山西省非综合征型耳聋基因的突变分析以及新突变功能预测

发布时间：2017-04-14 09:11

  本文关键词：山西省非综合征型耳聋基因的突变分析以及新突变功能预测，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：背景:耳聋是最常见的感觉系统缺陷性疾病之一,多为遗传因素所致,其遗传异质性高,至今与其相关的耳聋基因有两百多个。按遗传性耳聋表型不同,可将其化分两类,一类为综合征型耳聋(syndromic hearing impairment,SHL),即除听力下降外还伴有其他系统的临床症状;另一类是非综合征型耳聋(nonsyndromic hearing impairment,NSHL),即除听力下降外无其他临床症状,其中在遗传性耳聋中,NSHL占70%以上。现在许多研究表明耳聋主要与4个基因(GJB2、GJB3、SLC26A4、mt DNA)相关,临床上的耳聋基因诊断也是针对这4个基因的热点突变进行检测,然而有相当一部分的NSHL患者并未找到这些热点突变,因而得不到早期诊断,所以如何提高耳聋基因诊断率,成为难题也成为热点。目的:本课题将基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术、高通量基因捕获技术、Sanger测序三种方法相结合,统计山西地区NSHL常见基因热点突变,寻找新的具有山西特色的热点致病突变,从而为耳聋的早期诊断和治疗提供依据。方法:由山西省太原市中心医院收集山西省各地区聋哑学校NSHL患者300例,首先利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱法筛查300例标本4个常见致病基因20个热点突变位点,统计其各个位点的突变率;其次利用高通量基因捕获技术检测在20个位点未发现突变的患者中选取的20例标本,统计热点突变位点,针对新热点突变,利用在线功能预测软件预测其对蛋白功能的破坏性;最后利用Sanger测序检测剩余标本中经高通量基因捕获技术筛选出的热点突变,统计其在散发人群中的突变率,从而验证筛选出的突变是否为山西NSHL患者的热点突变(针对新发现的突变,以200例健康人标本作为对照)。结果:1.基质辅助激光解析电离飞行时间质谱法检测300例标本后,152例发生突变,其中GJB3基因未发现突变。2.在剩余的148例标本中选取20例,经过高通量基因捕获技术检测后,发现三个热点突变:SLC26A4基因c.1334TG(p.L445W)突变、WFS1基因c.2596GA(p.D866N)突变、MYO7A基因c.5662CT(p.H1888Y)突变,其中c.1334TG(p.L445W)、c.2596 GA(p.D866N)是已被报道过的致病突变;另一个是首次发现的可疑致病性突变。3.通过对剩余的128例标本针对上述三个热点突变进行Sanger测序验证后,有3例发生c.2596 GA(p.D866N),未发现c.1334TG(p.L445W)和c.5662CT(p.H1888Y)突变,正常对照组也未发现c.5662CT(p.H1888Y)突变,此突变致病性有待进一步研究。结论:1.山西省遗传性耳聋的主要致病基因为GJB2、SLC26A4、mt DNA,但各个突变位点携带率与其他地区差别明显;c.235delC和c.299-300delAT突变是GJB2基因的热点突变位点,IVS7-2AG和c.2168AG突变是SLC26A4基因的热点突变位点,c.1555AG突变是线粒体12S r RNA基因的热点突变位点。2.WFS1基因c.2596GA(p.D866N)突变与山西省NSHL的发生密切相关;SLC26A4基因c.1334TG(p.L445 W)突变在不同种族中突变携带率有明显差异。3.MYO7A基因c.5662CT(p.H1888Y)突变是首次发现的可疑致病性突变。
【关键词】：基质辅助激光解析电离飞行时间质谱 高通量基因捕获 Sanger测序 耳聋 功能预测
【学位授予单位】：山西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R764.43;R440
【目录】：

• 中文摘要6-8
• 英文摘要8-11
• 英文缩略词表11-12
• 前言12-13
• 第一部分 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术检测耳聋常见基因20个热点突变位点13-24
• 1 研究对象13
• 2 研究方法13-16
• 2.1 试剂与仪器13-14
• 2.2 质谱法实验步骤14-15
• 2.3 一代测序验证15-16
• 3 研究结果16-22
• 3.1 质谱结果16-19
• 3.2 一代测序结果19-21
• 3.3 Sanger测序结果与质谱结果比较21-22
• 4 讨论22-24
• 第二部分 高通量基因捕获技术寻找热点突变以及新热点突变功能预测24-37
• 1 研究对象24
• 2 研究方法24-30
• 2.1 高通量捕获技术实验步骤24-26
• 2.2 一代测序验证26-29
• 2.3 新热点突变功能预测29-30
• 3 研究结果30-35
• 3.1 高通量基因捕获结果30-31
• 3.2 一代测序验证结果31-32
• 3.3 一代测序与高通量基因捕获结果比较32-34
• 3.4 新热点突变功能预测结果34-35
• 4 讨论35-37
• 第三部分 检测散发人群中高通量捕获技术筛查出的热点突变37-43
• 1 研究对象37
• 2 研究方法37-40
• 2.1 试剂和仪器37
• 2.2 实验步骤37-40
• 3 研究结果40-41
• 3.1 电泳结果40
• 3.2 测序结果40-41
• 4 讨论41-43
• 小结43-44
• 参考文献44-47
• 综述47-60
• 参考文献55-60
• 致谢60-61
• 在学期间承担/参与的科研课题与研究成果61-62
• 个人简历62

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  本文关键词：山西省非综合征型耳聋基因的突变分析以及新突变功能预测，，由笔耕文化传播整理发布。

本文编号：305678