基于深度测序技术的柑桔衰退病毒新基因型鉴定研究

发布时间：2021-11-08 04:55

　　由柑桔衰退病毒（Citrus tristeza virus,CTV）引起的柑桔衰退病是一种柑桔产业重要的经济性病害,已经造成至少上亿株柑橘植物的死亡。在田间,由于嫁接等农事操作和蚜虫的传播,柑桔衰退病引起快速死亡和茎陷点等症状,使得果实小,产量低,从而造成巨大的经济损失。柑桔衰退病具有复杂的株系分化和遗传多样性等特点,传统的检测方法难以获得病毒的全序列。转录组测序技术克服了这些障碍,可应用与柑桔衰退病以及其他未知病毒的检测与鉴定。本研究对柑桔衰退病枳分离株进行了高通量测序鉴定,对测序的结果进行RT-PCR验证,对获得的数据进行生物信息学分析,以期获得该CTV枳分离株的全序列,明确其基因型和在遗传进化中的关系,为后续基于全序列的研究奠定基础,其结果如下:1.转录组测序结果:对转录组测序获得的reads（>200 nt）去除来源于寄主的片段后进行拼接,结果表明柑桔衰退病枳分离株中与病毒相关的contigs仅与两个CTV分离株具有较高的同源性,通过BLAXTx比对发现contig14与SY568（AF001623）同源性为87%,contig15与T36（EU937521）的同源性为8... 

【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：80 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

测序流程图

第 3 章 柑橘衰退病毒新基因型鉴定dNTPs 和 DNA polymerase I 等试剂合成双链 cDNAads 纯化双链 cDNA。然后纯化的双链 cDNA 再进行末接头，再用 AMPure XP beads 对片段大小进行选择，扩增得到最终的 cDNA 文库。 3.0 对构建完成的文库先进行初步定量，然后使用 Agi文库的片段大小进行平均分子长度检测，插入片段检栋梁 PCR 方法对构建的文库的有效浓度进行进一步的的质量。文库构建流程图如下：

Contig15 19288 Citrus tristeza virus strainT360.0 89% EU937521根 据 拼 接 后 得 到 的 病 毒 contigs 设 计 检 测 引 物 ， L1J-F(5’-TCTTCTTTCGCTTCCGTG-3’) / L1J-R (5’-GCACATTCCAAGTCAGTCAA -3’)和 M1J-F (5’-ACGATGTGCGTCAGTTAGG-3’) / M1J-R(5’-TCCAGTCAAGAAATCCGC -3’)，参照本章中的 RT-PCR 的方法成功证明了这两个 CTV 枳分离株存在于枳中。3.3.2 全基因组序列的扩增以提取的样品枳壳叶片总 RNA 为模板，根据高通量测序获得的 contigs 设计扩增引物（表 3.1），利用分段 RT-PCR 和 RACE-PCR 进行扩增，利用 SeqMan对测序结果进行拼接，获得 2 个不同 CTV 分离株的全基因组，并分别命名为CN-L1-ZT1 和 CN-M1-ZT1。MCN-L1-ZT1 CN-M1-ZT1

【参考文献】：
期刊论文
[1]柑橘衰退病毒含量对其蚜传效率的影响[J]. 周彦,王雪峰,陈洪明,李中安,刘科宏,周常勇.  植物保护学报. 2015(01)
[2]柑橘衰退病毒RT-LAMP快速检测方法的建立[J]. 王永江,周彦,李中安,苏华楠,黄爱军,唐科志,周常勇.  中国农业科学. 2013(03)
[3]利用弱毒株交叉保护技术防治甜橙茎陷点型衰退病[J]. 周彦,周常勇,李中安,王雪峰,刘科宏.  中国农业科学. 2008(12)
[4]柑桔衰退病及其防治[J]. 徐明,周常勇,刘金香.  中国南方果树. 2008(03)
[5]毒源和寄主对褐色桔蚜传播柑桔衰退病毒效率的影响[J]. 周彦,周常勇,王雪峰,刘科宏,宋震,李中安.  植物保护学报. 2007(06)
[6]中国野生柑橘上衰退病毒分离株分子特征分析[J]. 易龙,周常勇,周彦,王志刚,唐科志.  中国农业科学. 2007(05)
[7]贡水白柚病毒病感染鉴定与脱毒情况简报[J]. 刘英,杨方云,李太盛,唐科志,周彦,刘科宏,周常勇.  中国南方果树. 2006(04)
[8]墨兰组织培养结合化学处理脱除建兰花叶病毒（CymMv）的研究[J]. 姜玲,张明涛,陈泽雄,马国华.  园艺学报. 2005(06)
[9]柑桔衰退病毒弱毒株及其筛选方法[J]. 周彦,周常勇.  植物保护. 2004(04)
[10]橘蚜传播柑橘衰退病毒的研究进展[J]. 林尤剑,谢联辉,POWELL C A.  福建农业大学学报. 2001(01)



本文编号：3483045