生物信息学分析结合试验验证筛选结直肠癌发生相关的潜在关键基因

发布时间：2021-07-24 20:23

　　结直肠癌（Colorectal Cancer,CRC）是一种高发病率和死亡率的恶性肿瘤,严重威胁人类的健康。本研究的目的是通过生物信息学分析并结合试验验证,寻找潜在调控结直肠癌的关键基因。首先,从基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）中下载结直肠癌患者基因表达谱数据,分析在结直肠癌患者的癌组织和癌旁组织中的差异表达基因（Differentially Expressed Genes,DEGs）。其中,芯片GSE81558中存在1131个差异表达基因,GSE21510芯片中存在1837差异表达基因,GSE32323芯片中存在1507个差异基因。三个芯片所共有的综合差异基因为484个。选择这484个基因进行基因本体论（Gene Ontology,GO）分析,然后使用KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）分析差异基因显著富集的通路。结果表明,差异基因主要在黄酮类葡萄糖醛酸化、细胞分裂、细胞周期相变和单羧酸代谢等生物过程中显著富集;细胞组分的变化主要包括胞质的纺锤体和细胞质的核周区域的变化;氧化还... 

【文章来源】：辽宁大学辽宁省 211工程院校

【文章页数】：55 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

结直肠癌患者样本中差异表达基因的鉴定（A-C）基因芯片GSE21510、GSE32323和GSE81558基因表达火山图

第1章结直肠癌中差异基因的筛选及核心交互模块的确定11析。MCODE1包含23个节点，包括DSN1，ALDH1A1，TUBAL3，RRM2，SHMT2，PGM1，CCT6A，IDH3A，HSPA2，UGP2，RUVBL1，CDK1，CCNB1，MAD2L1，AHCY，HSPH1，BUB1B，DARS，KIF18A，ERCC6L，NUF2和SPC25。这些发现表明，这些模块基因显示出较高的集中度，并且可能在结直肠癌中起重要作用。图1-3差异基因的蛋白质互作网络以及表达热图(A)利用Metascape数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-ProteinInteraction，PPI)网络。(B)采用MCODE算法对高度相关的基因进行聚类。(C)数据集中核心基因表达的热图。表1-2MCODE基因的GO分析GODescription-Log10(P)GO:0052696flavonoidglucuronidation22.84GO:0001664Gprotein-coupledreceptorbinding14.21GO:0044772mitoticcellcyclephasetransition9.60GO:0051301celldivision9.49GO:0010564regulationofcellcycleprocess6.98GO:0031821Gprotein-coupledserotoninreceptorbinding6.02GO:0005179hormoneactivity5.69

第2章数据库交叉验证及关键基因的筛选22图2-1所选模块基因的预后情况2.4.2GEPIA数据库验证所选模块基因的表达情况使用GEPIA数据库中的结肠腺癌（ColonAdenocarcinoma，COAD）和直肠腺癌（RectumAdenocarcinoma，READ）和正常组织样本，探究所选关键基因的基因表达情况。结果显示，与正常组织样本相比，所选模块基因（RRM2，CCNB1，MAD2L1，AHCY，BUB1B，ERCC6L，KIF18A和DSN1）在COAD和READ组织样本的表达均显著上调（图2-2）。图2-2所选模块基因的表达情况COAD：结肠腺癌。ROAD:直肠腺癌2.4.3核心基因的基因改变情况及在结直肠癌患者亚型表达情况

【参考文献】：
期刊论文
[1]数据挖掘方法在生物实验数据上的应用[J]. 辛月振,孙贝贝,夏盛瑜.  计算机技术与发展. 2018(09)
[2]肿瘤标记物在结直肠癌中的临床应用和研究[J]. 陈虞梅.  国外医学(放射医学核医学分册). 2005(03)

硕士论文
[1]通过生物信息学分析来寻找结直肠癌转移相关的潜在分子机制和关键基因[D]. 齐超.浙江大学 2018



本文编号：3301364