基于GEO数据库的肝癌相关差异基因生物信息学分析及初步功能研究

发布时间：2021-03-23 01:15

　　研究背景和目的:基因表达谱芯片技术产生了大量的基因芯片及海量的生物学信息,利用众多实验室的基因芯片数据并理解其中蕴含的生物学含义是生物学工作者的挑战及目标。肝癌的发病率在我国位于肿瘤中的第4位,在全世界排名第7,并多与乙肝病毒感染有关。肝癌的发生发展是一个多因素、多步骤、多基因的过程。对于肝癌发病分子机制的研究传统的方法以单基因为主,研究结果有一定局限性。而基因芯片研究能高通量表现基因的变化,对肝癌发病的分子机制研究有较大的优势。本研究拟对GEO数据库中的肝癌基因芯片作生物信息学数据分析,筛选出差异表达基因,然后对筛选出的差异表达基因进行生物学功能分析,进而对肝癌发病的分子机制予以探讨,并进行相应的初步功能试验验证。研究方法:1、从GEO数据库下载基因芯片数据GSE19665、GSE41804,使用GEO网站的GEO2R分析工具对基因芯片数据进行分析,筛选差异表达基因;利用Cytoscape软件处理STRING获得的PPI网络图,MCODE插件处理后获得显著基因模块,共有25个显著差异基因,利用UALCAN和GEPIA网站进一步验证这25个基因在肝癌患者和正常人群的表达差异性,最终得到... 

【文章来源】：南方医科大学广东省

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图３－７?２５个显著差异基因中４个基因的ＵＡＬＣＡＮ网站预后查询结果（ＡＮＬＮ、??ＡＳＰＭ、ＣＣＮＢ１、ＣＣＮＢ２），其中蓝线代表该基因?

?－?１?為??：：?？?：?？?－?＇＞：??宰?，?Ｖ?ｒｌｎ?．??－Ｉ?＇?－■?ｉ?－?ｓ．．．??＿?ｔ］．．．?令：？？：??＝旱ｎｉ?‘??Ｉ?ｙ?ｇｊｐ???Ｗ??〇?－?－?■■???〇?」?〇?－?—?■?－??Ｉ?＇?｜??ＬＩＨＣ?ＬＩＨＣ?ＬＩＨＣ??（ｎｕｍ（Ｔ）？３６９．?ｎｕｍ（Ｎ）＝１６０）?（ｎｕｍ（Ｔ）＝３６９．?ｎｕｍ（Ｎ）＝１６０）?（ｎｕｍ（Ｔ）＊３６９．?ｎｕｍ（Ｎ）＝１６０）??图３－８?２５个显著差异基因中有２０个基因的表达水平在癌症患者中显著高于正??常人，图中选取了?６个基因的ＧＥＰＩＡ查询结果（ＫＩＦ２０Ａ、ＭＥＬＫ、ＮＥＫ２０、??ＮＵＦ２、ＰＢＫ、ＰＴＴＧ１），图上一颗星即代表Ｐ值＜０．０５。??Ｆｉｇｕｒｅ?３－８?Ｔｈｅ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｌｅｖｅｌ?ｏｆ?２４?ｇｅｎｅｓ?ｉｎ?２８?ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ?ｇｅｎｅｓ?ｗａｓ??ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙ?ｈｉｇｈｅｒ?ｉｎ?ｃａｎｃｅｒ?ｐａｔｉｅｎｔｓ?ｔｈａｎ?ｉｎ?ｎｏｒｍａｌ?ｐｅｏｐｌｅ．?Ｇｅｐｉａ?ｑｕｅｒｙ?ｒｅｓｕｌｔｓ?ｏｆ??６?ｇｅｎｅｓ?ｗｅｒｅ?ｓｅｌｅｃｔｅｄ?ｉｎ?ｔｈｅ?ｆｉｇｕｒｅ?（ＫＩＦ２０Ａ、ＭＥＬＫ、ＮＥＫ２０、ＮＵＦ２、ＰＢＫ、??ＰＴＴＧ１?）?．?Ｏｎｅ?ｓｔａｒ?ｉｎ?ｔｈｅ?ｆｉｇｕｒｅ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｐ?ｖａｌｕｅ?＜?０．０５．??３０??

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本文编号：3094845