千里光苯丙氨酸解氨酶基因克隆与系统进化分析

发布时间：2022-02-08 20:40

　　目的对具有良好抗菌性的千里光进行pal基因克隆,进行序列结构与系统进化分析,揭示该酶生物学功能与进化地位。方法以千里光转录组数据库中分离得到pal基因核酸序列设计引物,PCR扩增全长验证,运用SignalP、MEGA等系列生物信息学软件进行核酸序列信息、氨基酸结构特征与系统进化分析。结果克隆获得长度为2 159 bp的核酸序列,ORF分析表明该基因编码708个氨基酸,无信号肽,是非跨膜蛋白。与近缘物种pal基因blast分析表明其氨基酸序列与黑心菊、雪莲等相似度达92.22%,具有相同的活性位点和保守结构域。系统进化树分析表明,千里光与菊科植物青蒿、雪莲归于一个亚支,表明3种植物pal在进化上具有较近的亲缘关系。结论千里光pal基因序列结构与其他14种PAL酶家族成员相似度高,在进化上与菊科植物较近。 

【文章来源】：遵义医科大学学报. 2020,43(03)

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

pal基因PCR扩增检测

以黑心菊、雪莲、紫茎泽兰与千里光进行苯丙氨酸解氨酶的氨基酸序列比对,结果表明4个物种的氨基酸序列高度相似(92.22%),其中内部序列上相似度高,但N端存在较大差异,是序列间长度差异形成的主要区域。同时,InterPro在线分析发现,千里光苯丙氨酸解氨酶具有保守结构域phe_am_lyase(TIGR01226,氨基酸位点:16-697),属于Lyase class I_like 超基因家族成员,其活性位点(GTITASGDLVPLSYIAG,189～206)与黑心菊和雪莲相同,仅与紫茎泽兰有1个位点差异(见图2)。图3 15个不同物种PAL系统进化与保守结构域分析

15个不同物种PAL系统进化与保守结构域分析

【参考文献】：
期刊论文
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硕士论文
[1]利用SmPAL1基因调控丹参中丹酚酸合成[D]. 邱镜仁.山东农业大学 2018
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本文编号：3615713