碱胁迫下莫荷罗非鱼microRNA、mRNA表达谱构建及相关基因功能分析
发布时间：2021-09-12 13:19
莫荷罗非鱼“广福1号”为莫桑比克罗非鱼与荷那龙罗非鱼的杂交种,与亲本相比,在盐碱胁迫调控方面具有明显的杂种优势。本研究在转录组测序的基础上分析了莫荷罗非鱼鳃组织中miRNA与mRNA表达谱,并从中筛选出显著差异表达的miRNA-mRNA对,分析其在碱胁迫下莫荷罗非鱼及杂交亲本中的表达特征,初步了解所筛选出的差异表达的miRNA-mRNA对在碱胁迫下的调控功能。本研究结果为罗非鱼碱胁迫下的miRNA及mRNA的表达调控机制以及罗非鱼耐盐碱分子遗传机理的研究提供了重要的研究资料。1.碱胁迫下莫荷罗非鱼miRNA文库构建及生物信息学分析以莫荷罗非鱼为研究对象,取碱胁迫（浓度为4 g/L）24 h的莫荷罗非鱼鳃组织（碱度0%为对照组）进行miRNA转录组测序,实验设三个重复（A4、A5、A6）,每个重复为6尾鱼。构建碱胁迫下莫荷罗非鱼鳃组织miRNA表达谱文库,并利用生物信息学的手段分析测序结果。结果显示:在A4、A5、A6中分别发现180、185、186个已知miRNA,790、392、515个新miRNA;与对照组相比,在碱处理组中共筛选出41个显著上调的miRNA,42个显著下调的miR...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：106 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
miRNA序列长度分布
图 1-2 各样本中非编码 RNA 分布及注释(a-A4, b-A5, c-A6, d-C1, e-C5, f-C6)Fig.1-2 The distribution and annotation statistics of non-coding RNAin each samples. (a-A4, b-A5,c-A6, d-C1, e-C5, f-C6)2.3 已知 miRNA 的注释及新 miRNA 的预测通过 miRDeep2 对所获得的序列与参考基因组进行比对分析发现，在碱胁迫处理组(碱度：4 g/L) A4、A5、A6 中分别发现了 180、185、186 个已知 miRNA，789、391、515 个新 miRNA。在对照组(碱度：0%) C1、C5、C6 中分别发现了 186、182、180 个已知 miRNA，379、326、350 个新 miRNA(表 1-7)。对注释到的已知 miRNA进行分析发现，miRNA-21、miRNA-143、miRNA-203a-3p、miRNA-203-5p、miRNA-22a-5p、miRNA-181a-5p 等已知 miRNA 均大量存在(图 1-3)。miRNA 家族分析结果发现已知 miRNA 共注释到包括 let-7、miR-1、miR-133、miR-100、miR-9、miR-21、miR-133 在内的共 109 个家族。
上海海洋大学硕士学位论文表 1-7 各样本已知 miRNA 与新 miRNA 数量统计Tab.1-7 The number of known miRNAs and novel miRNAs in each samples样品Sample已知 miRNA 数量Number of knownmiRNA新 miRNA 数量Number of novelmiRNAA4 180 789A5 185 391A6 186 515C1 186 379C5 182 326C6 180 350
【参考文献】：
期刊论文
[1]钙激活核苷酸酶1敲低对肾透明细胞癌769-P细胞增殖和迁移的影响[J]. 刘鑫,刘小兵,刘骞,王青青,杨振兴,李龙坤. 第三军医大学学报. 2018(06)
[2]碱度对尼罗罗非鱼血清渗透压、离子浓度及离子转运酶活力的影响[J]. 王燕,赵金良,赵岩,吴俊伟,赵永华. 生态科学. 2017(04)
[3]溶质转运蛋白超家族的功能及结构研究进展[J]. 王月,徐冰红,刘虎,姬朝光,严汉池. 现代生物医学进展. 2017(24)
[4]鱼类microRNA研究进展[J]. 李文笙,王东方. 水产学报. 2017(04)
[5]类固醇激素合成调节因子在小鼠下丘脑和卵巢上的分布[J]. 王彩云,潘登,张召议,范奎奎,李婷,杜晨光. 中国兽医杂志. 2017(02)
[6]我国盐碱水渔业现状与发展对策[J]. 刘永新,方辉,来琦芳,梁利群. 中国工程科学. 2016(03)
[7]盐碱胁迫对尼罗罗非鱼鳃Na+/HCO3-共转运子、碳酸酐酶基因表达的影响[J]. 梁从飞,赵金良,甘远迪,王飞,Thammaratsuntorn Jeerawat,伍勇,李传阳,罗明坤. 中国水产科学. 2016(02)
[8]水通道蛋白结构及调控的研究进展[J]. 庞坤,刘英丽,韩立强. 畜牧与饲料科学. 2015(12)
[9]低盐胁迫对褐牙鲆成鱼血浆渗透压、皮质醇、生长激素和催乳素的影响[J]. 贾倩倩,吕为群. 上海海洋大学学报. 2016(01)
[10]氯离子通道研究进展[J]. 刘雅妮,张会然,赵晨,黄东阳,杜雨薇,张海林. 神经药理学报. 2015(04)
博士论文
[1]miR-200家族在鱼类精巢和胚胎发育中的表达和功能研究[D]. 靖静.华中农业大学 2016
[2]miR-138、miR-30家族新靶标的确证及生物学功能研究[D]. 苏雪婷.中国人民解放军军事医学科学院 2013
硕士论文
[1]罗非鱼耐盐碱相关基因AQP1、mTOR克隆和表达特征分析[D]. 李茜茜.上海海洋大学 2016
[2]青鳉性腺及脑miRNA鉴定[D]. 朱叶飞.上海海洋大学 2016
[3]尼罗罗非鱼耐盐碱选育二代耐受性、生长性能及碱胁迫下氨代谢基因表达变化[D]. 吴俊伟.上海海洋大学 2016
本文编号：3394296
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：106 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
miRNA序列长度分布
图 1-2 各样本中非编码 RNA 分布及注释(a-A4, b-A5, c-A6, d-C1, e-C5, f-C6)Fig.1-2 The distribution and annotation statistics of non-coding RNAin each samples. (a-A4, b-A5,c-A6, d-C1, e-C5, f-C6)2.3 已知 miRNA 的注释及新 miRNA 的预测通过 miRDeep2 对所获得的序列与参考基因组进行比对分析发现，在碱胁迫处理组(碱度：4 g/L) A4、A5、A6 中分别发现了 180、185、186 个已知 miRNA，789、391、515 个新 miRNA。在对照组(碱度：0%) C1、C5、C6 中分别发现了 186、182、180 个已知 miRNA，379、326、350 个新 miRNA(表 1-7)。对注释到的已知 miRNA进行分析发现，miRNA-21、miRNA-143、miRNA-203a-3p、miRNA-203-5p、miRNA-22a-5p、miRNA-181a-5p 等已知 miRNA 均大量存在(图 1-3)。miRNA 家族分析结果发现已知 miRNA 共注释到包括 let-7、miR-1、miR-133、miR-100、miR-9、miR-21、miR-133 在内的共 109 个家族。
上海海洋大学硕士学位论文表 1-7 各样本已知 miRNA 与新 miRNA 数量统计Tab.1-7 The number of known miRNAs and novel miRNAs in each samples样品Sample已知 miRNA 数量Number of knownmiRNA新 miRNA 数量Number of novelmiRNAA4 180 789A5 185 391A6 186 515C1 186 379C5 182 326C6 180 350
【参考文献】：
期刊论文
[1]钙激活核苷酸酶1敲低对肾透明细胞癌769-P细胞增殖和迁移的影响[J]. 刘鑫,刘小兵,刘骞,王青青,杨振兴,李龙坤. 第三军医大学学报. 2018(06)
[2]碱度对尼罗罗非鱼血清渗透压、离子浓度及离子转运酶活力的影响[J]. 王燕,赵金良,赵岩,吴俊伟,赵永华. 生态科学. 2017(04)
[3]溶质转运蛋白超家族的功能及结构研究进展[J]. 王月,徐冰红,刘虎,姬朝光,严汉池. 现代生物医学进展. 2017(24)
[4]鱼类microRNA研究进展[J]. 李文笙,王东方. 水产学报. 2017(04)
[5]类固醇激素合成调节因子在小鼠下丘脑和卵巢上的分布[J]. 王彩云,潘登,张召议,范奎奎,李婷,杜晨光. 中国兽医杂志. 2017(02)
[6]我国盐碱水渔业现状与发展对策[J]. 刘永新,方辉,来琦芳,梁利群. 中国工程科学. 2016(03)
[7]盐碱胁迫对尼罗罗非鱼鳃Na+/HCO3-共转运子、碳酸酐酶基因表达的影响[J]. 梁从飞,赵金良,甘远迪,王飞,Thammaratsuntorn Jeerawat,伍勇,李传阳,罗明坤. 中国水产科学. 2016(02)
[8]水通道蛋白结构及调控的研究进展[J]. 庞坤,刘英丽,韩立强. 畜牧与饲料科学. 2015(12)
[9]低盐胁迫对褐牙鲆成鱼血浆渗透压、皮质醇、生长激素和催乳素的影响[J]. 贾倩倩,吕为群. 上海海洋大学学报. 2016(01)
[10]氯离子通道研究进展[J]. 刘雅妮,张会然,赵晨,黄东阳,杜雨薇,张海林. 神经药理学报. 2015(04)
博士论文
[1]miR-200家族在鱼类精巢和胚胎发育中的表达和功能研究[D]. 靖静.华中农业大学 2016
[2]miR-138、miR-30家族新靶标的确证及生物学功能研究[D]. 苏雪婷.中国人民解放军军事医学科学院 2013
硕士论文
[1]罗非鱼耐盐碱相关基因AQP1、mTOR克隆和表达特征分析[D]. 李茜茜.上海海洋大学 2016
[2]青鳉性腺及脑miRNA鉴定[D]. 朱叶飞.上海海洋大学 2016
[3]尼罗罗非鱼耐盐碱选育二代耐受性、生长性能及碱胁迫下氨代谢基因表达变化[D]. 吴俊伟.上海海洋大学 2016
本文编号：3394296
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