基于生信分析探讨吸烟肺腺癌患者自噬相关基因及其机制
发布时间:2021-11-13 22:58
目的探索吸烟肺腺癌组织中和自噬相关联的基因,并确定吸烟导致肺腺癌的潜在的自噬相关因素和预后因素。方法从GEO数据库下载2个数据集(GSE32863和GSE75037)的基因表达谱,同时下载来自TCGA数据库的吸烟肺腺癌患者的数据集。采用R中的微阵列数据包的线性模型探索来自吸烟的肺腺癌患者的样本与癌旁肺组织之间的差异基因。采用数据库DAVID进行差异基因的富集分析。采用相互作用基因/蛋白质检索的搜索工具和Cytoscape软件获得蛋白质-蛋白质相互作用网络并识别关键基因。此外,构建自噬相关基因和差异基因之间的网络。采用Kaplan-Meier分析总生存率。结果在GSE32863数据集确定了71个差异基因,在GSE75037数据集确定了641个差异基因,在TCGA数据集中确定了4 070个差异基因。3个数据集的交集显示了52个差异基因,并选择这些数据进行进一步研究。采用GO基因功能注释将52个差异基因分为生物学过程、分子功能和细胞组分3个类别,进行京都基因和基因组百科全书分析。总共有17个差异基因和自噬相关基因密切关联,其中LYVE1、RGCC、FOSB、ETV4、CDC20与自噬基因关联...
【文章来源】:国际呼吸杂志. 2020,40(22)
【文章页数】:8 页
【参考文献】:
期刊论文
[1]吸烟COPD患者中内质网相关凋亡基因CHOP表达研究[J]. 甘桂香,胡瑞成,戴爱国,谭双香. 国际呼吸杂志. 2020(11)
[2]miR-181a参与调控香烟提取物诱导的NR8383肺泡巨噬细胞自噬紊乱与促炎因子的生成[J]. 粱珍珍,吕燕平,张艳莉,解玉东,韩丽丽. 中国病理生理杂志. 2019(04)
[3]MiR-21对香烟烟雾提取物诱导的巨噬细胞自噬、增殖及凋亡的影响[J]. 曾征鹏,孙圣华,谢丽华. 中南大学学报(医学版). 2018(12)
[4]氯喹通过调节自噬在EGFR-TKI耐药肺癌细胞系中的机制研究[J]. 马爱平,林艺凯,李久荣,周伟跃,刘群. 国际呼吸杂志. 2018 (18)
[5]Autophagy and multidrug resistance in cancer[J]. Ying-Jie Li,Yu-He Lei,Nan Yao,Chen-Ran Wang,Nan Hu,Wen-Cai Ye,Dong-Mei Zhang,Zhe-Sheng Chen. Chinese Journal of Cancer. 2017(08)
[6]自噬参与香烟烟雾提取物诱导的肺动脉内皮细胞凋亡[J]. 薛鸿,王虹,许能銮,陈愉生,苏建,解卫平. 中国病理生理杂志. 2017(04)
本文编号:3493881
【文章来源】:国际呼吸杂志. 2020,40(22)
【文章页数】:8 页
【参考文献】:
期刊论文
[1]吸烟COPD患者中内质网相关凋亡基因CHOP表达研究[J]. 甘桂香,胡瑞成,戴爱国,谭双香. 国际呼吸杂志. 2020(11)
[2]miR-181a参与调控香烟提取物诱导的NR8383肺泡巨噬细胞自噬紊乱与促炎因子的生成[J]. 粱珍珍,吕燕平,张艳莉,解玉东,韩丽丽. 中国病理生理杂志. 2019(04)
[3]MiR-21对香烟烟雾提取物诱导的巨噬细胞自噬、增殖及凋亡的影响[J]. 曾征鹏,孙圣华,谢丽华. 中南大学学报(医学版). 2018(12)
[4]氯喹通过调节自噬在EGFR-TKI耐药肺癌细胞系中的机制研究[J]. 马爱平,林艺凯,李久荣,周伟跃,刘群. 国际呼吸杂志. 2018 (18)
[5]Autophagy and multidrug resistance in cancer[J]. Ying-Jie Li,Yu-He Lei,Nan Yao,Chen-Ran Wang,Nan Hu,Wen-Cai Ye,Dong-Mei Zhang,Zhe-Sheng Chen. Chinese Journal of Cancer. 2017(08)
[6]自噬参与香烟烟雾提取物诱导的肺动脉内皮细胞凋亡[J]. 薛鸿,王虹,许能銮,陈愉生,苏建,解卫平. 中国病理生理杂志. 2017(04)
本文编号:3493881
本文链接:https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3493881.html
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