利用WGCNA鉴定甘蓝型油菜低温胁迫的基因共表达网络

发布时间：2021-01-06 04:32

　　为了解甘蓝型油菜受低温胁迫时的共表达网络,运用加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis, WGCNA）方法,利用2个抗冻响应有差别的甘蓝型油菜材料HX17和HX58不同低温处理的36个RNA-seq数据,通过过滤低表达基因,筛选表达水平变异最大的前15 000个基因用于WGCNA分析,共鉴定到16个基因共表达模块。结合转录因子预测、冷相关基因预测、模块基因的gene ontology（GO）富集及表达分析,确定了brown模块为响应冻害胁迫的共同模块、pink模块为HX17耐寒特异性模块,并构建了基因共表达网络,为油菜抗寒/抗冻机制研究提供新的依据。 

【文章来源】：中国油料作物学报. 2020,42(04)北大核心

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

基因聚类及模块划分

模块与性状相关性热图

对核心基因的拟南芥同源基因注释进行分析，brown模块的核心基因主要为受冷调节的基因（BnaC08g42830D、BnaCnng06580D),NAC结构域蛋白（BnaC07g29890D、BnaC08g21160D）、锌指结构蛋白（BnaC01g33270D、BnaC04g11770D）、响应早期脱水反应（BnaC03g48070D、BnaA07g03060D）、乙烯响应DNA结合因子（BnaC07g22870D）和含茉莉酸ZIM结构域蛋白（BnaC02g45660D）等基因（图5C);pink模块核心基因主要是核糖体蛋白（BnaA02g00470D、BnaA07g25010D、BnaA09g44520D、BnaC02g05260D、BnaAnng17430D、BnaCnng24330D）、伴侣素（Bn-aA04g25810D、BnaC02g13210D、BnaC04g05030D)和1个基本转录因子（BnaA09g44800D）等的基因（图5C）。3 结论与讨论

【参考文献】：
期刊论文
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[3]我国油菜生产应对气候变化的对策和措施分析[J]. 张树杰,王汉中.  中国油料作物学报. 2012(01)
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[5]2008年长江流域油菜低温冻害调查分析[J]. 张学昆,张春雷,廖星,王汉中.  中国油料作物学报. 2008(01)



本文编号：2959934