肝星状细胞差异表达基因的筛选及生物信息学分析

发布时间：2021-08-12 16:17

　　目的对肝星状细胞（HSC）差异表达基因进行筛选及功能分析,为肝纤维化发病机制相关的分子标志物及药物靶点提供理论基础。方法从高通量基因表达（GEO）数据库中选取GSE11954,利用GEO2R进行生物信息学分析,筛选差异表达基因,并利用DAVID对差异表达基因进行基因本体（GO）分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;通过STRING数据库和Cytos c a p e软件构建差异表达基因对应的蛋白质相互作用网络,利用MCC算法获取具有高度连接性的关键基因。结果对HSC活化组与抑制组数据的差异表达基因进行筛选,共获得1 176个差异表达基因,包括上调基因616个、下调基因560个。差异表达基因主要涉及细胞外基质-受体相互作用,细胞周期、p53信号通路及黏着斑等信号通路,通过蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络和Cytoscape软件筛选出10个具有高度连接性的关键基因,包括有丝分裂检查点丝氨酸/苏氨酸激酶B（BUB1B）、细胞周期蛋白依赖性激酶1（CDKl）、细胞周期蛋白A2（CCNA2）、有丝分裂阻滞缺陷2样蛋白1（MAD2L1）、细胞周期蛋白B2（CCNB2）、有丝分裂检查点丝... 

【文章来源】：浙江医学. 2020,42(12)

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【部分图文】：

前10个蛋白互作网络的中心节点

综上所述，本研究通过采用生物信息学方法筛选HSC活化组与抑制组差异表达基因，同时探索其分子生物学功能，结果发现HSC差异表达基因可能主要通过ECM受体相互作用通路、黏着斑信号通路、细胞周期通路、p53信号通路来调控肝纤维化的发生、发展，但仍需通过体内外实验和临床研究作进一步分子验证。


本文编号：3338649