辣椒疫霉菌果胶裂解酶PL101基因的克隆及生物信息学分析

发布时间：2021-03-11 11:17

　　【背景】辣椒疫病是一种世界性土传病害,严重影响世界各国辣椒生产,并带来巨大经济损失。果胶裂解酶（pectate lyase,PL）作为一类重要的细胞壁降解酶类是该病的重要致病因子。【目的】对果胶裂解酶基因进行克隆,并对其生物信息学特性进行相关分析,进一步阐明该酶的作用机制。【方法】根据辣椒疫霉菌全基因组序列,以高致病菌株SD33为模板扩增PL101基因的全长cDNA序列,并对其理化性质、跨膜区、亲疏水性、结构域等生物学特性进行分析。【结果】除获得PL101相关生物学特性信息外,还对PL101进行三维结构建模,获得可信度较高的蛋白结构,并确定PL101可能的催化位点为Asp183、Arg212、Arg272三个氨基酸。【结论】对PL101基因的克隆及相关生物学特性的分析为进一步阐明PL功能特性提供参考。 

【文章来源】：微生物学通报. 2020,47(12)北大核心

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

PL101基因PCR扩增

通过SWISS-MODEL建模获得PL101三维结构模型(图4)，其三维结构为典型的平行β螺旋结构，这也是已报道的PL结构类型数量最多的一种[12,14]。其空间结构仅含一个结构域，主要结构单元为β折叠，这些折叠进一步卷曲成一个右手方向的圆柱体；除此之外，结构的N端或C端呈现大小不等的环状结构(loops)(图4)，这些环状结构或包被于圆柱体内，或镶嵌于圆柱体外。环状结构大小与构象的不同影响了PL催化位点的空间分布及其酶活特性的差异[18]。图3 PL101结构域分析

PL101结构域分析

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3076369