罗氏沼虾TRY基因生物信息学及其mRNA表达分析

发布时间：2021-03-28 17:34

　　【目的】分析罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）胰蛋白酶（TRY）基因的生物信息学及其mRNA的表达情况,为深入探究TRY基因的生物学功能和提高罗氏沼虾产量提供参考依据。【方法】利用MegAlign、ProtParam、ProtScale和MLRC等在线软件对罗氏沼虾TRY基因进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR检测其在罗氏沼虾腹部神经、胃、心脏、鳃、性腺、肝胰腺、肌肉和肠道等8个组织中的表达情况,进一步分析TRY基因在罗氏沼虾生长快速家系（FG）和生长慢速家系（SG）个体肌肉组织中的表达规律。【结果】罗氏沼虾TRY氨基酸序列与刀额新对虾（Metapenaeus ensis）TRY氨基酸序列的同源性最高,与凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）TRY氨基酸序列的同源性最低。罗氏沼虾TRY蛋白的分子量为28.54 kD,理论等电点为4.44,属于疏水性蛋白。罗氏沼虾TRY蛋白二级结构中α-螺旋占17.67%,延伸链占21.05%,无规则卷曲占61.28%。罗氏沼虾TRY基因在所检组织中均有表达,在雌性和雄性个体的肝胰腺组织中均高表达,而在雌... 

【文章来源】：西南农业学报. 2020,33(06)北大核心CSCD

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

罗氏沼虾TRY氨基酸序列与其他水产动物TRY氨基酸序列的同源比对分析结果

基于TRY蛋白氨基酸序列相似性构建的系统发育进化树

根据NCBI已公布的EST序列可知,罗氏沼虾TRY基因编码266个氨基酸。同源性比较结果(图1)显示,罗氏沼虾TRY氨基酸序列与刀额新对虾(Metapenaeus ensis)TRY氨基酸序列的同源性最高,与三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)TRY氨基酸序列的同源性最低。利用Lasergene v8.0构建罗氏沼虾(AMQ98968.1)、凡纳滨对虾(AEZ68613.1)、中国对虾(ACQ45454.1)、脊尾白虾(ABQ02534.1)、眼斑龙虾(ADB66713.1)、中华绒螯蟹(AKN46052.1)、三疣梭子蟹(AHJ81099.1)、刀额新对虾(ABQ02531.1)和拟穴青蟹(AGO02163.1)的氨基酸序列系统发育进化树,结果(图2)显示,罗氏沼虾和刀额新对虾的遗传距离最近,与凡纳滨对虾的遗传距离最远,说明罗氏沼虾与刀额新对虾的亲缘关系最近,与凡纳滨对虾的亲缘关系最远。2.1.2 TRY蛋白理化性质和结构预测

【参考文献】：
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硕士论文
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本文编号：3105964