基于转录组测序的拉萨裸裂尻鱼基因差异表达分析及分子标记开发

发布时间：2021-01-14 22:58

　　拉萨裸裂尻鱼是西藏高原特有鱼类,在西藏雅鲁藏布江流域内广泛分布,具有极大的生态和经济价值。本研究首先利用转录组测序技术获得了丰富的转录组信息,经过生物信息分析,挖掘出大量的功能基因,同时对比分析了拉萨裸裂尻鱼体表有斑和无斑两种转录组信息的差异,最后发掘出大量的SSR位点,分析了SSR的特征,并进行了多态性引物设计筛选工作,获得的主要结论如下:1.利用Illumina HiSeq测序平台分别对体表有斑和无斑拉萨裸裂尻鱼的皮肤、肌肉、鳍条、肝脏和肾脏的混合样品进行转录组测序,对原始测序数据过滤、拼接组装后获得对transcript 671947条,平均长度为643 bp,N50为993 bp,N90为264bp;unigenes 444530条,平均长度为817 bp,N50为1228 bp,N90为347 bp。2.对444530条unigenes进行功能注释和分类,182298条unigenes在Nr注释成功,占全部unigenes的41%,有30217（6.79%）条unigenes在所有数据库中都获得较好的注释;通过GO注释分类后分为3大类56中生物功能,注释在细胞过程生物功能最多... 

【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：68 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

cDNA文库构建原理图

建库测序流程图

测序原始数据组成


本文编号：2977710