secY和dksA基因在水产致病菌变形假单胞菌与大黄鱼互作中的功能研究

发布时间：2021-11-12 16:46

　　大黄鱼是我国养殖产量最大的海水鱼,变形假单胞菌是养殖大黄鱼内脏白点病的病原。本实验室前期分离到大黄鱼内脏白点病的病原菌变形假单胞菌NZBD9,通过转录组数据分析发现变形假单胞菌的secY和dksA基因在感染过程中显著高表达。本文结合RNA干扰和dual RNA-seq技术探讨secY和dksA基因在变形假单胞菌与大黄鱼互作中的功能。首先针对secY和dksA基因的序列分别设计并合成5对shRNA用于沉默株构建,然后用qRT-PCR方法挑选两个基因的沉默效果最好的突变株以10⁴ cfu/g鱼体重的剂量通过腹腔注射感染健康大黄鱼来测定病原菌的毒力变化,最后取变形假单胞菌沉默株感染48 h后的大黄鱼脾脏进行dual RNA-seq,并与野生株感染48 h的大黄鱼脾脏的dual RNA-seq数据进行比较分析。主要结果如下:（1）本文设计合成的shRNA都能不同程度降低secY基因和dksA基因的表达量,其中secY基因沉默效果最佳的菌株为secY-shRNA-1165,其沉默效率为82.4%;dksA基因沉默效果最佳的菌株为dksA-shRNA-87,其沉默效率达96.... 

【文章来源】：集美大学福建省

【文章页数】：66 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
第1章 引言
    1.1 变形假单胞菌
        1.1.1 变形假单胞菌的生物学特性
        1.1.2 变形假单胞菌的致病性
        1.1.3 secY基因
        1.1.4 dksA基因
    1.2 鱼类免疫学
        1.2.1 鱼类免疫器官
        1.2.2 免疫细胞
        1.2.3 免疫因子
        1.2.4 细胞因子
    1.3 RNA干扰(RNAi)技术
        1.3.1 RNA干扰机制
        1.3.2 RNA干扰技术应用
    1.4 转录组学
        1.4.1 转录组学技术的研究进展
        1.4.2 转录组学在水产动物免疫学上应用
    1.5 病原与宿主相互作用研究
        1.5.1 病原与宿主相互作用的转录组学研究进展
        1.5.2 病原与宿主相互作用的转录组学研究意义
    1.6 本研究的目的意义、内容及创新点
        1.6.1 本研究的目的与意义
        1.6.2 研究内容
        1.6.3 本研究的创新点
第2章 secY和 dksA基因对变形假单胞菌毒力影响
    2.1 实验材料
        2.1.1 实验动物
        2.1.2 实验菌株
        2.1.3 主要实验试剂
        2.1.4 主要实验仪器
    2.2 实验方法
        2.2.1 前期转录组数据验证
        2.2.2 变形假单胞菌secY和 dksA基因沉默株构建
        2.2.3 沉默效率测定筛选最佳沉默株
        2.2.4 变形假单胞菌生长曲线测定
        2.2.5 secY-RNAi strain和 dksA-RNAi strain毒力测定
    2.3 实验结果
        2.3.1 前期转录组数据验证
        2.3.2 变形假单胞菌沉默菌株的沉默效率
        2.3.3 变形假单胞菌各菌株的体外培养生长速率
        2.3.4 变形假单胞菌各菌株对大黄鱼的致病性
        2.3.5 感染变形假单胞菌后大黄鱼脾脏症状
        2.3.6 变形假单胞菌沉默突变株在大黄鱼主要组织器官中的相对载菌量
        2.3.7 变形假单胞菌secY基因和dksA基因感染过程中在大黄鱼脾脏中的表达强度
    2.4 讨论
第3章 大黄鱼感染变形假单胞菌secY沉默株和dksA沉默株后脾脏dual RNA-seq
    3.1 实验材料
        3.1.1 实验动物
        3.1.2 实验菌株
    3.2 实验方法
        3.2.1 菌株培养
        3.2.2 人工感染及样品采集
        3.2.3 转录组测序
        3.2.4 测序数据与参考基因组比对
        3.2.5 样本表达量计算
        3.2.6 差异基因表达分析
        3.2.7 转录组数据验证
        3.2.8 数据访问
    3.3 实验结果
        3.3.1 测序数据质量剪切后统计结果
        3.3.2 与变形假单胞菌参考基因组比对结果
        3.3.3 与大黄鱼参考基因组比对结果
        3.3.4 secY沉默株感染大黄鱼转录组分析
        3.3.5 dksA沉默株感染大黄鱼转录组分析
        3.3.6 讨论
第4章 结论与展望
    4.1 结论
    4.2 展望
致谢
参考文献
在学期间科研成果情况


【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
[1]黄颡鱼IgM分子及其表达研究[D]. 李春涛.西南大学 2012
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硕士论文
[1]RK21RS10315毒力基因在变形假单胞菌感染斜带石斑鱼过程中的功能[D]. 张贝贝.集美大学 2019
[2]两种不同规格的三月龄草鱼免疫组织结构及其相关因子的比较研究[D]. 张鹏英.上海海洋大学 2016
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[4]草鱼免疫器官个体发育的组织结构和免疫细胞变化[D]. 雷雪彬.上海海洋大学 2013
[5]鲤鱼肿瘤坏死因子-α1基因克隆、鉴定及差异表达分析[D]. 赵晓.吉林大学 2012
[6]基于RNA-Seq技术的人转录组分析研究[D]. 陈超.中南大学 2011
[7]变形假单胞菌吸附镉的机制及其吸附条件的研究[D]. 郑晓丹.福建师范大学 2010



本文编号：3491311