肝癌相关基因MEF2D反义RNA的鉴定及分析

发布时间：2021-08-12 17:46

　　鉴定和分析肝癌细胞中新的天然反义RNA MEF2D-AS根据已建立的双链RNA文库筛选与肝癌相关的反义RNA.通过RT-qPCR验证其反义RNA的存在,采用cDNA末端快速扩增技术获得其全长序列,并检测HepG2细胞经5-Aza-dC处理前后MEF2D基因正反义链表达量的变化.结果显示,成功鉴定出1条全长为1 265bp的新的天然反义RNA,并预测其属于长链非编码RNA（long non-coding RNA,简称为lncRNA）,命名为MEF2D-AS.经5-Aza-dC处理后,MEF2D-AS的表达量升高,而MEF2DmRNA的表达量降低.证实了MEF2D-AS的存在并预测其属于长链非编码RNA,且与MEF2D正反义RNA是反相关关系.此研究结果可为进一步探讨肝癌发生机制提供参考. 

【文章来源】：安徽大学学报(自然科学版). 2017,41(06)北大核心

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

图１ＭＥＦ２Ｄ基因的反义ＲＮＡ验证Ｍ：２０ｂｐＤＮＡｍａｒｋｅｒ；Ｓ：正义链ＲＮＡ；ＡＳ：反义链ＲＮＡ；＋：加反转录酶；－：无转录酶．

ＮＡ．通过ＢＬＡＳＴ发现ＭＥＦ２Ｄ－ＡＳ基因转录起始于ＭＥＦ２Ｄ的第８个内含子第１００位碱基的反义链配对碱基，与ＭＥＦ２Ｄ第８个外显子完全重叠（２４１ｂｐ），如图３所示．Ｍ：２０ｂｐＤＮＡｍａｒｋｅｒ；Ｓ：正义链ＲＮＡ；ＡＳ：反义链ＲＮＡ；＋：加反转录酶；－：无转录酶．图１ＭＥＦ２Ｄ基因的反义ＲＮＡ验证Ｍ：４５００ｂｐＤＮＡｍａｒｋｅｒ；５′ＲＡＣＥ：５′端扩增产物；３′ＲＡＣＥ：３′端扩增产物．图２ＭＥＦ２Ｄ－ＡＳＲＡＣＥ琼脂糖凝胶电泳图图３ＵＣＳＣＧｅｎｏｍｅＢｒｏｗｓｅｒ比对结果通过设计特异性逆转录引物（引物序列如表３所示），合成ｃＤＮＡ．特异性ＰＣＲ产物用１％的琼脂糖凝胶电泳进行鉴定和ＤＮＡ序列测定，结果如图４～５所示．１０５第６期李华玲，等：肝癌相关基因ＭＥＦ２Ｄ反义ＲＮＡ的鉴定及分析

表３ＭＥＦ２Ｄ－ＡＳ全长鉴定引物序列引物名称引物序列特异性逆转录引物５′－ＧＧＴＧＧＴＴＴＴＴＡＡＡＡＡＴＡＧＴＧＴＴＧＡＡＣ－３′下游５′－ＣＴＣＴＴＧＧＴＣＧＧＡＴＧＣＧＧＴ－３′上游５′－ＣＡＧＡＧＧＧＧＧＴＧＡＧＴＧＡＣＡＧＡＡ－３′Ｍ：２０００ｂｐＤＮＡｍａｒｋｅｒ；ＲＴ：特异性逆转录；＋：加反转录酶；－：不加反转录酶．图４ＭＥＦ２Ｄ－ＡＳ全长序列鉴定图５ＭＥＦ２Ｄ－ＡＳｃＤＮＡ序列２．３５－Ａｚａ－ｄＣ处理对ＭＥＦ２Ｄ基因正反义ＲＮＡ表达的影响通过ＲＴ－ｑＰＣＲ来检测５－Ａｚａ－ｄＣ处理前后ＭＥＦ２ＤｍＲＮＡ与ＭＥＦ２Ｄ－ＡＳＲＮＡ在肝癌细胞ＨｅｐＧ２中的表达情况，结果如图６所示．１０６安徽大学学报（自然科学版）第４１卷

【参考文献】：
期刊论文
[1]长链非编码RNA在肝癌中的研究进展[J]. 龚艳清,韩涛,章坤,张倩.  山东医药. 2016(10)
[2]原发性肝癌的表观遗传学及其治疗[J]. 孙凌云,李星逾,孙志为.  遗传. 2015(06)
[3]天然反义转录物生物学功能及其意义[J]. 骞爱荣,李迪杰,商澎.  中国细胞生物学学报. 2013(04)



本文编号：3338780