胞样本,作为PML-RARα融合基因检测EQA样本。根据PML-RARα临床检测流程,采用严格的EQA评价标准,突出PML-RARα融合基因入院诊断筛查和定性检测在临床治疗决策中的重要作用。参考多种国内外基因诊断报告标准,建立PML-RARα融合基因临床检验报告单评分标准,考查参评实验室临床检验报告的规范完整性。各实验室需根据APL模拟病例和质控样本临床检查信息,给出相应的临床治疗方案和治疗调整,以考查实验室与临床科室的沟通意愿和能力。我们要求参评实验室对EQA样本进行融合基因检测流程,包括RNA提取、白血病相关融合基因诊断筛查、定性和定量RT-qPCR检测,最终提交实验数据回报表和临床检验报告。我们制备的模拟白细胞样本对各种RNA提取方法有很好的适应性,各实验室RNA产量与真实BM样本基本一致(2.27～35.70μg),内参基因的拷贝数104,可以满足后续的PCR实验检测。针对PML-RARα融合基因临床检测流程,在50家参评实验室中,30.0%(15/50)的整体表现被认为是“优秀”,8.0%(4/50)参评者被归类为“尚可”,62.0%(31/50)实验室被纳入“有待提高”。白血病相关融合基因诊断筛查和定量检测的整体表现明显优于定性检测和临床检验报告表现。(1)参评实验室的诊断筛查表现好,只有1家实验室出现PML-RARα亚型鉴定错误结果。(2)RT-qPCR定性检测表现不能令人满意,51.0%(25/49)实验室在治疗决策重要性的MRD监测点出现了至少1个假阳性或假阴性结果,共报告28个假阳性结果和15个假阴性结果;RT-qPCR定量检测稳定性差,表现为参评实验室不同样本之间检测能力不一致,不同实验室之间检测结果不一致;对PML-RAα融合基因低频亚型V,RT-qPCR定性和定量检测能力明显差于亚型L/S。(3)临床检验报告规范完整性表现差,只有检测结果却很少有基于给定APL模拟病例的临床解释和进一步检测建议;多数临床实验室有与临床科室沟通意愿,但深度有待加强。综上所述,模拟白细胞样本可以胜任PML-RAR融合基因临床检测流程质量评价,在RNA提取、内参基因和融合基因检测方面成功模拟了临床标本特征。针对不同的室间评价结果,临床实验室需要严格执行PCR分区操作防止样本污染,常规进行室内质量控制,定期进行仪器设备的维护和校准,以避免假阳性和假阴性结果;同时要主动优化和验证RT-qPCR检测程序,完善实验室程序性文件,以保证实验室定量检测结果的稳定性和准确性。临床实验室需关注检测样本的临床信息,合理分析检测结果,得出有专业临床解释的临床检验报告。临床实验室需加强与临床医师之间的沟通交流,继续参加室间质量评价和教育活动,以改进PML-RARα融合基因临床检测流程。本研究的创新性主要有:(1)使用MS2VLPs制备APL模拟白细胞样本,包括PML-RAR融合基因低频亚型V;(2)设计APL常规顺利型和极端复发型病例,在不同MRD监测点制备相应PML-RAR融合基因转录水平的模拟白细胞EQA样本,组成PML-RAR融合基因不同亚型的室间质评样本盘;(3)模拟APL临床检测流程,考查质控样本的RNA提取、入院诊断筛查、定性和定量检测,临床报告与临床治疗;(4)建立了适合急性早幼粒白血病PML-RARα FG检测流程的严格的EQA评分标准,评价实验室筛杏、定性和定量检测能力:(5)建立临床检验报告单评分标准,考查PML-RAR融合基因临床检验报告的规范完整性;(6)设计APL模拟病例和各EQA样本临床检查信息,以临床治疗响应和调整的有无为指标考查实验室与临床科室的沟通意愿和能力。
【图文】：
ＲＮＡ比例最大。其中ＰＭＬ－兄ＦＧ包括Ｌ、Ｓ和Ｖ邋３种亚型，外源性２３ｓ邋ｒＲＮＡ逡逑被选作无关ＲＮＡ［７］。我们使用ＭＳ２邋ＶＬＰｓ来制作ＦＧ，ＣＧｓ和２３ｓ邋ｒＲＮＡ逡逑的ＭＳ２盔甲ＲＮＡ邋（图２）。为模拟ＢＭ有核白细胞总ＲＮＡ组成特征和总ＲＮＡ逡逑产量，我们通过混合不同亚型的和内参基因盔甲ＲＮＡ，添加大量逡逑２３ｓｒＲＮＡ装甲ＲＮＡ，来制备模拟白细胞样本。针对不同亚型的ＰＭＬ－ｉＭｉｔｅＦＧ，逡逑设计不同的ＡＰＬ临床模拟病例，包括从入院诊断到随访的各个ＭＲＤ监测点的逡逑临床检测信息。根据ＡＰＬ病程不同ＭＲＤ监测点提供的临床信息，制备有限的逡逑不同ＦＧ转录水平的模拟白细胞样本，作为ＰＭＬ－兄r溃徨澹疲茄切停蹋皱义稀危澹拥模牛眩裂九蹋郏保梗荨Ｎ颐墙ⅲ校停蹋值牧俅布觳饬鞒痰氖壹渲柿科兰坼巍义显ぱ校ǎ遥危撂崛。籽∠喙厝诤匣蛘锒仙覆椋遥裕瘢校茫叶ㄐ院投考戾义喜猓俅布煅楸ǜ婧土俅仓瘟品从Αｅ义希保卞义，
本文编号：2693250
【图文】：
ＲＮＡ比例最大。其中ＰＭＬ－兄ＦＧ包括Ｌ、Ｓ和Ｖ邋３种亚型，外源性２３ｓ邋ｒＲＮＡ逡逑被选作无关ＲＮＡ［７］。我们使用ＭＳ２邋ＶＬＰｓ来制作ＦＧ，ＣＧｓ和２３ｓ邋ｒＲＮＡ逡逑的ＭＳ２盔甲ＲＮＡ邋（图２）。为模拟ＢＭ有核白细胞总ＲＮＡ组成特征和总ＲＮＡ逡逑产量，我们通过混合不同亚型的和内参基因盔甲ＲＮＡ，添加大量逡逑２３ｓｒＲＮＡ装甲ＲＮＡ，来制备模拟白细胞样本。针对不同亚型的ＰＭＬ－ｉＭｉｔｅＦＧ，逡逑设计不同的ＡＰＬ临床模拟病例，包括从入院诊断到随访的各个ＭＲＤ监测点的逡逑临床检测信息。根据ＡＰＬ病程不同ＭＲＤ监测点提供的临床信息，制备有限的逡逑不同ＦＧ转录水平的模拟白细胞样本，作为ＰＭＬ－兄r溃徨澹疲茄切停蹋皱义稀危澹拥模牛眩裂九蹋郏保梗荨Ｎ颐墙ⅲ校停蹋值牧俅布觳饬鞒痰氖壹渲柿科兰坼巍义显ぱ校ǎ遥危撂崛。籽∠喙厝诤匣蛘锒仙覆椋遥裕瘢校茫叶ㄐ院投考戾义喜猓俅布煅楸ǜ婧土俅仓瘟品从Αｅ义希保卞义，
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