不动杆菌（A.D-01）降解相关基因及转录组研究
发布时间：2021-08-13 14:24
测序技术的飞速发展使得成本大大降低,采用高通量测序的方法,能够深入研究微生物的基因特性,有助于深层次了解微生物本身的特性和预测相关功能,也可为一些工业菌株的改造提供数据和理论支持。不动杆菌是海洋中的优势菌,很多文献报道了不动杆菌降解石油烃类化合物及适应环境能力强的特点,是降解烃类化合物的优势菌株。为了深入分析不动杆菌属的基因和降解特性,本研究将分离的Acinetobacter DSSKY-A-001（以下简称A.D-01）进行全基因组测序,综合分析了A.D-01的基因组信息,并根据相关文献报道,在A.D-01基因组中注释到了降解烃类化合物的18种酶的关键基因,及参与编码降解环境雌激素的26种酶的相关基因。据研究现状,从基因角度分析不动杆菌降解雌激素的研究还未曾报道。因此,为了深入研究不动杆菌降解雌激素的相关情况,本研究利用转录组测序,分析对照组葡萄糖（G）和实验组葡萄糖与雌二醇共存（G-E）条件下的基因表达差异情况,着重分析经雌激素诱导的上调表达的基因,并将全基因组测序注释到的参与雌激素降解的26种酶与转录组中上调幅度大的基因做RT-PCR,找出雌激素降解过程中的关键酶基因,为今后雌激...
【文章来源】：东北师范大学吉林省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
A.D-01形态学鉴定A菌落形态；B电镜扫描图
图 2-2 不动杆菌 A.D-01 的 16s rDNA 序列Figure 2-2 16s rDNA sequence of Acinetobacter A.D-01
图 2-4 菌株 A.D-01 的 CDS 序列长度分布Figure 2-4 CDS sequence length distribution of strain A.D-012.2.3 不动杆菌基因组的比较根据 NCBI 数据库和相关文献报道，统计部分已测序的基因组概况如表 2，我们发现不动杆菌属的基因组整体相对较小，大部分集中在 3,000,000 ,000,000 bp 之间，GC 含量普遍集中在 38%到 42%之间，总基因数大部分 3000 到 4500 个左右，蛋白数目大部分集中在 3500 个左右。A.D-01 的基对略小，但是 GC 含量相对较高，表明菌株基因组比较稳定，并且其含有激素的许多基因以及和降解石油烃类物质的关键基因。比如表中tobacter sp. Tust-DM21 基因组很大，大小为 7,506,329 bp,是不动杆菌 A.D-组大小的两倍，其被报道可以降解石油，但是其报道的在 Acinetobacter sDM21 石油降解关键基因大部分都在不动杆菌中 A.D-01 富集。
【参考文献】：
期刊论文
[1]微生物降解石油污染物机制研究进展[J]. 华涛,李胜男,邸志珲,周博,曾文炉,周启星,李凤祥. 生物技术通报. 2018(10)
[2]不动杆菌属（Acinetobacter）细菌降解石油烃的研究进展[J]. 刘玉华,王慧,胡晓珂. 微生物学通报. 2016(07)
[3]氯化钙水型油藏内源微生物激活剂研究[J]. 崔庆锋,齐义彬,伊丽娜,张瑜,俞理. 科学技术与工程. 2015(04)
[4]生物表面活性剂产生菌株BYS6的分离筛选与鉴定[J]. 门欣,沈卫荣,孙晓宇,韩丽萍,路鹏鹏,高怡文. 现代农业科技. 2011(15)
[5]松花江及哈尔滨市饮用水雌激素活性的调查与分析[J]. 邵晓玲,文刚,马军. 环境科学. 2009(05)
[6]比较基因组学及其应用[J]. 宋雪梅,李宏滨,杜立新. 生命的化学. 2006(05)
[7]石油烃类的微生物降解[J]. 李习武,刘志培. 微生物学报. 2002(06)
硕士论文
[1]污水土地处理系统中双酚A和雌激素的去除及微生物研究[D]. 沈剑.上海交通大学 2012
[2]污水生物处理过程中环境雌激素的行为归趋及风险评价[D]. 王宇.上海交通大学 2008
本文编号：3340593
【文章来源】：东北师范大学吉林省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：76 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
A.D-01形态学鉴定A菌落形态；B电镜扫描图
图 2-2 不动杆菌 A.D-01 的 16s rDNA 序列Figure 2-2 16s rDNA sequence of Acinetobacter A.D-01
图 2-4 菌株 A.D-01 的 CDS 序列长度分布Figure 2-4 CDS sequence length distribution of strain A.D-012.2.3 不动杆菌基因组的比较根据 NCBI 数据库和相关文献报道，统计部分已测序的基因组概况如表 2，我们发现不动杆菌属的基因组整体相对较小，大部分集中在 3,000,000 ,000,000 bp 之间，GC 含量普遍集中在 38%到 42%之间，总基因数大部分 3000 到 4500 个左右，蛋白数目大部分集中在 3500 个左右。A.D-01 的基对略小，但是 GC 含量相对较高，表明菌株基因组比较稳定，并且其含有激素的许多基因以及和降解石油烃类物质的关键基因。比如表中tobacter sp. Tust-DM21 基因组很大，大小为 7,506,329 bp,是不动杆菌 A.D-组大小的两倍，其被报道可以降解石油，但是其报道的在 Acinetobacter sDM21 石油降解关键基因大部分都在不动杆菌中 A.D-01 富集。
【参考文献】：
期刊论文
[1]微生物降解石油污染物机制研究进展[J]. 华涛,李胜男,邸志珲,周博,曾文炉,周启星,李凤祥. 生物技术通报. 2018(10)
[2]不动杆菌属（Acinetobacter）细菌降解石油烃的研究进展[J]. 刘玉华,王慧,胡晓珂. 微生物学通报. 2016(07)
[3]氯化钙水型油藏内源微生物激活剂研究[J]. 崔庆锋,齐义彬,伊丽娜,张瑜,俞理. 科学技术与工程. 2015(04)
[4]生物表面活性剂产生菌株BYS6的分离筛选与鉴定[J]. 门欣,沈卫荣,孙晓宇,韩丽萍,路鹏鹏,高怡文. 现代农业科技. 2011(15)
[5]松花江及哈尔滨市饮用水雌激素活性的调查与分析[J]. 邵晓玲,文刚,马军. 环境科学. 2009(05)
[6]比较基因组学及其应用[J]. 宋雪梅,李宏滨,杜立新. 生命的化学. 2006(05)
[7]石油烃类的微生物降解[J]. 李习武,刘志培. 微生物学报. 2002(06)
硕士论文
[1]污水土地处理系统中双酚A和雌激素的去除及微生物研究[D]. 沈剑.上海交通大学 2012
[2]污水生物处理过程中环境雌激素的行为归趋及风险评价[D]. 王宇.上海交通大学 2008
本文编号：3340593
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3340593.html
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