羽衣甘蓝SEPALLATA-like基因的系统发育与表达分析
发布时间：2021-06-23 23:48
E类MADS-box基因SEPALLATA （SEP）-like在被子植物生殖生长特别是花器官发育方面具有重要作用。为分析羽衣甘蓝E功能MADS-box基因SEP-like基因的序列特征及其在花发育过程中的时空表达模式,以羽衣甘蓝品系‘14 line’为试材,利用cDNA末端快速扩增（Rapid amplification of cDNA ends,RACE）技术克隆了SEP直系同源基因BroaSEP1/2/3 （GenBank登录号:KC967957、KC967958、KC967960）。序列和系统进化树分析表明,这3个基因分别与野甘蓝（Brassica oleracea var. oleracea）、芜菁Brassica rapa、萝卜Raphanus sativus、甘蓝型油菜Brassica napus的SEP1、SEP2、SEP3基因具有很高的同源性。推导的氨基酸序列显示,这些基因编码的蛋白质都包含高度保守的MADS结构域、I结构域和K结构域,每一基因都有其亚家族特异的C-末端功能域SEPⅠ和SEPⅡ基序。BroaSEP1、BroaSEP2、BroaSEP3基因的开放阅读框长...
【文章来源】：生物工程学报. 2020,36(11)北大核心CSCD
【文章页数】：15 页
【部分图文】：
羽衣甘蓝野生型及突变型花
羽衣甘蓝花发育的5个时期
混合花蕾(花)的总RNA经Oligo(d T)17锚定引物反转录合成第一链c DNA，用Broa SEP1、Broa SEP2、Broa SEP3基因特异引物和接头引物进行巢式5′-RACE扩增。PCR产物回收、克隆、测序，克隆获得了Broa SEP1、Broa SEP2、Broa SEP3基因的5′-c DNA序列，长度分别为312 bp、536 bp和580 bp。用DNAMAN软件分别将Broa SEP1/2/3基因3′和5′序列进行拼接，得到3个基因的全长c DNA序列(图4)。最后用3个基因各自的特异引物(Broa SEP1-F/Broa SEP1-R、Broa SEP2-F/Broa SEP2-R、Broa SEP3-F/Broa SEP3-R，表1)扩增，确定了c DNA序列的准确性。Broa SEP1、Broa SEP2、Broa SEP3基因的Gen Bank登录号为分别为KC967957、KC967958、KC967960。利用NCBI的开放阅读框预测工具(Open reading frame finder)进行最大开放阅读框推测。结果表明，Broa SEP1的开放阅读框长801 bp，编码266个氨基酸，包含73个氨基酸残基的MADS结构域、27个氨基酸残基的I结构域、87个氨基酸残基的K结构域、79个氨基酸残基的C结构域(图4)。理论等电点p I为9.05，分子量为30.6 k Da。Broa SEP2的开放阅读框长759 bp，编码252个氨基酸，包含57个氨基酸残基的MADS结构域、31个氨基酸残基的I结构域、87个氨基酸残基的K结构域、77个氨基酸残基的C结构域(图4)。理论等电点p I为8.65，分子量为28.8 k Da。Broa SEP3的开放阅读框长753 bp，编码250个氨基酸，包含57个氨基酸残基的MADS结构域、31个氨基酸残基的I结构域、87个氨基酸残基的K结构域、75个氨基酸残基的C结构域(图4)。理论等电点p I为7.68，分子量为28.9 k Da。图4 羽衣甘蓝Broa SEP c DNA的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列
本文编号：3245902
【文章来源】：生物工程学报. 2020,36(11)北大核心CSCD
【文章页数】：15 页
【部分图文】：
羽衣甘蓝野生型及突变型花
羽衣甘蓝花发育的5个时期
混合花蕾(花)的总RNA经Oligo(d T)17锚定引物反转录合成第一链c DNA，用Broa SEP1、Broa SEP2、Broa SEP3基因特异引物和接头引物进行巢式5′-RACE扩增。PCR产物回收、克隆、测序，克隆获得了Broa SEP1、Broa SEP2、Broa SEP3基因的5′-c DNA序列，长度分别为312 bp、536 bp和580 bp。用DNAMAN软件分别将Broa SEP1/2/3基因3′和5′序列进行拼接，得到3个基因的全长c DNA序列(图4)。最后用3个基因各自的特异引物(Broa SEP1-F/Broa SEP1-R、Broa SEP2-F/Broa SEP2-R、Broa SEP3-F/Broa SEP3-R，表1)扩增，确定了c DNA序列的准确性。Broa SEP1、Broa SEP2、Broa SEP3基因的Gen Bank登录号为分别为KC967957、KC967958、KC967960。利用NCBI的开放阅读框预测工具(Open reading frame finder)进行最大开放阅读框推测。结果表明，Broa SEP1的开放阅读框长801 bp，编码266个氨基酸，包含73个氨基酸残基的MADS结构域、27个氨基酸残基的I结构域、87个氨基酸残基的K结构域、79个氨基酸残基的C结构域(图4)。理论等电点p I为9.05，分子量为30.6 k Da。Broa SEP2的开放阅读框长759 bp，编码252个氨基酸，包含57个氨基酸残基的MADS结构域、31个氨基酸残基的I结构域、87个氨基酸残基的K结构域、77个氨基酸残基的C结构域(图4)。理论等电点p I为8.65，分子量为28.8 k Da。Broa SEP3的开放阅读框长753 bp，编码250个氨基酸，包含57个氨基酸残基的MADS结构域、31个氨基酸残基的I结构域、87个氨基酸残基的K结构域、75个氨基酸残基的C结构域(图4)。理论等电点p I为7.68，分子量为28.9 k Da。图4 羽衣甘蓝Broa SEP c DNA的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列
本文编号：3245902
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3245902.html
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