四氢嘧啶基因簇在假单胞菌基因组中的分布研究

发布时间：2021-07-21 18:11

　　四氢嘧啶（Ectoine）是由细菌产生的一种次级代谢产物,赋予细菌抵御高渗透压环境的一种相容性溶质。研究显示许多细菌具有四氢嘧啶基因簇（ect ABCD-ask）,然而关于该基因簇在假单胞菌属（Pseudomonas）中的分布还没有系统报道。鉴于此,以公共数据库中已测序的9 548株假单胞菌属菌株全基因组序列为数据,采用深度生物信息学分析方法探究假单胞菌中的四氢嘧啶基因簇分布及其组成共线性特征。结果显示165株假单胞菌携带有四氢嘧啶基因簇,占假单胞菌株总数的1.78%,归属于32个不同的种,超过一半的菌株属于施氏假单胞菌（P.stutzeri）;同一种内菌株间,ect ABCD-ask及其侧翼基因高度保守,共线性水平程度高。系统地揭示了假单胞菌基因组中四氢嘧啶基因簇分布规律,将为开展生物合成四氢嘧啶提供重要菌种资源信息。 

【文章来源】：科技与创新. 2020,(12)

【文章页数】：3 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 物信息学平台
    1.2 假单胞菌基因组序列批量获取
    1.3 四氢嘧啶基因簇分布分析
    1.4 四氢嘧啶基因簇侧翼序列比较
2 结果与分析
    2.1 四氢嘧啶合成酶基因簇在假单胞菌属菌株中的分布
    2.2 四氢嘧啶基因簇及其侧翼序列共线性
3 结束语


【参考文献】：
期刊论文
[1]抗铜绿假单胞菌感染治疗方法研究进展[J]. 丁烨,戴璐,俞娟.  中华医院感染学杂志. 2020(06)
[2]四氢嘧啶类抗寄生虫药在兽医临床上的应用[J]. 刘伟.  畜牧兽医科技信息. 2018(10)
[3]施氏假单胞菌四氢嘧啶/羟基四氢嘧啶合成基因簇进化分析[J]. 李向阳,张国辉,汤宏.  凯里学院学报. 2015(06)

博士论文
[1]甜椒根际合成抗生素假单胞菌遗传多样性分析及GP72菌株生防机制研究[D]. 刘海明.上海交通大学 2007

硕士论文
[1]甘蔗根际假单胞菌的分离鉴定及其对甘蔗的促生作用[D]. 李海碧.广西大学 2017
[2]吉兰泰盐湖土壤中嗜盐碱放线菌的分离鉴定及四氢嘧啶工程菌株的构建[D]. 高波.西北农林科技大学 2016
[3]四氢嘧啶合成工程菌株构建[D]. 徐蕊.大连海事大学 2012



本文编号：3295523