整合分析基因组水平与转录组水平数据以鉴定女性骨密度潜在功能基因及致因位点

发布时间：2021-03-26 00:29

　　背景骨质疏松是一种常见的慢性疾病,以骨量减少和骨强度下降为特征,导致骨脆性增加而易发生骨折。骨质疏松是重要公共卫生问题,尤其在中老人女性中更为突出。由于骨强度测量困难,临床上仍使用骨密度作为骨质疏松的诊断标准。骨密度的遗传力为50%-85%,而目前发现的所有遗传方面的发病机制,包括由全基因组学关联研究（GWAS）发现的位点,仅能解释不到6%的遗传力。大量的研究发现这些丢失的遗传力其他的遗传学机制导致,其中包括基因与基因之间的相互作用。但是俩基因之间的二维作用解释的遗传力有限。通过基因与基因之间的关系,构建网络,可以提高检验效能,为发现疾病剩下的遗传力提供新思路。同时,结合基因组学和转录组学两个组学的信息,可以弥补基因组学研究的不足,提供基因的功能学信息。此外,对发现的潜在功能基因进行精细定位、找到致因位点,可以更好的理解基因与骨密度之间关联的生物学机制,为骨质疏松的治疗提供基因靶点。目的（1）鉴定与女性骨密度有关的基因及模块。（2）探讨鉴定出的基因及模块如何影响骨密度。（3）对潜在功能基因进行精细定位,寻找致因位点。材料与方法使用了全球女性骨密度样本量最大的GWAS数据和转录组水平样本... 

【文章来源】：南方医科大学广东省

【文章页数】：148 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

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?博士学位论文???的基因进行基因注释和功能富集分析，得到可能与骨密度有关的信号通路或者??基因本体集（ｇｅｎｅ?ｏｎｔｏｌｏｇｙ?ｔｅｒｍ，?ＧＯ?Ｔｅｒｍ）［６９］。我们使用的是ＤＡＶＩＤ中的功能??注释图表这一功能。我们使用富集分数（Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ?ｓｃｏｒｅ，?ＥＳ，为各注释集Ｐ??值几何平均数的－ｌｏｇ值）作为评价最后每个注释集的指标，ＥＳ２３．０被认为是具??有统计学意义［４９］。最后，我们将模块中基因的信息与功能富集分析中基因的信??息相结合，找到一些可能与骨密度有关的基因，并进一步阐述这些基因可能与??骨密度相关的生物学基础。??

第一部分整合分析基因组水平与转录组水平数据以鉴定与女性骨密度相关的潜在功能基???ｍ???并且挑选其中感兴趣的个别基因绘图，看其周边的基因，推荐其可能是新发现??的与骨密度有关的基因。??１．７本研宄基本流程图（如图１－３所本）??Ｓｔ＆ｆｙ?１?Ａｎｎｏｔａｔｅ?ＧＷＡ?Ｐ－ｙ／ａｌｕ＆ｓ?ｕｓｉｎｇ?ＰｒｏｘｙＧＱｒｔＧＬ－ＩＤ?ａｎｄ?ｉｄｏｒｔｔｔｆｙ?ｔｔ＞ｏｓ＆?ｒｔｏｍｉｒｔａＵｙ?ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ??ａ?ｓｓｏｃｉ＆ｔｉｏｒｔｓ??


本文编号：3100597