骨髓间充质干细胞向睾丸间质细胞分化过程中相关信号通路及基因的生物信息学研究
发布时间：2021-03-29 22:31
目的:采用RNA-Seq技术和生物信息学分析的方法,研究骨髓间充质干细胞（BMSCs）向睾丸间质细胞（LC）分化中的信号通路及基因表达差异,探索其分化机制。方法:将经纯化鉴定的骨髓间充质干细胞（BMSCs）接种于培养皿,设置A组为对照组,B组为实验组。实验组添加bFGF+PDGF+hCG诱导BMSCs向LC分化。诱导21d,分别提取A组0天（BMSCs）、B组7d、14d、21d以及分化成功的睾丸间质细胞（Leydigs cell）的RNA进行转录组测序,并根据mRNA测序结果进行以下分析:1.差异筛选标准。使用最新的转录本组装软件String Tie对reads进行拼接组装,并对拼接转录本进行注释。使用R语言的Ballgown包对StringTie组装和定量完毕的mRNA进行差异分析设置筛选条件为:|log2FC|>2。2.筛选差异表达基因。基于Gene ontology数据库以及KEGG通路数据库对差异表达基因进行功能以及通路富集分析。3.差异表达分析。我们使用R包Ballgown进行差异表达分析和可视化绘图。RNA的表达水平主要采用RPKM或者FPKM度量RNA表达的丰度值...
【文章来源】：山西医科大学山西省
【文章页数】：42 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
A、B、C、D分别为BMSCs、7d、21d、LC测序结果碱基组成情况
山西医科大学（博）硕士学位论文112.3各阶段之间的差异基因表达分析图2.2显示了BMSCs各阶段普遍和差异基因的表达。基于BMSCs共同显著性差异，利用R软件制作热图（图2.3）。每一列代表一个生物样本，每一行代表一个基因，颜色表示bFGF诱导前后BMSCs间基因的表达水平。共计基因7546个，对应持续上调基因356个，对应持续下调基因960个，基因表达的散点图如图2.4所示。图2.2利用BioconductorpackageVenn图鉴定BMSCs分化过程中各阶段常见的差异表达基因。以log2FC>2为截断值。
山西医科大学（博）硕士学位论文12图2.3BMSCs分化各阶段显著差异表达基因热图。红色和绿色分别代表高表达和低表达基因。图2.4差异表达基因散点图（红色原点表示上调基因，绿色原点表示下调基因，灰色原点表示非差异基因）2.4差异表达基因的富集分析我们对各组数据进行KEGG通路富集分析，pathway方面的前10个最明显的富集结果如图2.5所示，其中Wnt信号通路富集数量最多。对Wnt基因进行GO功能富集分析，发现上调和下调的基如图2.6所示，其中Wnt5a，Depdc1b、DKK3，Gli3
【参考文献】：
期刊论文
[1]Wnt/β-catenin信号通路促进小鼠胚胎干细胞向胰岛素分泌细胞分化[J]. 何巧娟,张娜娜,殷应传,胡红琳. 安徽医科大学学报. 2019(12)
[2]中西医结合治疗迟发性性腺功能减退症的思路[J]. 闵潇,解圣麟,焦拥政. 中国中西医结合杂志. 2019(03)
[3]调节骨髓间充质干细胞的微环境因素研究进展[J]. 陈雪,邓子翔,牛云飞. 实用骨科杂志. 2018(08)
[4]Wnt/β-catenin信号通路调控间充质干细胞向肺泡上皮细胞分化及在慢性阻塞性肺病修复中的作用[J]. 周湘乡,颜兴艳,钟玉兰,淦鑫. 中国组织工程研究. 2018(25)
[5]骨髓间充质干细胞向肝细胞分化的相关细胞因子及信号通路的研究进展[J]. 陈嘉成,傅念,黄幼姣,全宏军. 中华细胞与干细胞杂志(电子版). 2018(01)
[6]Wnt信号通路与人类疾病相关性的研究进展[J]. 张遥,任秀智,韩金祥,鲁艳芹. 中国生物制品学杂志. 2018(01)
[7]氯化锂通过调节自噬通路促进大鼠骨髓间充质干细胞向神经细胞分化[J]. 张广宇,贾延劼,王军,李三松,唐国皓,王明梅,王以文,朱登纳. 中国病理生理杂志. 2017(12)
[8]Wnt信号通路在女性生殖系统中的调控作用[J]. 刘宁,刘英. 国际生殖健康/计划生育杂志. 2017(05)
[9]男性迟发性性腺功能减退症的研究进展[J]. 杨宏伟,易发现. 包头医学院学报. 2017(08)
[10]迟发性性腺功能减退症诊断标准的初步研究[J]. 杜杰平,李芳萍,郑晓彬,蓝碧云,林刁珠,李焱,严励. 中华男科学杂志. 2016(11)
博士论文
[1]转录组测序技术分析鼠李素对心肌氧化应激损伤保护作用的分子机制研究[D]. 李旭东.吉林大学 2018
[2]小鼠胚胎干细胞和成纤维细胞诱导分化为类睾丸间质细胞研究[D]. 杨艳.暨南大学 2016
[3]bFGF与IGF1对大鼠睾丸间质细胞再生及睾酮分泌影响的初步研究[D]. 王华曦.南方医科大学 2014
硕士论文
[1]体外诱导的睾丸间质细胞对迟发性性腺功能减退大鼠的作用研究[D]. 黄小惠.山西医科大学 2016
[2]Wnt/β-catenin信号通路对人骨髓间充质干细胞向神经细胞分化的影响[D]. 施剑明.南昌大学医学院 2015
本文编号：3108309
【文章来源】：山西医科大学山西省
【文章页数】：42 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
A、B、C、D分别为BMSCs、7d、21d、LC测序结果碱基组成情况
山西医科大学（博）硕士学位论文112.3各阶段之间的差异基因表达分析图2.2显示了BMSCs各阶段普遍和差异基因的表达。基于BMSCs共同显著性差异，利用R软件制作热图（图2.3）。每一列代表一个生物样本，每一行代表一个基因，颜色表示bFGF诱导前后BMSCs间基因的表达水平。共计基因7546个，对应持续上调基因356个，对应持续下调基因960个，基因表达的散点图如图2.4所示。图2.2利用BioconductorpackageVenn图鉴定BMSCs分化过程中各阶段常见的差异表达基因。以log2FC>2为截断值。
山西医科大学（博）硕士学位论文12图2.3BMSCs分化各阶段显著差异表达基因热图。红色和绿色分别代表高表达和低表达基因。图2.4差异表达基因散点图（红色原点表示上调基因，绿色原点表示下调基因，灰色原点表示非差异基因）2.4差异表达基因的富集分析我们对各组数据进行KEGG通路富集分析，pathway方面的前10个最明显的富集结果如图2.5所示，其中Wnt信号通路富集数量最多。对Wnt基因进行GO功能富集分析，发现上调和下调的基如图2.6所示，其中Wnt5a，Depdc1b、DKK3，Gli3
【参考文献】：
期刊论文
[1]Wnt/β-catenin信号通路促进小鼠胚胎干细胞向胰岛素分泌细胞分化[J]. 何巧娟,张娜娜,殷应传,胡红琳. 安徽医科大学学报. 2019(12)
[2]中西医结合治疗迟发性性腺功能减退症的思路[J]. 闵潇,解圣麟,焦拥政. 中国中西医结合杂志. 2019(03)
[3]调节骨髓间充质干细胞的微环境因素研究进展[J]. 陈雪,邓子翔,牛云飞. 实用骨科杂志. 2018(08)
[4]Wnt/β-catenin信号通路调控间充质干细胞向肺泡上皮细胞分化及在慢性阻塞性肺病修复中的作用[J]. 周湘乡,颜兴艳,钟玉兰,淦鑫. 中国组织工程研究. 2018(25)
[5]骨髓间充质干细胞向肝细胞分化的相关细胞因子及信号通路的研究进展[J]. 陈嘉成,傅念,黄幼姣,全宏军. 中华细胞与干细胞杂志(电子版). 2018(01)
[6]Wnt信号通路与人类疾病相关性的研究进展[J]. 张遥,任秀智,韩金祥,鲁艳芹. 中国生物制品学杂志. 2018(01)
[7]氯化锂通过调节自噬通路促进大鼠骨髓间充质干细胞向神经细胞分化[J]. 张广宇,贾延劼,王军,李三松,唐国皓,王明梅,王以文,朱登纳. 中国病理生理杂志. 2017(12)
[8]Wnt信号通路在女性生殖系统中的调控作用[J]. 刘宁,刘英. 国际生殖健康/计划生育杂志. 2017(05)
[9]男性迟发性性腺功能减退症的研究进展[J]. 杨宏伟,易发现. 包头医学院学报. 2017(08)
[10]迟发性性腺功能减退症诊断标准的初步研究[J]. 杜杰平,李芳萍,郑晓彬,蓝碧云,林刁珠,李焱,严励. 中华男科学杂志. 2016(11)
博士论文
[1]转录组测序技术分析鼠李素对心肌氧化应激损伤保护作用的分子机制研究[D]. 李旭东.吉林大学 2018
[2]小鼠胚胎干细胞和成纤维细胞诱导分化为类睾丸间质细胞研究[D]. 杨艳.暨南大学 2016
[3]bFGF与IGF1对大鼠睾丸间质细胞再生及睾酮分泌影响的初步研究[D]. 王华曦.南方医科大学 2014
硕士论文
[1]体外诱导的睾丸间质细胞对迟发性性腺功能减退大鼠的作用研究[D]. 黄小惠.山西医科大学 2016
[2]Wnt/β-catenin信号通路对人骨髓间充质干细胞向神经细胞分化的影响[D]. 施剑明.南昌大学医学院 2015
本文编号：3108309
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