基于蓝莓果实发育早期转录组数据的差异基因筛选与表达分析

发布时间：2021-01-14 23:24

　　果实大小是决定蓝莓（Vaccinium spp.）经济价值重要的农艺性状,主要由果实中细胞数目及细胞体积决定。其中,果实发育早期阶段是决定蓝莓果实大小的关键时期。本研究以蓝莓中果型品种?奥尼尔?和小果型品种?蓝雨?为实验材料,对发育早期的果实（S0-S2期）进行转录组测序,以及差异表达基因筛选、克隆、表达、病毒介导的基因沉默（VIGS）处理,以期了解蓝莓调控果实大小的内在机制,为靶向选择大果形蓝莓栽培品种奠定理论基础。具体研究结果如下:（1）转录组数据分析:（1）主成分（PCA）分析发现3个生物学重复间的数据基本聚类在一起,表明转录组数据可靠,且2个品种S1期与S2期数据相似。（2）‘奥尼尔’和‘蓝雨’S0期果实中的差异表达基因共有45,474个,其中上调基因20,827个,下调基因共有24,647个;2个品种S1期的差异表达基因共有69,294个,其中上调基因35,074个,下调基因34,220个;2个品种S2期的差异表达基因共有69,816个,其中上调基因有34,027个,下调基因有35,789个。上述结果表明2个品种在S1期和S2期的差异表达基因数目多于S0期,推测S0期与S1-... 

【文章来源】：浙江师范大学浙江省

【文章页数】：77 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

转录组测序流程

第二章蓝莓果实发育早期转录组调控分析及qPCR验证9图2.1转录组测序流程Fig.2.1Transcriptomesequencingprocess2.4转录组生物信息学分析上机测序后得到原始测序序列，由于该序列带有接头以及低质量的reads，必须进行过滤，后续的序列功能注释、CDS预测分析以及基因表达量分析等生物信息学分析均基于过滤后的cleanreads，具体操作流程如下图所示：图2.2蓝莓转录组生物学信息分析流程图Fig.2.2Bioinformaticanalysisprocessforearlyblueberryfruitdevelopment

第二章蓝莓果实发育早期转录组调控分析及qPCR验证11图2.3奥尼尔和蓝雨花芽与果实总RNA提取Fig.2.3TotalRNAextractedfrom"O"Neal"and"Bluerain"flowerbudandfruit3.2转录组测序结果分析3.2.1转录组测序质量分析将获取的‘奥尼尔’和‘蓝雨’S0期、S1期、S2期转录组数据进行主成分分析，结果如图2.4所示。除‘奥尼尔’S0期外，其他5个时期的三次生物学重复重合度高，表明本次转录组数据可靠，且2个蓝莓品种S1期与S2期的数据相似。图2.4蓝莓果实发育早期转录组数据PCA三维分析图Fig.2.4PCAanalysisoftranscriptomedataforearlyblueberryfruitdevelopment6个样品（包括3次生物学重复）的转录组测序质量结果（见表2.2），表中各样本的单碱基错误率均为0.03％，满足低于1％的测序质量要求。Q20表示测序错误率<1%，各样本Q20值均在97%以上；碱基质量值Q30表示测序错误率<0.1%，各样本Q30值均在92%以上。说明该测序结果可靠，可进行后续实验。


本文编号：2977750