乙型肝炎病毒C基因亚型参照序列的建立

发布时间：2017-05-02 21:10

  本文关键词：乙型肝炎病毒C基因亚型参照序列的建立，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：研究背景:乙型肝炎病毒C基因型(HBV/C)主要流行于亚洲,拥有数量较多的基因亚型(C1-C16),不同地区的HBV/C基因型或亚型序列间存在较大差异。HBV/C基因型及亚型的参照序列能促进HBV准种、病毒变异、临床表现、对抗病毒方案的疗效应答等方面的研究,但现有的参照序列多为首次被报道的且多为国外的流行株,或基于来源或数量有限的流行株而获得,已不能充分满足现今HBV相关研究的需要。本研究旨在分析大量的HBV C全基因序列,通过基因亚型分型及序列比对,建立合适的HBV/C亚型的全基因参照序列,以促进HBV/C的流行病学及病毒学等方面的研究。方法:运用系统进化分析法,对从Gen Bank核苷酸数据库中获得974个来自不同地区的HBV/C全基因序列行基因亚型测定,将所有序列按照亚型及地区分组,以相同亚型相同位点上同源性最强的碱基作为参照碱基建立来自不同地区的HBV/C各亚型的参照序列,将所建立的参照序列与相应亚型的序列进行同源性分析和系统进化分析,了解其同源性,分析和比较HBV/C亚型的碱基尤其是常见变异位点上的替代情况。将所建立的参照序列与已被报道的参照序列在核苷酸和氨基酸水平上进行全基因和部分基因的比较。将所建立的参照序列互相比较,了解其异质性并推算各亚型的大致分化时间。结果:1.获得了HBV C1、C2、C5和C6亚型的参照序列并上传至Gen Bank,获得序列号:KM999990-KM999993。同源性分析发现HBV C1、C2、C5和C6亚型参照序列与几乎全部同亚型序列的同源性均高于96%。相似的,系统进化分析也支持HBV C1、C2、C5和C6亚型参照序列与同亚型序列的相似性。通过系统进化分析发现虽然之前报道的HBV C参照序列也属于C2亚型,但是新建立的C2参照序列与同亚型序列的相似度更强,提示新建立的C2参照序列对C2亚型的代表性更强。此外,同源性分析和系统进化分析均发现HBV C1、C2、C5和C6亚型参照序列与其他基因型或亚型的序列和参照序列相比,有明显的异质性。2.将新建立的HBV C1、C2、C5和C6参照序列与之前报道的C、Caus参照序列的全基因和部分基因序列在核苷酸及氨基酸水平上比较后发现,C1、C2、C5和C6亚型参照序列与C参照序列的同源性均高于Caus,其中C5亚型与Caus全基因序列的同源性最低,为92.29%,S基因同源性均稍高于全基因序列,而P基因同源性在HBV的四个开放阅读框架(Open reading frames,ORFs)中为最低。3.通过C1、C2、C5和C6全基因和S基因序列比对,发现C1、C5和C6与C2亚型的同源性均最高,其中C2和C1亚型的同源性最高,而C1、C2和C6与C5亚型的同源性均最低。相似的,系统进化分析发现HBV/C5的历史最久,其次是C6,都远比C1和C2古老。4.通过碱基替代分析,发现HBV/C序列中的碱基替代多见于基本核心启动子区(BCP)及前C区(Pre-C),BCP区的变异率明显高于Pre-C区。BCP区经典的A1762T/G1764A联合突变在C2亚型中最常见,C1次之,而C5和C6的BCP区变异率最低。Pre-C区的1858和1896位点的变异仅见于C1、C2亚型,而在所有HBV C基因型序列的1814位点,均未发现核苷酸替代。结论:建立了HBV C1、C2、C5和C6亚型的参照序列,同源性分析和系统进化分析均发现HBV C1、C2、C5和C6亚型的参照序列与同基因型或亚型序列的高度相似性,与异基因型或亚型序列的高度异质性,提示建立的C1、C2、C5和C6亚型的参照序列具有良好的可靠性和代表性。新建立的HBV C1、C2、C5和C6亚型参照序列对HBV/C在基因变异、遗传学、病原学、疫苗研究以及临床治疗方案等方面的研究上具有一定的指导意义。
【关键词】：乙型肝炎病毒 基因型 序列分析 参照序列
【学位授予单位】：安徽医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R512.62
【目录】：

• 中英文缩略词表5-6
• 中文摘要6-8
• 英文摘要8-11
• 1 引言11-15
• 2 材料与方法15-19
• 3 结果19-34
• 4 讨论34-40
• 5 结论40-41
• 6 参考文献41-45
• 附录45-46
• 致谢46-47
• 综述47-56
• 参考文献54-56

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本文编号：341702