瘤背石磺表皮生长因子基因的克
【图文】：
?膜内1~16aa,膜上17~39aa,膜外40~281aa)。磷酸化位点预测软件NetPhos2.0Serber显示Os-egf1基因含有6个Ser、3个Thr、3个Tyr,可能为蛋白激酶磷酸化位点。细胞定位预测表明Os-egf1基因定位在细胞外,是分泌性蛋白的可能性较大。功能结构域预测软件SMART显示Os-egf1基因含有2个EGF结构域(46~77aa、139~170aa)和一个EGF-like结构域(92~137aa),每个EGF结构域均包含6个半胱氨酸残基,结构域内部各自形成3个二硫键,EGF-like结构域包含8个半胱氨酸残基。使用SWISSmodel软件对Os-egf1氨基酸序列进行三维结构预测,结果如图1。图1Os-egf1氨基酸序列的三维结构预测图Fig.1Three-dimensionalstructurepredictionmapofOs-egf1aminoacidsequence将Os-egf1的氨基酸序列在NCBI中Blast同源性比对得知,与其匹配度最高的是腹足纲生物Biomphalariaglabrata中的multipleepidermalgrowthfactor-likedomainsprotein10蛋白序列(XP_013086610.1),匹配度达到51%。相似度较低一点的是Crassostreagigas,同样是multipleepidermalgrowthfactor-likedomainsprotein10的蛋白序列(XP_011433900.1),同源性为43%。将两者的氨基酸序列同Os-egf1进行多重序列比对后,结果如图2所示。瘤背石磺Os-egf1基因cDNA序列及其编码的氨基酸序列如图3所示。使用BioEdit软件将瘤背石磺Os-egf1基因的3个EGF-like结构域同EGF家族及其相关蛋白的EGF-like结构域做比较,结果表明Os-egf1与EGF家族及相关蛋白的6个半胱氨酸残基是高度保守的,且均符合CX7CX4-5CX10-13CXCX8C结构,如图4。
MarineSciences/Vol.41,No.3/201711图2Os-egf1的氨基酸序列与同源性较高的EGF-like的多重序列比对结果Fig.2TheresultofmultiplesequencealignmentofOs-egf1aminoacidsequencewithEGF-likegene使用Mega6.0软件,对瘤背石磺Os-egf1及EGF家族其他成员的氨基酸序列进行比对并构建系统进化树图5。结果表明,大体上EGF家族每个成员的不同物种基因相应的聚为群组。Gryllusbimaculatus的TGF-α蛋白单独聚为一支,小家鼠(Musmusculus)和人类(Homosapiens)的相关蛋白聚为一支,Os-egf1单独聚为一支,剩余4种的EGF相关蛋白形成两分支又聚为一支。
12海洋科学/2017年/第41卷/第3期图3瘤背石磺Os-egf1基因cDNA序列及其编码的氨基酸序列Fig.3NucleotideanddeducedaminoacidsequencesofOs-egf1fromOnchidiumstruma图中蓝色字体为起始密码子和终止密码子,黑色加粗字体为加尾信号;阴影部分是保守的EGF-like结构域,红色字体为6个典型的半胱氨酸残基Blueindicatestheinitiationcodonandstopcodon;boldblackindicatespolyadenylationsignals;shadowindicatestheconservedEGF-likedomain;redindicatessixtypicalcysteineresidues3讨论表皮生长因子(EGF)家族的研究报道在脊椎动物中比较丰富。本文利用瘤背石磺转录组,首次在该物种中克隆得到EGF-like基因Os-egf1,通过功能结构域分析发现其包含1个跨膜结构域(17~39aa)、2个EGF结构域(46~77aa、139~170aa)和一个EGF-like结构域(92~137aa),将其与家族中其他成员及其相关蛋白的结构域比较,发现Os-egf1和他们有着相同的EGF-like结构特征,包含典型的6个半胱氨酸残基,且符合CX7CX4-5CX10-13CXCX8C结构,其中完全保守的6个半胱氨酸残基C1~C3、C2~C4和C5~C6
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