木薯SCARECROW-LIKE（SCL）基因克

发布时间：2021-09-23 15:16

　　【目的】克隆木薯SCARECROW-LIKE（MeSCL）基因,对其进行生物信息学分析,并检测其在非生物胁迫下的表达情况,为深入研究木薯MeSCL基因响应非生物胁迫的调控机制提供理论参考。【方法】以木薯品种D346为材料,采用RT-PCR克隆MeSCL基因编码区（CDS）序列,并利用生物信息学分析软件进行序列特征分析,采用实时荧光定量PCR检测其在干旱、盐、氧化和低温胁迫下木薯叶片中的表达情况。【结果】克隆获得的MeSCL基因编码区（CDS）序列全长1655 bp,与参考序列（GenBank登录号LOC110627921）仅存在2个碱基的差异,开放阅读框（ORF）的长度为1560 bp,编码519个氨基酸,编码蛋白分子量为57.84 kD,等电点（pI）为6.08,脂肪系数为80.46%,总平均亲水性指数为-0.195,为亲水性蛋白,含有1个信号肽、6个从内部到外部的跨膜螺旋区和5个从外部到内部的跨膜螺旋区,定位于细胞核和内质网中,属于GRAS蛋白家族成员,具有该家族的保守结构域。MeSCL蛋白三级结构模型显示,该蛋白含有14个典型的α螺旋、10个β-折叠和36个β-转角。MeSCL蛋... 

【文章来源】：南方农业学报. 2020,51(08)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

Me SCL基因与参考序列比对结果

MeSCL基因ORF的长度为1560 bp，编码519个氨基酸，编码蛋白分子量为57.84 kD。MeSCL蛋白质等电点（pI）为6.08，脂肪系数为80.46%，总平均亲水性指数为-0.195，属亲水性蛋白，含有1个信号肽、6个从内部到外部的跨膜螺旋区和5个从外部到内部的跨膜螺旋区，定位于细胞核和内质网中。MeSCL蛋白的保守结构域预测结果表明，该蛋白属于GRAS家族成员，具有该家族的保守结构域（图3）。利用SWISS-MODEL对MeSCL蛋白进行同源建模，以获得其三级结构模型（图4），利用RasMol对该模型进行分析，结果显示该蛋白具有14个典型的α螺旋、10个β-折叠和36个β转角。利用NCBI在线工具BLASTp将MeSCL蛋白的氨基酸序列进行同源比对，结果发现其与橡树（Hevea brasiliensis)Hb SCL蛋白（XP＿021662072.1）的相似性最高，为90.80%，与蓖麻（Ricinus communis)RcSCR(XP＿002529844.1）、胡杨（Populus euphratica)PeSCL(XP＿011004025.1）、毛果杨（P.trichocarpa)PtSCR(XP＿002302035.3）、可可树（Theobroma cacao)TcSCR(XP＿007050241.2）和哥伦比亚锦葵（Herrania umbratica)HuSCL(XP＿021281121.1）蛋白的相似性均在80.00%左右（图5）。可见，SCL基因在物种进化和分化过程中未发生明显变异。图2 Me SCL基因与参考序列比对结果

Me SCL蛋白保守结构域分析结果

【参考文献】：
期刊论文
[1]植物GRAS蛋白研究的新进展[J]. 张文霞,刁志娟,吴为人.  分子植物育种. 2016(05)
[2]玉米ZmSCL7的克隆及功能研究[J]. 郭鹏,邢新,金华,董燕.  中国农业科学. 2013(12)
[3]新疆盐穗木GRAS转录因子基因克隆及表达分析[J]. 周莲洁,杨中敏,张富春,王艳.  西北植物学报. 2013(06)

博士论文
[1]干旱与低温胁迫下木薯基因表达谱分析及鉴定[D]. 周芳.海南大学 2013

硕士论文
[1]木薯气孔调节相关基因的表达分析及其与耐旱性的关系[D]. 王雪.海南大学 2017
[2]拟南芥转录因子GRAS家族SCL15基因对干旱胁迫的响应分析[D]. 郭华军.西北农林科技大学 2009



本文编号：3405941