水稻响应臭氧胁迫核心基因的分析及对转座子表达影响的研究
发布时间：2021-09-01 18:18
臭氧（O3）作为一种危害型温室气体,进入植物体后会诱发活性氧产生,影响植物的正常生长,造成农业生产力下降。近年来随着合成臭氧的前体物含量增加,空气中臭氧的浓度也随之增加。其浓度高峰期与植物的生长期相重叠,说明臭氧对植物的影响已经不容忽视,所以全面了解植物长期受到臭氧胁迫引起的一系列分子应答机制就显得尤为重要。水稻（Oryza sativa L.）作为重要的粮食作物,是世界一半以上人口的主要食物来源。目前水稻全基因组测序已经完成,其基因组小,注释信息较全面,是农作物中的模式植物。本研究以水稻品种日本晴为材料,利用开顶箱（OTC）的方法模拟臭氧胁迫,处理浓度为80nmol·mol-1,160nmol·mol-1和200nmol·mol-1,以未过滤的空气做对照,对处于营养生长时期的水稻叶片进行转录组数据分析,得到如下结果:1.在差异表达基因功能富集分类中,发现长期臭氧处理下上调差异表达基因在细胞死亡、信号转导、响应非生物刺激、响应胁迫、氧结合、激酶活性、细胞壁组分等功能上显著富集,下调差异表达基因在光合...
【文章来源】：辽宁大学辽宁省 211工程院校
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图3-13个处理时间点不同臭氧浓度处理下差异表达基因柱状图
图 3-2 3 个处理时间点不同臭氧浓度处理下差异表达基因维恩图注：80、160、200 分别代表 80nmol·mol-1、160nmol·mol-1、200nmol·mol-1处理臭氧浓度3.2 响应臭氧胁迫差异表达基因的 GO 功能富集分析Gene Ontology（简称 GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，总共分为三类，分别是描述基因参与的生物过程（biological process）、细胞组分（cellularcomponent）、分子功能（molecular function）。我们利用 AgriGO 网站分别将得到的每组上、下调 DEGs 分别进行 GO 功能富集分析，将得到的结果按照三个分类进行整理。通过数据我们可以看出在同一天数不同浓度处理下，功能富集的分类不同。在生物过程这一分类中，共在 33 个分类中显著富集如图 3-3，其中包括碳水化合物代谢过程，分解代谢过程、细胞通讯、细胞死亡、基因表达、生物过程的调节、细胞过程的调节、对非生物胁迫的反应、对刺激的反应、应对胁迫、次生代谢过
17图 3-3 GO 分类中生物过程涉及差异表达基因富集基因功能分类注：Induced Genes 代表上调差异表达基因，Supressed Genes 代表下调差异表达基因，*代表该差异表达基因该功能中显著富集
本文编号：3377456
【文章来源】：辽宁大学辽宁省 211工程院校
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图3-13个处理时间点不同臭氧浓度处理下差异表达基因柱状图
图 3-2 3 个处理时间点不同臭氧浓度处理下差异表达基因维恩图注：80、160、200 分别代表 80nmol·mol-1、160nmol·mol-1、200nmol·mol-1处理臭氧浓度3.2 响应臭氧胁迫差异表达基因的 GO 功能富集分析Gene Ontology（简称 GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，总共分为三类，分别是描述基因参与的生物过程（biological process）、细胞组分（cellularcomponent）、分子功能（molecular function）。我们利用 AgriGO 网站分别将得到的每组上、下调 DEGs 分别进行 GO 功能富集分析，将得到的结果按照三个分类进行整理。通过数据我们可以看出在同一天数不同浓度处理下，功能富集的分类不同。在生物过程这一分类中，共在 33 个分类中显著富集如图 3-3，其中包括碳水化合物代谢过程，分解代谢过程、细胞通讯、细胞死亡、基因表达、生物过程的调节、细胞过程的调节、对非生物胁迫的反应、对刺激的反应、应对胁迫、次生代谢过
17图 3-3 GO 分类中生物过程涉及差异表达基因富集基因功能分类注：Induced Genes 代表上调差异表达基因，Supressed Genes 代表下调差异表达基因，*代表该差异表达基因该功能中显著富集
本文编号：3377456
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