青藏高原5种害鼠D型肉毒素抗性相关基因VAMP1的序列分析

发布时间：2020-09-29 12:50

【摘要】：突触小泡相关膜蛋白1基因(VAMP1)的变异是导致鼠类对D型肉毒梭毒素灭鼠剂产生抗性的主要原因。本研究利用转录组测序的方法,分析青藏高原地区5种主要害鼠:高原鼠兔(Ochotona curzoniae)、高原鼢鼠(Eospalax baileyi)、长尾仓鼠(Cricetulus longicaudatus)、青海松田鼠(Neodon fuscus)和喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)的VAMP1序列信息。同时,分别采集来自5个地理种群的58只高原鼠兔和59只高原鼢鼠,对VAMP1基因第二外显子区序列进行分析。结果显示,从转录组组装文件中成功获得5种动物的VAMP1基因全序列,长度均为357 bp,共检测到46个核苷酸变异位点和4个氨基酸变异位点,但未发现与D型肉毒素抗性相关的氨基酸位点。对高原鼠兔群体和高原鼢鼠群体的VAMP1基因第二外显子序列的分析显示,高原鼠兔所有个体的序列高度保守,而在高原鼢鼠中则存在一个同义突变位点,但两物种在D型肉毒素抗性相关位点上都未监测出位点变异。该研究结果提示,D型肉毒杀鼠剂在青藏高原地区害鼠防治方面应该可以长期发挥重要作用。
【图文】：

·46·动物学杂志ChineseJournalofZoology52卷表2本研究中5种害鼠及豚鼠、小鼠VAMP1基因编码区DNA序列（上三角）和氨基酸序列（下三角）相似度(%)Table2Similarity(%)amongDNAsequences(uppertriangular)andaminoacidsequences(lowertriangular)ofVAMP1codingsequenceoffiverodentsfromtheQinghai-TibetPlateauaswellasMouseandGuineaPig物种Species12345671小鼠Musmusculus93.692.293.693.092.791.62豚鼠Caviaporcellus10093.895.094.193.393.83高原鼠兔Ochotonacurzoniae10010010010099.297.54高原鼢鼠Eospalaxbaileyi10010093.810099.294.75长尾仓鼠Cricetuluslongicaudatus10010092.795.599.293.66青海松田鼠Neodonfuscus99.299.292.494.796.692.77喜马拉雅旱獭Marmotahimalayana97.597.592.797.597.596.6图1青藏高原5种害鼠及小鼠、豚鼠VAMP1氨基酸序列变异位点分布Fig.1VariablesitesdistributionofVAMP1aminoacidsequencesoffivespeciesofrodentsendemictotheQinghai-TibetPlateauaswellasMouseandGuineaPig序列中的点表示与小鼠序列相同。Thedotsshowidentitiestomouse.序列校对和拼接，得到完整的VAMP1基因第二外显子序列，比对后的全长为159bp。序列分析显示，高原鼠兔第二外显子DNA序列在所有个体之间都无变异，而高原鼢鼠在第二外显子的30号位点（对应于基因编码区全序列的159号位点）上出现C/T单核苷酸多态性，经翻译确认为同义突变。在所采集的个体中，来自祁连县八宝镇所有个体都为胸腺嘧啶（T），而来自泽库县巴滩牧场和称多县称文镇所有个体都为胞嘧啶（C），其余在两个种群中，3种

·46·动物学杂志ChineseJournalofZoology52卷表2本研究中5种害鼠及豚鼠、小鼠VAMP1基因编码区DNA序列（上三角）和氨基酸序列（下三角）相似度(%)Table2Similarity(%)amongDNAsequences(uppertriangular)andaminoacidsequences(lowertriangular)ofVAMP1codingsequenceoffiverodentsfromtheQinghai-TibetPlateauaswellasMouseandGuineaPig物种Species12345671小鼠Musmusculus93.692.293.693.092.791.62豚鼠Caviaporcellus10093.895.094.193.393.83高原鼠兔Ochotonacurzoniae10010010010099.297.54高原鼢鼠Eospalaxbaileyi10010093.810099.294.75长尾仓鼠Cricetuluslongicaudatus10010092.795.599.293.66青海松田鼠Neodonfuscus99.299.292.494.796.692.77喜马拉雅旱獭Marmotahimalayana97.597.592.797.597.596.6图1青藏高原5种害鼠及小鼠、豚鼠VAMP1氨基酸序列变异位点分布Fig.1VariablesitesdistributionofVAMP1aminoacidsequencesoffivespeciesofrodentsendemictotheQinghai-TibetPlateauaswellasMouseandGuineaPig序列中的点表示与小鼠序列相同。Thedotsshowidentitiestomouse.序列校对和拼接，得到完整的VAMP1基因第二外显子序列，比对后的全长为159bp。序列分析显示，高原鼠兔第二外显子DNA序列在所有个体之间都无变异，而高原鼢鼠在第二外显子的30号位点（对应于基因编码区全序列的159号位点）上出现C/T单核苷酸多态性，经翻译确认为同义突变。在所采集的个体中，来自祁连县八宝镇所有个体都为胸腺嘧啶（T），而来自泽库县巴滩牧场和称多县称文镇所有个体都为胞嘧啶（C），其余在两个种群中，3种

·46·动物学杂志ChineseJournalofZoology52卷表2本研究中5种害鼠及豚鼠、小鼠VAMP1基因编码区DNA序列（上三角）和氨基酸序列（下三角）相似度(%)Table2Similarity(%)amongDNAsequences(uppertriangular)andaminoacidsequences(lowertriangular)ofVAMP1codingsequenceoffiverodentsfromtheQinghai-TibetPlateauaswellasMouseandGuineaPig物种Species12345671小鼠Musmusculus93.692.293.693.092.791.62豚鼠Caviaporcellus10093.895.094.193.393.83高原鼠兔Ochotonacurzoniae10010010010099.297.54高原鼢鼠Eospalaxbaileyi10010093.810099.294.75长尾仓鼠Cricetuluslongicaudatus10010092.795.599.293.66青海松田鼠Neodonfuscus99.299.292.494.796.692.77喜马拉雅旱獭Marmotahimalayana97.597.592.797.597.596.6图1青藏高原5种害鼠及小鼠、豚鼠VAMP1氨基酸序列变异位点分布Fig.1VariablesitesdistributionofVAMP1aminoacidsequencesoffivespeciesofrodentsendemictotheQinghai-TibetPlateauaswellasMouseandGuineaPig序列中的点表示与小鼠序列相同。Thedotsshowidentitiestomouse.序列校对和拼接，得到完整的VAMP1基因第二外显子序列，比对后的全长为159bp。序列分析显示，高原鼠兔第二外显子DNA序列在所有个体之间都无变异，而高原鼢鼠在第二外显子的30号位点（对应于基因编码区全序列的159号位点）上出现C/T单核苷酸多态性，经翻译确认为同义突变。在所采集的个体中，来自祁连县八宝镇所有个体都为胸腺嘧啶（T），而来自泽库县巴滩牧场和称多县称文镇所有个体都为胞嘧啶（C），其余在两个种群中，3种

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