加权基因共表达网络分析法挖掘乳腺癌发生发展相关Hub基因

发布时间：2021-07-20 19:59

　　目的从基因网络的层面挖掘出与乳腺癌发生发展过程相关的关键模块及Hub基因,并且验证这些Hub基因是否具有乳腺癌特异性。方法使用加权基因共表达网络分析法（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）筛选出与乳腺癌发生发展相关的关键模块,用基因本体论数据库及京都基因和基因组数据库（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）对模块功能进行富集,进一步挖掘出与乳腺癌发生发展相关性最高的Hub基因。同时分析肿瘤合集中发生发展的Hub基因。结果 WGCNA一共定义了10个共表达模块,其中蓝色模块为与乳腺癌及其他恶性肿瘤发生发展相关的关键模块,该模块的基因在细胞周期（KEGG ID:cfa04110）和病毒致癌通路（KEGG ID:hsa05203）、癌症通路（KEGG ID:hsa05200）和系统性红斑狼疮（KEGG ID:hsa05322）等通路中显著富集。最终从蓝色模块中挖掘出与乳腺癌发生发展最为相关的8个Hub基因,包括NUSAP1、FOXM1、KIF20A、BIRC5、TOP2A、R... 

【文章来源】：华西医学. 2020,35(09)

【文章页数】：8 页

【参考文献】：
期刊论文
[1]基因芯片表达谱数据的预处理分析[J]. 吴斌,沈自尹.  中国生物化学与分子生物学报. 2006(04)



本文编号：3293492