基于TCGA数据库的泛癌症miRNA-靶基因调控分析

发布时间：2021-06-13 18:43

　　癌症是全世界范围内威胁人类生命健康的重大疾病之一,其发生、发展和转移涉及非常复杂的分子调控机制。microRNA（miRNA）是长度在19-24 bp的短片段RNA,能够特异性结合到目标基因的3’UTR区域,调控靶基因的表达。越来越多的研究证实,miRNA-靶基因与癌症的发生和发展有着密切的关系。加深对癌症中miRNA-靶基因的研究,有助于我们更清楚的揭示癌症发生的内在分子机制。本研究整合了TCGA数据库中11种常见癌症类型的miRNA和mRNA表达谱数据（11种癌症分别是膀胱癌、乳腺癌、头颈部鳞癌、肾嫌色细胞癌、肾透明细胞癌、乳头状肾细胞癌、肝癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、胃癌和甲状腺癌）,通过生物信息学分析方法,筛选出肿瘤组织中差异表达的miRNA和基因。然后,获得该癌症的miRNA-靶基因,进而分析和研究这些miRNA-靶基因分别在正常组织和肿瘤组织中的调控状态。最后,我们对在正常组织和肿瘤组织之间具有调控差异的miRNA-靶基因进行GO和KEGG功能注释。另外我们筛选出了癌症预后标志基因组合并对癌症患者进行了预后分析,该结果有助于对癌症患者的预后治疗。具体内容如下:（1）从TCGA... 

【文章来源】：华南理工大学广东省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：86 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

每种癌症中差异表达的miRNA和基因数目红色代表上调灰色代表下调Fig.2-1NumbersofDEMsandDEGsin11cancertypesredrepresenteupregulated,grey

A）靶基因的 GO 注释；B）靶基因的 KEGG 注释；C）甲状腺癌患者的生存分析图 4-11 甲状腺癌靶基因的功能注释和生存分析Figure 4-11 Functional annotation and survival analysis for target genes in THCA.3 讨论分析我们分析了在正常组织样本间和肿瘤组织样本间共表达关系具有明显差异iRNA-靶基因的功能。在筛选差异 miRNA-靶基因时，我们设定在正常组织样本间和组织样本间的相关系数的差值绝对值为 0.4 的 miRNA-靶基因为差异的 miRNA-靶。在设定这一阈值时由于没有统一的标准，我们充分考虑了皮尔逊相关系数的特征定将阈值设为 0.4。我们利用 DAVID 数据库对其靶基因进行 GO 功能注释和 KEG路富集分析。结果显示，这些基因大多参与细胞黏附、p53、MAPK 和 PI3K-Akt 等瘤发生、侵染、转移密切相关的关键信号通路。另外，我们以其中的靶基因为候选基因进行基于 Robust 似然估计的生存分析，筛了预后标志基因组合。通过多变量 Cox 回归分析构建了构建风险方程式，进而将癌

【参考文献】：
期刊论文
[1]Cancer incidence and mortality in China, 2014[J]. Wanqing Chen,Kexin Sun,Rongshou Zheng,Hongmei Zeng,Siwei Zhang,Changfa Xia,Zhixun Yang,He Li,Xiaonong Zou,Jie He.  Chinese Journal of Cancer Research. 2018(01)



本文编号：3228108