胆管细胞型肝癌相关基因的生物信息学分析及功能预测

发布时间：2021-11-12 16:30

　　目的:采用生物信息学方法分析胆管细胞型肝癌（intrahepatic cholangiocarcinoma,ICCA）相关差异表达基因,并对差异表达基因进行基因功能和信号通路分析,为临床筛选ICCA发生、发展的相关分子标志物及药物靶点提供理论基础。方法:从GEO数据库下载包括正常胆管细胞型肝癌组织和癌旁组织的基因芯片（GSE322225）,该数据集包含149例胆管细胞型肝癌组织样本和6例癌旁组织样本。通过GEO2R工具在线分析,筛选出ICCA组织中差异表达基因（DEGs）。利用DAVID数据库对差异表达基因进行GO（Gene Ontology）富集分析和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）信号通路分析并对差异表达基因进行功能注释。基于STRING数据库,构建蛋白互作（protein-protein interaction,PPI）调控网络,利用其中的MCC算法筛选具有高度连接性的关键基因。基于TCGA数据库在线软件分析关键基因的表达情况和预后效应。结果:共筛选出209个胆管细胞型肝癌差异表达基因,包括149个上调的基因和60个下调的... 

【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：48 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

差异表达基因火山图

图 2 差异表达基因热图Figure2 Heat map of differential expression gene3.2 DEGs 的 GO 功能富集分析用 DAVID 6.8 在线软件对 149 个上调基因和 60 个下调基因进行 GO 功能富集分析，结果显示：上调基因中有 23 个基因富集呈显著性( P＜0.05) ，下调基因中有 30 个基因富集呈显著性( P＜0. 05) 。表 1 列出前 10 位胆管细胞型肝癌差异表达基因富集类别。上调基因涉及 RNA 聚合酶 II 启动子转录的正调控、poly(A) RNA 结合、RNA拼接等基因转录过程中的生物学调控；下调基因涉及花生四烯酸环氧合酶活性、类固醇羟化酶活性、氧化代谢、各种细胞膜及细胞器膜等

第 3 章 结 果物过程(表 4)。用 TCGA 数据库进一步验证其中的关键基因，模块 A中的基因 CYP2B6、CYP2A6 和 CYP4A1 在胆管细胞型肝癌组织中呈低表达（图 5A, B, C），生存分析结果显示它们中仅 CYP2B6 低表达对患者的预后有统计学意义（图5, D）。模块B的基因DHX16和SF3B2呈高表达，U2SURP 在 ICCA 中低表达，并且生存分析结果显示DHX16、SF3B2 和 U2SURP 的表达情况与患者的预后无统计学意义。

【参考文献】：
期刊论文
[1]肝细胞癌分子靶向治疗进展[J]. 陈万勇,任宁.  临床肝胆病杂志. 2018(07)
[2]细胞外基质蛋白SRPX2促进HUVECs血管生成能力[J]. 樊江浩,刘揆亮,周跃,吴静.  基础医学与临床. 2015(10)



本文编号：3491288