基于转录组测序鉴定与胃腺癌相关的关键通路和基因
发布时间：2021-02-02 15:34
研究背景胃癌（Gastric cancer）起源于胃黏膜上皮,是世界范围内最常见的恶性肿瘤之一,其死亡率居于恶性肿瘤的第二位,发病率居于第四位。胃癌包括多种组织学类型,其中胃腺癌是最常见的组织学类型。在胃癌高发的国家中我国排在前列,每年新发的胃癌病例数量约40万例,死亡病例数量约35万例,新发病例和死亡病例数量均占全世界胃癌总病例数量的40%左右。早期胃癌的症状较少,因此经常被诊断为晚期,难以治愈。进展期胃癌通常进行以外科手术为主的综合治疗,即便如此,5年生存率仍然低于30%。究其原因,缺少胃癌早期诊断和检测的特异性标志物是主要原因。转录组学这门学科是近年来兴起的从整体水平上研究某一时刻某一细胞中基因的全部转录本种类、结构和功能以及转录调控规律的学科,它能快速并且全面地获取物种在某一状态下特定细胞或组织的表达情况。对胃癌进行转录组学分析可能为其特异标志物的筛选以及早期诊断提供新的方向。目的通过转录组分析来发现与胃腺癌相关的重要的分子标记物,miRNAs和相关通路。研究方法选取5对胃腺癌组织和正常组织样本进行测序,随后对测序获得的原始数据进行预处理,筛选出癌组织与正常组织间的差异表达基因...
【文章来源】：山东大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
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基于方法部分所述的阈值，我们在癌症组得到显著上调的基因１４７７个，显??著下调的基因２８２个。图２为ＴＭＭ?Ｎｏｒｍａｌｉｚｅ前后的基因表达分布，可见经过??校正后各个样本基因表达值基本相当，具有可比性。图３为差异基因火山图和聚??类热图，聚类结果说明，、异基因可以将不同组的样本很好地区分幵。??Ａ．?Ｕｎｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ?ｄａｔａ?Ｂ．Ｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ?ｄａｔａ??：：ｊｉ）ｉｉｍｌｉｇ｜??」ｌ?５?－?■日白ｇ＿?Ｉ?５?－日＿￥＿０■自白白＿??０?—?？?？?Ｉ?ｊ?Ｊ?？?Ｉ?｜?？?！??＿５?＿?ｓ?ｉ?ｉ?ｉ?ｓ?ｓ?ｉ１?ｓ?ｓ?＿５?ｊ?丄?“?“?§?丄“??ＯＯＯＯＯＯＯＯＯＯ?ｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏ??￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣?￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣??（Ｕ?〇（Ｄ〇Ｃ〇〇〇｝〇（Ｄ〇?〇３?ｏａｊｏ＾ｏａｊｏａｊｏ??图２?Ｎｏｒｍａｌｉｚｅ前后表达值分布箱线图??１９??
图４?ＧＯ－ＢＰ和ＫＥＧＧ通路富集结果；横坐标为所富集的基因个数，颜色代表??富集显著性ｐ值??
【参考文献】：
期刊论文
[1]NTSR1基因对胃腺癌细胞增殖和侵袭的影响及机制[J]. 杨树东,蔡颖,梁加贝,周婧,郭庆,杨利华,孙荣超,吴浩荣,周志毅. 肿瘤防治研究. 2018(01)
[2]利用转录组测序数据分析胃癌长链非编码RNA的研究[J]. 曹伟军,谈路轩,李超,韩维维,张军,张振玉. 临床肿瘤学杂志. 2017(12)
[3]HP感染与胃癌发生部位、分类及分期分析[J]. 贺正希,李斌,黄进,裴海平,周建华. 中南医学科学杂志. 2017(03)
[4]MiR-26b通过下调COX-2表达抑制神经胶质瘤的增殖、侵袭和迁移[J]. 陈政纲,王子珍,郑传宜,李大圩,杨堃,蔡望青. 中南大学学报(医学版). 2017(02)
[5]miR-26a下调COX-2的表达抑制胃癌AGS细胞增殖和侵袭[J]. 蒋雷,孙涛. 解剖科学进展. 2016(06)
[6]过表达miR-26b抑制MKN-45人胃癌细胞的增殖[J]. 张向前,张敏,张静,王艳梅,虎小毅,孙宏飞,童东东,熊晓蕃,赵正豪. 细胞与分子免疫学杂志. 2016(08)
[7]早期胃癌的治疗方法对比分析[J]. 李雪莹. 中国继续医学教育. 2016(16)
[8]miR-506对胃癌细胞增殖和转移的影响[J]. 林子龙,周全,任佳,李建芳,俞焙秦,苏丽萍,徐岷涓,刘炳亚. 上海交通大学学报(医学版). 2016(05)
[9]转录组在肿瘤中的应用及进展[J]. 陈柳,华清泉. 中国医药导报. 2016(06)
[10]早期胃癌的治疗方法对比分析[J]. 牛雪梅,王晓霞. 中国实用医药. 2016(04)
博士论文
[1]Hsa-miR-506-3p靶向ERK-2/ETS-1抑制胃癌血管新生及侵袭转移的功能及机制研究[D]. 李真.南方医科大学 2016
[2]基于RNA-seq技术的宫颈鳞癌转录组学研究[D]. 郭朋.北京协和医学院 2015
硕士论文
[1]长链非编码RNA MEG3在胃癌中的表达及其影响细胞周期的作用机制研究[D]. 杨晓敏.山东大学 2016
[2]TET1表观修饰BCL6B调控胃癌进展的机制[D]. 马飞.福建医科大学 2016
[3]miR-506抑制胃癌转移的机制研究[D]. 王莹.昆明医科大学 2013
[4]microRNA-9通过靶定NF-κB1调节胃腺癌细胞增殖[D]. 郭利敏.天津医科大学 2009
[5]microRNA-27a通过靶定prohibitin调节胃腺癌细胞增殖[D]. 刘涛.天津医科大学 2008
本文编号：3014937
【文章来源】：山东大学山东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２?Ｎｏｒｍａｌｉｚｅ前后表达值分布箱线图??
基于方法部分所述的阈值，我们在癌症组得到显著上调的基因１４７７个，显??著下调的基因２８２个。图２为ＴＭＭ?Ｎｏｒｍａｌｉｚｅ前后的基因表达分布，可见经过??校正后各个样本基因表达值基本相当，具有可比性。图３为差异基因火山图和聚??类热图，聚类结果说明，、异基因可以将不同组的样本很好地区分幵。??Ａ．?Ｕｎｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ?ｄａｔａ?Ｂ．Ｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ?ｄａｔａ??：：ｊｉ）ｉｉｍｌｉｇ｜??」ｌ?５?－?■日白ｇ＿?Ｉ?５?－日＿￥＿０■自白白＿??０?—?？?？?Ｉ?ｊ?Ｊ?？?Ｉ?｜?？?！??＿５?＿?ｓ?ｉ?ｉ?ｉ?ｓ?ｓ?ｉ１?ｓ?ｓ?＿５?ｊ?丄?“?“?§?丄“??ＯＯＯＯＯＯＯＯＯＯ?ｏｏｏｏｏｏｏｏｏｏ??￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣?￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣Ｉ￣??（Ｕ?〇（Ｄ〇Ｃ〇〇〇｝〇（Ｄ〇?〇３?ｏａｊｏ＾ｏａｊｏａｊｏ??图２?Ｎｏｒｍａｌｉｚｅ前后表达值分布箱线图??１９??
图４?ＧＯ－ＢＰ和ＫＥＧＧ通路富集结果；横坐标为所富集的基因个数，颜色代表??富集显著性ｐ值??
【参考文献】：
期刊论文
[1]NTSR1基因对胃腺癌细胞增殖和侵袭的影响及机制[J]. 杨树东,蔡颖,梁加贝,周婧,郭庆,杨利华,孙荣超,吴浩荣,周志毅. 肿瘤防治研究. 2018(01)
[2]利用转录组测序数据分析胃癌长链非编码RNA的研究[J]. 曹伟军,谈路轩,李超,韩维维,张军,张振玉. 临床肿瘤学杂志. 2017(12)
[3]HP感染与胃癌发生部位、分类及分期分析[J]. 贺正希,李斌,黄进,裴海平,周建华. 中南医学科学杂志. 2017(03)
[4]MiR-26b通过下调COX-2表达抑制神经胶质瘤的增殖、侵袭和迁移[J]. 陈政纲,王子珍,郑传宜,李大圩,杨堃,蔡望青. 中南大学学报(医学版). 2017(02)
[5]miR-26a下调COX-2的表达抑制胃癌AGS细胞增殖和侵袭[J]. 蒋雷,孙涛. 解剖科学进展. 2016(06)
[6]过表达miR-26b抑制MKN-45人胃癌细胞的增殖[J]. 张向前,张敏,张静,王艳梅,虎小毅,孙宏飞,童东东,熊晓蕃,赵正豪. 细胞与分子免疫学杂志. 2016(08)
[7]早期胃癌的治疗方法对比分析[J]. 李雪莹. 中国继续医学教育. 2016(16)
[8]miR-506对胃癌细胞增殖和转移的影响[J]. 林子龙,周全,任佳,李建芳,俞焙秦,苏丽萍,徐岷涓,刘炳亚. 上海交通大学学报(医学版). 2016(05)
[9]转录组在肿瘤中的应用及进展[J]. 陈柳,华清泉. 中国医药导报. 2016(06)
[10]早期胃癌的治疗方法对比分析[J]. 牛雪梅,王晓霞. 中国实用医药. 2016(04)
博士论文
[1]Hsa-miR-506-3p靶向ERK-2/ETS-1抑制胃癌血管新生及侵袭转移的功能及机制研究[D]. 李真.南方医科大学 2016
[2]基于RNA-seq技术的宫颈鳞癌转录组学研究[D]. 郭朋.北京协和医学院 2015
硕士论文
[1]长链非编码RNA MEG3在胃癌中的表达及其影响细胞周期的作用机制研究[D]. 杨晓敏.山东大学 2016
[2]TET1表观修饰BCL6B调控胃癌进展的机制[D]. 马飞.福建医科大学 2016
[3]miR-506抑制胃癌转移的机制研究[D]. 王莹.昆明医科大学 2013
[4]microRNA-9通过靶定NF-κB1调节胃腺癌细胞增殖[D]. 郭利敏.天津医科大学 2009
[5]microRNA-27a通过靶定prohibitin调节胃腺癌细胞增殖[D]. 刘涛.天津医科大学 2008
本文编号：3014937
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3014937.html
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